material studio使用经验总结模板.docx

1、material studio使用经验总结模板关于K点1. 应当使用多少个k网格？很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，

2、仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。2. 当体系没有出现时间反演对称操作时，是否加入？大多数情况下的回答是“是”，只有包含自旋-轨道耦合的自旋极化（磁性）计算除外。这时，时间反演对称性被破坏（+k和-k的本征值可能不同），因此决不能加入时间反演对称性。3. 是否移动k网格？（只对某些格子类型有效）“移动”k网格意味着把所有产生的k点增加(x,x,x)，把那些位于高对称点（或线）上的k点移动到权重更大的一般点上。通过这种方法（也即众所周知的“特殊k点方法”）可以产生等密度的，k点较少的网

3、格。通常建议移动。只有一点注意：当对半导体的带隙感兴趣时（通常位于Gamma，X，或BZ边界上的其它点），使用移动的网格将不会得到这些高对称性的点，因此得到的带隙和预期结果相比或大或小。这个问题的解决：用移动的网格做SCF循环，但对DOS计算，改用精细的未移动网格。关于k空间布点的问题，建议参阅以下文献Phys.Rev.B 49,16223 (1994) 如何构建缺陷晶体结构晶体结构改成P1，然后去掉想抹去的原子就可以了在ms中如何做空穴对于金属缺陷，是直接剪切一个原子？个人经验：就是直接把原子去掉就；如果不是正版软件，有可能出现同时去掉其他同位置的原子，如果这种情况，就重新定义，问题就不会出

4、现了还有，一般考虑孔穴的时候，都要标明哪些原子的迟豫，具体为什么不知道，国外的文献有提到希望有做空位的一起多讨论我：PDOS选项计算DOS时，选择PDOS，可以画出s,p,d轨道的DOS，但无法画出某一个原子的s,p,d图关于PDOS的Chart中求积分的问题在用Castep计算出PDOS后,如何在Chart中对曲线局部进行积分?将Chart输出为cav格式,然后在excel中求和?简单，把数据导出，在Origin里作图，程序里有积分微分卷积功能，在数据分析下面。作图时选取积分范围。优化结构算能带一般需要优化结构。如果选择实验的参数，全部固定的话就不需要了如何做二维电子密度图MS结果文件夹中*

5、.grd文件内存储的是三维空间各点的电荷密度值，利用这个数据就可以得到二维的电荷密度等值线图,应该有专门的软件能画,不过用matlab编自己编程序也不难，其中关键命令是contourslice，实现在某一平面内绘制等高线对DOS图的分析根据DOS的积分曲线可以计算出，对于表面Nb和C原子，大约有16.8%和14.8%的电子态集中在4.02.0eV的区域，而对体相原子则分别为6.4%和6.0%表面吸附我做H在 ZnO上吸附。刚开始时后我构建的吸附构型忘记 impose symmetry了，Groupname 是 P1。在第二次计算的时候 我加上了symmetry。两次计算差别出来了： （1） 首

6、先是 impose symmetry后，supercell中的原子位置由原来的现面跑到了上面，也就是和真空层换了一下位置！ 而且吸附原子竟然 超出了supercell的 白色线框！ （2）比较两次计算的 DOS，一模一样；但是两次计算的 Band Structure 却有很大差异！回答：1）只是显示问题（2） Band Structure 有很大差异是指那种差异？使用不同对称性计算能带时，默认计算的K点是不同的，所以图像肯定不同。如果你确定是选择计算了同样的K点，能带结构仍然不同，那可能是采用对称后结构变化导致的。如何计算结构中某一元素的分波态密度1. 我最近看了关于氧气锌的论文，上面有锌原子

7、的分波态密度图，可是我怎么都没算出来，一直得到氧和锌原子的分波态密度，希望哪位大侠指教2. 在计算性质选择了计算density of state是，对话框下面有一个口calculate PDOS,把它勾选上，计算成功后，在分析就能看到总态密度和分态密度，随你选择。3. 按照楼上的指导计算成功后，需要哪个原子的PDOS,就选中哪个原子，然后在analysis里DOS项前打勾，partial项打勾，再view就ok了。 有关能带分析能带图分析能带图的横坐标是在模型对称性基础上取的K点。为什么要取K点呢？因为晶体的周期性使得薛定谔方程的解也具有了周期性。按照对称性取K点，可以保证以最小的计算量获得最

8、全的能量特征解。能带图横坐标是K点，其实就是倒格空间中的几何点。其中最重要也最简单的就是gamma那个点，因为这个点在任何几何结构中都具有对称性，所以在castep里，有个最简单的K点选择，就是那个gamma选项。纵坐标是能量。那么能带图应该就是表示了研究体系中，各个具有对称性位置的点的能量。我们所得到的体系总能量，应该就是整个体系各个点能量的加和。 记得氢原子的能量线吧？能带图中的能量带就像是氢原子中的每条能量线都拉宽为一个带。通过能带图，能把价带和导带看出来。在castep里，分析能带结构的时候给定scissors这个选项某个值，就可以加大价带和导带之间的空隙，把绝缘体的价带和导带清楚地区

9、分出来。 DOS叫态密度，也就是体系各个状态的密度，各个能量状态的密度。从DOS图也可以清晰地看出带隙、价带、导带的位置。要理解DOS，需要将能带图和DOS结合起来。分析的时候，如果选择了full，就会把体系的总态密度显示出来，如果选择了PDOS，就可以分别把体系的s、p、d、f状态的态密度分别显示出来。还有一点要注意的是，如果在分析的时候你选择了单个原子，那么显示出来的就是这个原子的态密度。否则显示的就是整个体系原子的态密度。要把周期性结构能量由于微扰裂分成各个能带这个概念印在脑袋里。 最后还有一点，这里所有的能带图和DOS的讨论都是针对体系中的所有电子展开的。研究的是体系中所有电子的能量状

10、态。根据量子力学假设，由于原子核的质量远远大于电子，因此奥本海默假设原子核是静止不动的，电子围绕原子核以某一概率在某个时刻出现。我们经常提到的总能量，就是体系电子的总能量。 这些是我看书的体会，不一定准确，大家多多批评啊！如何分析第一原理的计算结果转自： 转自量化网 摘要：本文总结了对于第一原理计算工作的结果分析的三个重要方面，以及各自的若干要点用第一原理计算软件开展的工作，分析结果主要是从以下三个方面进行定性/定量的讨论： 1、电荷密度图（charge density）； 2、能带结构（Energy Band Structure）； 3、态密度（Density of States，简称DOS

11、）。 电荷密度图是以图的形式出现在文章中，非常直观，因此对于一般的入门级研究人员来讲不会有任何的疑问。唯一需要注意的就是这种分析的种种衍生形式，比如差分电荷密图（def-ormation charge density）和二次差分图（difference charge density）等等，加自旋极化的工作还可能有自旋极化电荷密度图（spin-polarized charge density）。所谓“差分”是指原子组成体系（团簇）之后电荷的重新分布，“二次”是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布，因此通过这种差分图可以很直观地看出体系中个原子的成键情况。通过电荷聚集（accum

12、ulation）/损失（depletion）的具体空间分布，看成键的极性强弱；通过某格点附近的电荷分布形状判断成键的轨道（这个主要是对d轨道的分析，对于s或者p轨道的形状分析我还没有见过）。分析总电荷密度图的方法类似，不过相对而言，这种图所携带的信息量较小。 能带结构分析现在在各个领域的第一原理计算工作中用得非常普遍了。但是因为能带这个概念本身的抽象性，对于能带的分析是让初学者最感头痛的地方。关于能带理论本身，我在这篇文章中不想涉及，这里只考虑已得到的能带，如何能从里面看出有用的信息。首先当然可以看出这个体系是金属、半导体还是绝缘体。判断的标准是看费米能级和导带（也即在高对称点附近近似成开口向

13、上的抛物线形状的能带）是否相交，若相交，则为金属，否则为半导体或者绝缘体。对于本征半导体，还可以看出是直接能隙还是间接能隙：如果导带的最低点和价带的最高点在同一个k点处，则为直接能隙，否则为间接能隙。在具体工作中，情况要复杂得多，而且各种领域中感兴趣的方面彼此相差很大，分析不可能像上述分析一样直观和普适。不过仍然可以总结出一些经验性的规律来。主要有以下几点： 1） 因为目前的计算大多采用超单胞（supercell）的形式，在一个单胞里有几十个原子以及上百个电子，所以得到的能带图往往在远低于费米能级处非常平坦，也非常密集。原则上讲，这个区域的能带并不具备多大的解说/阅读价值。因此，不要被这种现象

14、吓住，一般的工作中，我们主要关心的还是费米能级附近的能带形状。 2） 能带的宽窄在能带的分析中占据很重要的位置。能带越宽，也即在能带图中的起伏越大，说明处于这个带中的电子有效质量越小、非局域（non-local）的程度越大、组成这条能带的原子轨道扩展性越强。如果形状近似于抛物线形状，一般而言会被冠以类sp带（sp-like band）之名。反之，一条比较窄的能带表明对应于这条能带的本征态主要是由局域于某个格点的原子轨道组成，这条带上的电子局域性非常强，有效质量相对较大。 3） 如果体系为掺杂的非本征半导体，注意与本征半导体的能带结构图进行对比，一般而言在能隙处会出现一条新的、比较窄的能带。这就

15、是通常所谓的杂质态(doping state)，或者按照掺杂半导体的类型称为受主态或者施主态。 4） 关于自旋极化的能带，一般是画出两幅图：majority spin和minority spin。经典的说，分别代表自旋向上和自旋向下的轨道所组成的能带结构。注意它们在费米能级处的差异。如果费米能级与majority spin的能带图相交而处于minority spin的能隙中，则此体系具有明显的自旋极化现象，而该体系也可称之为半金属（half metal）。因为majority spin与费米能级相交的能带主要由杂质原子轨道组成，所以也可以此为出发点讨论杂质的磁性特征。 5） 做界面问题时，衬底

16、材料的能带图显得非常重要，各高对称点之间有可能出现不同的情况。具体地说，在某两点之间，费米能级与能带相交；而在另外的k的区间上，费米能级正好处在导带和价带之间。这样，衬底材料就呈现出各项异性：对于前者，呈现金属性，而对于后者，呈现绝缘性。因此，有的工作是通过某种材料的能带图而选择不同的面作为生长面。具体的分析应该结合试验结果给出。（如果我没记错的话，物理所薛其坤研究员曾经分析过$beta$-Fe的(100)和(111)面对应的能带。有兴趣的读者可进一步查阅资料。） 原则上讲，态密度可以作为能带结构的一个可视化结果。很多分析和能带的分析结果可以一一对应，很多术语也和能带分析相通。但是因为它更直观

17、，因此在结果讨论中用得比能带分析更广泛一些。简要总结分析要点如下： 1） 在整个能量区间之内分布较为平均、没有局域尖峰的DOS，对应的是类sp带，表明电子的非局域化性质很强。相反，对于一般的过渡金属而言，d轨道的DOS一般是一个很大的尖峰，说明d电子相对比较局域，相应的能带也比较窄。 2） 从DOS图也可分析能隙特性：若费米能级处于DOS值为零的区间中，说明该体系是半导体或绝缘体；若有分波DOS跨过费米能级，则该体系是金属。此外，可以画出分波（PDOS）和局域（LDOS）两种态密度，更加细致的研究在各点处的分波成键情况。 3） 从DOS图中还可引入“赝能隙”（pseudogap）的概念。也即在

18、费米能级两侧分别有两个尖峰。而两个尖峰之间的DOS并不为零。赝能隙直接反映了该体系成键的共价性的强弱：越宽，说明共价性越强。如果分析的是局域态密度（LDOS），那么赝能隙反映的则是相邻两个原子成键的强弱：赝能隙越宽，说明两个原子成键越强。上述分析的理论基础可从紧束缚理论出发得到解释：实际上，可以认为赝能隙的宽度直接和Hamiltonian矩阵的非对角元相关，彼此间成单调递增的函数关系。 4） 对于自旋极化的体系，与能带分析类似，也应该将majority spin和minority spin分别画出，若费米能级与majority的DOS相交而处于minority的DOS的能隙之中，可以说明该体系

19、的自旋极化。 5） 考虑LDOS，如果相邻原子的LDOS在同一个能量上同时出现了尖峰，则我们将其称之为杂化峰（hybridized peak），这个概念直观地向我们展示了相邻原子之间的作用强弱。 以上是本人基于文献调研所总结的一些关于第一原理工作的结果分析要点。期冀能对刚进入这个领域内的科研工作者有所启发。受本人的水平所限，文章的内容可能会有理论上的不足甚至错误之处，希望大家指出，共同发展第一原理计算物理的方法和研究内容。 希望大家多读几遍。 http:/cmt.dur.ac.uk/sjc/Castep_Publications/pub.blications.html看看人家用castep怎样

20、选择赝势和K点的关于出错信息的解读（对自己解决问题有帮助）Geomrtry Optimization时，到77步（共100步）就没有反应，我等了一天终于把它停止了，文件中有下列出错信息，请大侠帮忙解读一下。精度是Fine，之前在coarse下可以24步就完成。 1、Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an inaccurate groundstate. If this warning persists, y

21、ou should consider increasing nextra_bands and/or reducing smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 6 to 12. 2、BFGS: Warning - Repeated consecutive reset of inverse Hessian BFGS: without satisfying convergence criteria which BFGS: looks like BFGS has run out of search direct

22、ions. BFGS: Warning - Lets try allowing some uphill steps and see if BFGS: we can get around this barrier. BFGS: Warning - It is possible that the system may now converge to BFGS: a stationary point OTHER than the desired minimum. BFGS: Hint - this may be an indication that either: BFGS: a) you are

23、using a poor guess at geom_frequency_est BFGS: and/or geom_modulus_est, or BFGS: b) you are using unrealistic convergence criteria. BFGS: Suggest therefore that you consider changing them! 3、energies not corrected for finite basis set 什么意思？要修改那些参数？回答：你可以在property中的SCF增加 empty band 和减小smearing来试试关于结合

24、能 形成能的问题我不太明白形成能 结合能和总能之间的关系?是否可以指教回答：举例来说吧。对于Si 块体材料，通过CASTEP计算得到的 能量就叫总能。如果你想把它切开，得到（100）面，通过添加真空层 构建一个spercell，计算得到的也叫总能。 刚才对于Si块体材料的总能乘上系数再减去 Si（100）面总能 这就是Si（100）面的形成能。 乘上的系数 保证 他们的原子总数一致。结合能： 如果在Si(100)面上吸附了一个Mn原子（假如你关心磁性）， 和原来一样计算出总能后， 减去 Si(100)面的 总能 再减去 Mn原子的总能 ，得到的就是 binding energy 那位高手能够介

25、绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？比如说LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alders在年代对均匀电子气总能量的Monte Carlo模拟。广

26、义梯度近似（）：是Jacob阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|n(r)|），在描述交换相关能方面，梯度引入了非定域性。泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及Perdew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的GGA，比如Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Lapl

27、ace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常仍然归类为GGA.（见后面英文介绍）请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢*在build下的symtrey有make P1*不是降低对称性，是构建超胞make supper cell然后就可以删去一个原子了正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响可以建大一点的超晶胞(比如222超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，毕竟缺陷浓度是很低的。*都可以啊！先看一下show symmetry 是P1就可以直接删一个，如果不是就换成P1，一般 make supercell 后自动变成P1了，你可以根

28、据自己所需的浓度选择其中一种方式MS无法收敛请大家帮忙看看了,掺杂Eu的体系,一开始提示增加empty band,减小smear,都做了,把精度设置到coarse,可最后还是在100轮后提示无法收敛.- - SCF*Warning* max. SCF cycles performed but system has not reached the groundstate.Current total energy, E =-10141.84970726 eVCurrent free energy (E-TS)=-10141.84970726 eV(energies not corrected fo

29、r finite basis set)NB est. 0K energy (E-0.5TS) =-10141.84970726 eV*Warning: electronic minimisation did not converge during finite basis set correction.*Checkpoint file cannot be written.Error calculate_finite_basis : Convergence failed when doing finite basis set correction.Error calculate_finite_b

30、asis : Convergence failed when doing finite basis set correction.*Warning: electronic minimisation did not converge during finite basis set correction.*Checkpoint file cannot be written.1 MPI Abort by user Aborting program !1 Aborting program!0 MPI Abort by user Aborting program !0 Aborting program!回答：1.增加smearing 容易收敛，但是太大可能结果会有些问题。2.增加循环的圈数，3.增加空带数目，4.体系有自旋单电子的，要设置自旋极化，如果设置非自旋极化，可能不收敛5. 如果是金属体系，比较难收敛，可以试试修改k点和empty band 试试看。1.