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08基地班蛋白质与酶工程复习思考题要点.docx

1、08基地班蛋白质与酶工程复习思考题要点蛋白质工程与酶工程复习思考题(08基地班整理,答案仅供参考)第一部分 蛋白质工程1. 怎样理解蛋白质工程?以蛋白质的结构和功能为基础,通过基因修饰或基因合成而改造现存蛋白质或组建新型蛋白质的现代生物技术。蛋白质工程正在形成以改造现有蛋白质和制造新型蛋白质为中心的第二代遗传工程。2. 肽键是什么? 氨基酸之间脱水后形成的键为肽键,也为酰胺键 3. 一级结构与空间构象、功能之间的关系?蛋白质的一级结构(primary structure)指它的蛋白质分子中各个氨基酸残基的排列顺序。蛋白质的一级结构决定了空间构象,空间构象决定了蛋白质的生物学功能,参与功能部位的

2、残基或处于特定构象关键部位的残基对蛋白质的生物学功能往往起定性作用;一级结构相似的蛋白质,其折叠后的空间构象以及功能往往相似,一级结构的变化引起功能的变化。4.天然蛋白质中主要的二级结构的类型有哪些?蛋白质的二级结构:指蛋白质多肽链本身的折叠与盘绕方式,。类型包括:螺旋、折叠、转角、自由回转等。5.常见氨基酸的结构通式,20种常见氨基酸中有无不符合此通式的氨基酸?除脯氨酸外,脯氨酸(Pro)的侧链R-基与主链N原子共价结合,形成一个环状的亚氨基酸,其他均具有如下结构通式。 R |H2NCC00H| H6.什么是变性、复性?变性:天然蛋白质因受到物理和化学的因素影响,使蛋白质严格的空间结构受到破

3、坏,(但不包括肽键的裂解),从而引起蛋白质若干理化性质和生物学性质的改变,这种现象称为蛋白质变性作用。 复性:变性的蛋白质恢复其天然活性的现象称为复性7.常见的氢键发生在哪些基团间?氢键: 由同一条肽链内每个氨基酸残基的两个肽键衍生而来,即每个氨基酸残基的NH与前面每隔3个氨基酸残基的C=O形成的。 8.常见氨基酸的旋光性如何?除甘氨酸外,都具有旋光性。从蛋白质水解得到的-氨基酸均为 L-型氨基酸9.分子伴侣定义及其功能?分子伴侣:是进化上十分保守的蛋白质家族,广泛存在于多种生物体内,其主要作用是与新生肽或部分折叠的蛋白质的疏水表面结合,加速其折叠或组装成天然构象的进程,并防止其相互聚集和错误

4、折叠。10.维持蛋白质空间构象的作用力有哪些?一级结构:肽键、二硫键(都属于共价键)二级结构:氢键(主链上C=O和NH之间形成)三、四级结构:二硫键、次级键(氢键疏水键、疏水键、离子键、华力、配位键) 11.设计的蛋白质二级结构如果是连续螺旋时,要注意什么?设计螺旋时,应选择象Leu、Glu等易于形成螺旋的残基;12.维持蛋白质二级结构的主要作用力是什么?二级结构:氢键(主链上C=O和NH之间形成)13.血红蛋白的结构与功能。 血红蛋白由四个亚基构成,分别为两个亚基和两个亚基,每个亚基由一条肽链和一个血红素分子构成 。血红蛋白一级结构变化而引起镰刀型贫血病。 血红蛋白的载氧气过程具有变构效应。

5、功能:血红蛋白的一级结构变化而引起镰刀型贫血病14.进行蛋白质分子设计时,需要选择哪种类型的氨基酸用作核心?(1)设计螺旋时,应选择象Leu、Glu等易于形成螺旋的残基;(2)设计全结构时,应选择Val、Ile等易于形成折叠片的残基;(3)而在设计转角时常选择Pro-Asn残基对。 ( Pro、Gly中断螺旋,Glu中断折叠) 15. 蛋白质分子设计的分类?(1)定点突变或化学修饰法(2)拼接组装设计法(3)从头设计全新蛋白质16. 蛋白质分子设计的一般程序。17.亲和标记是什么?亲和标记:借助亲和作用对目的分子进行标记的方法,多用于对蛋白质(如酶、抗体等)的标记。亲和性标记试剂是具有化学反应

6、性的蛋白质分子的底物或配体的类似物,能与天然底物或配体竞争蛋白质分子的结合位点,这类试剂具有高度的位点专一性。17. 制造突变的主要分子生物学方法、原理?(1)定点突变 :定点突变技术可以随心所欲地在已知DNA序列中取代、插入或缺失一定长度的核苷酸片段。几种寡核苷酸介导的基因突变方法:Kunkel 突变法 利用Kunkel 法以M13噬菌体DNA为载体进行寡核苷酸介导的位点特异性突变基于抗生素抗性“回复”的突变方法基于去除特定限制酶切位点的突变(2)蛋白质的体外分子定向进化易错PCR(Error prone PCR):通过改变PCR反应条件,如降低一种dNTP的量(降至5%-10%)、以dIT

7、P来代替被减少的dNTP、增加Mn2+和Mg2+的浓度或使用低保真度的DNA聚合酶等,使碱基在一定程度上随机错配而引入多点突变。 DNA 搅乱重组(DNA shuffling):将来源不同但功能相同的一组同源基因,用核酸酶消化成随机片段,由这些随机片段组成一个文库,使之互为引物和模板进行PCR扩增,当一个基因拷贝片段作为另一基因拷贝的引物时,引起模板互换,重组因而发生,导入体内后,选择正突变体作为新一轮的体外重组。18. 蛋白质分子中容易进行反应的侧链基团有哪些?巯基、氨基和羧基特别容易产生有用的取代。19. 内含肽的定义。内含肽是一个蛋白质前体中的多肽序列,可以催化自身从蛋白质前体中断裂,使

8、两侧的蛋白质外显子连接成成熟的蛋白质。 20. 表达载体的基本构成。()复制起始点()选择性基因()强的、可诱导的启动子()强的转录终止序列()核糖体结合位点()合适的多克隆位点21. 常用的蛋白质表达系统及优缺点。(1)细菌表达系统培养方法简单、增殖快、生产成本低,但缺乏真核细胞特有的加工后处理,外源蛋白大量表达容易形成包涵体,而且在菌体中表达的外源蛋白,在原核细胞中不稳定,易被菌体蛋白酶破坏。(2)酵母表达系统既具有原核细胞的增殖快、操作简单、成本低等优点,又可以象其他真核细胞一样完成对蛋白质转录和翻译后的修饰。但它的蛋白水解酶类,可降解异体蛋白质,使产品产量降低。(3)昆虫表达系统优点是

9、能较高水平地表达不同动物来源的基因,能够有效地进行蛋白质翻译后的加工。主要缺点是不能连续合成重组蛋白,因为重组病毒感染昆虫细胞或昆虫幼虫4-5天后,细胞就裂解,幼虫即死亡。(4)哺乳动物细胞是生产哺乳动物蛋白质最好的场所,其表达真核基因比其他几种表达系统更优越,能对蛋白质进行各种类型的加工和修饰,还能表达有功能的膜蛋白及分泌性蛋白。其缺点是组织细胞培养的技术要求高,培养和筛选细胞株的周期长,成本较高。22. 何谓报告分子?融合蛋白报告分子:将易于检测的蛋白质与目的分子融合表达,可显示目标分子的存在和定位,广泛应用于启动子分析、监控转基因及其表达、细胞的信号转导与药物的筛选 ,如绿色荧光蛋白(G

10、reen fluorescent protein, GFP)23. 测定蛋白质空间结构的主要方法?(1)X射线晶体衍射技术:要求蛋白质是晶体存在状态,而对一些柔性的、结构复杂的生物大分子蛋白质来说,比较难以得到所需的晶体结构。(2)核磁共振技术:能测出溶液状态下分子量较小蛋白质的结构,但对分子量较大的蛋白质的数据处理显得比较复杂。(3)现代光谱技术(4)三维电镜衍射技术(5)动力学全精研究技术24. 在测定蛋白质结构时,核磁共振技术NMR法的特点有哪些?NMR可以方便地在溶液中研究分子结构并且是唯一可以使试样不经受任何破坏的结构分析方法。NMR的非破坏性使得NMR谱图可以确定完整生物大分子中某

11、成分的存在和浓度从而与X-Ray晶体衍射互为补充.缺点:分辨率不高。能测出溶液状态下分子量较小蛋白质的结构,但对分子量较大的蛋白质的数据处理显得比较复杂。25. 世界上第一个用化学方法人工合成的蛋白质是什么?牛胰岛素26. 蛋白质组的概念?一个细胞在特定生理或病理状态下表达的所有种类的蛋白质称为蛋白质组.27. 去污(垢)剂的作用?去垢剂用来溶解经过离液剂处理而暴露蛋白质的疏水基团,(常用的去垢剂有离子去污剂SDS、非离子去污剂Triton X-100和NP-40、两性离子去垢剂CHAPS、OBG等,其中CHAPS应用最普遍)。28. 蛋白质进行质谱分析(MS)的简要过程?离子源轰击样品带电荷

12、的碎片离子电场加速(zeU)获得动能(mv2)磁场分离检测器记录其中,z为电荷数,e为电子电荷,U为加速电压,m为碎片质量,v为电子运动速度。29. 蛋白质的常用染色方法有哪些?考马斯亮兰(Coomassie stain) 银染(Silver Stain )荧光染色(SYPRO Ruby protein gel stain)负染30. 离子交换层析的原理是什么? 离子交换层析的原理:样品中待分离的溶质离子,与固定相上所结合的离子交换,不同的溶质离子与离子交换剂上离子化的基团的亲和力和结合条件不同,洗脱液流过时,样品中的离子按结合力的弱强先后洗脱,达到分离的目的。蛋白质是由氨基酸聚合形成的聚合物

13、,所以蛋白质也存在等电点(pI),蛋白质在溶液中带电状况同氨基酸相同,取决于所处溶液的pH 值。当pI pH时,蛋白质带净正电荷。阴离子交换剂本身带正电荷,阳离子交换剂本身带负电荷,因此蛋白质可以用阳离子交换剂或阴离子交换剂进行离子交换层析。31. 盐析的定义。盐析:蛋白质在高浓度中性盐溶液中会沉淀析出,常用硫酸铵进行沉淀。32. 蛋白质分离纯化的一般步骤。(一)材料制备1、选材 2、破碎 3、混合物的分离 (二)粗分级 盐析、有机溶剂分级沉淀、超速离心法、等电点沉淀法、透 析按照分子大小进行分离.分离取决于透析袋截留的分子量、超滤除小分子杂质,分离、浓缩蛋白质 (三)细分级凝胶层析、离子交换

14、层析、亲和层析、电泳法33. 分子筛层析(凝胶层析)分离纯化蛋白质的原理?凝胶层析原理: (1)分子量大的物质不能进入凝胶粒子内部,随洗脱液从凝胶粒子之间的空隙挤落下来,所以大分子物质迁移速度快; (2)小分子物质要通过凝胶网孔进入凝胶粒子内部,所以小分子物质迁移速度慢。34. 溶液pH值与蛋白质等电点的关系?等电点(pI):蛋白质在溶液中带电状况同氨基酸相同,取决于所处溶液的pH 值。当pI pH时,蛋白质带净正电荷。35. 圆二色谱(CD)的原理是什么?圆二色谱是利用不对称分子对左、右圆偏振光吸光率的不同来分析蛋白质的结构。研究稀溶液中蛋白质结构的一种简单、快速而又较准确的方法。36. 双

15、向电泳的第一向、第二向各是什么,分别根据什么原理?第一向:电聚焦电泳(IEF)根据蛋白质等电点的不同,将蛋白质加到含有不同pH值的两性电解质的聚丙烯酰胺凝胶中,蛋白质样品在此凝胶中移动到与其等电点相同的pH梯度处后净电荷为零,在凝胶中不再移动,也就是相同等电点的蛋白质聚焦在相同pH梯度处,从而把不同等电点的蛋白质分开。第二向:变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),根据分子量大小对蛋白进行分离。37. 蛋白质组学的研究方法有哪些?蛋白质组学(proteomics):指研究蛋白质组的技术及这些研究所得到的结果,其内容包括蛋白质鉴定、翻译修饰、蛋白质功能确定、蛋白质与疾病的关系、蛋白质相互作用

16、。蛋白质组学的主要研究方法:(1)双向电泳技术(2DE)(2)计算机图像分析与大规模数据处理技术(3)质谱技术(MS)第二部分 酶工程1、Sumner、Fisher、Koshland、Henri、Michaelis和Menten、Jacob和Monod、Cech和Altmam及千畑一郎对酶工程学的发展做出的主要贡献是什么?酶工程发展历史中的关键事件?Sumner刀豆提取液中分离得到脲酶结晶,证明它具有蛋白质的性质,提出酶的本质是蛋白质的观点。Fisher锁钥学说Koshland诱导契合学说Henri中间产物学说Michaelis和Menten米氏方程 Jacob 和 Monod操纵子学说Cec

17、h和Altmam核酶Ribozyme千畑一郎氨基酰化酶反应用于以D,L-氨基酸为原料的L-氨基酸生产,实现了酶连续反应的工业化。这是世界上固定化酶用于工业的开端。酶工程的发展历史:最早的酶学实验:1773年,意大利科学家斯巴兰让尼(Spallanzani)观察到,鸟的胃液能将肉类分解消化。最早的酶制剂:1833年佩恩(Payen)和帕索兹 (Persoz) 从麦芽的水抽提物中,用酒精沉淀得到一种可使淀粉水解成可溶性糖的物质,称之为淀粉酶(diastase),并指出了它的热不稳定性。1897年,巴克纳兄弟( Bchner)用石英砂磨碎酵母细胞,并制备不含酵母细胞的抽提液,用它能使蔗糖发酵,从而阐

18、明了发酵是酶的作用的化学本质。揭开了20世纪酶学和酶工程学的发展序幕1926年,Sumner首次从刀豆提取液中分离得到脲酶结晶,证明它具有蛋白质的性质,提出酶的本质是蛋白质的观点。19301936年Northrop等得到了胃蛋白酶、胰蛋白酶等的结晶并证实酶是蛋白质的化学本质。1960年,Jacob和Monod提出操纵子学说,阐明了酶生物合成的基本调节机制。1982年,Thomas R.Cech等人发现四膜虫细胞的26S rRNA前体具有自我剪接功能,将这种具有催化活性的天然RNA称为核酶Ribozyme。1949年,日本-淀粉酶的深层发酵成功工业化生产酶制剂1969年,固定化酶应用获得成功,各

19、种类型的酶反应器建立2、酶的抑制剂类型及各种抑制剂的特点。1、可逆抑制剂(1)竞争性抑制剂:竞争性抑制剂的结构与底物结构相似,与底物竞争同一种酶的活性中心,从而影响E与S的结合。竞争性抑制通常可以通过增大底物浓度,即提高底物的竞争能力来消除。特点:I与S分子结构相似;Vmax 不变,表观Km增大;抑制程度取决于I与E的亲和力 ,以及I和S的相对浓度比例。(2)非竞争性抑制剂:酶可同时与底物及抑制剂结合,引起酶分子构象变化,并导至酶活性下降。由于这类物质并不是与底物竞争与活性中心的结合,所以称为非竞争性抑制剂。 特点:I与S分子结构不同;Vmax 减小,表观Km不变;抑制程度取决于I大小。(3)

20、反竞争性抑制剂:抑制剂仅与酶和底物的中间复合物结合而抑制酶活性。特点:I与S分子结构不同,I只与ES结合Vmax 和表观Km都减小;抑制程度取决于I和ES二者的浓度。2、不可逆抑制剂:指抑制剂与酶活性中心基团以共价结合,引起酶活性丧失。抑制剂与酶的必需基团以牢固的共价键结合, 使酶丧失活性, 不能用透析、超滤等物理方法除去抑制剂使酶恢复活性。(1)非专一性不可逆抑制剂:指抑制剂可作用酶分子上的不同基团或作用于几类酶,如烷化剂碘乙酸等。(2)专一性不可逆抑制剂:指抑制剂只作用于酶蛋白分子中一种氨基酸侧链基团或仅作用于一类酶,如有机汞专一作用于巯基。3、培养基的五大要素。 碳源、氮源、无机盐、生长

21、因子、水4、培养条件对微生物产酶有影响,如何进行调节控制?(1)pH值的控制:在培养基中加入pH缓冲剂,或在进行工业发酵时补加酸、碱。(2)温度的控制:细胞发酵产酶的最适温度与细胞生长最适温度不同,不同的发酵时期需要保持不同的温度。(3)溶解氧的控制:调节通气量、调节氧的分压 、调节气液接触时间 、调节气液接触面积 、改变培养液的性质 5、酶生物合成的模式及其生物学特征。 同步合成型,特点:(1)酶的生物合成可以诱导,不受分解代谢物阻遏和反应产物阻遏;(2)当除去诱导物或细胞进入平衡期后,酶的合成立即停止;(3)酶所对应的mRNA很不稳定。 延续合成型(最理想的酶合成模式),特点:(1)酶的合

22、成可以诱导,不受分解代谢物或产物的阻遏;(2)酶所对应的mRNA相当稳定,在生长平衡期后仍可继续较长时间用于酶的合成。 中期合成的特点(1)酶的合成受到反馈阻遏;(2)所对应的mRNA不稳定。 滞后合成型的特点(1)在对数生长期不合成酶(可能是受到分解代谢物阻遏的影响);(2)所对应的mRNA稳定性高。6、酶制备的一般流程? 1、材料的选择和预处理(动物、植物或微生物)2、细胞破碎3、酶提取4、酶分离纯化(离心分离、过滤分离、沉淀分离、层析分离、电泳分离、萃取分离、结晶分离等)5、酶浓缩、干燥6、酶贮存7、根据欲分离蛋白与杂蛋白分子大小的不同,可以采用哪些方法进行分离? 透析、超滤、凝胶层析、

23、离心、 电泳8、离心方法的分类? 1、差速离心2、密度梯度离心(速度区带离心) 3、等密度梯度离心9、凝胶层析中分配系数Ka表示什么?VeVo分配系数Ka Vi(峰洗脱体积 Ve:被分离物质通过凝胶柱所需洗脱液的体积外水体积 Vo:色谱柱内凝胶颗粒间隙,亦称间隙体积内水体积 Vi:凝胶为三维网状结构,颗粒内部仍有空间,液体可进入颗粒内部,又称定相体积。 )Ka0时,VeVo 即该分子被完全排阻于凝胶颗粒之外,全部分布于流动相里,固定相里分布为零(A);Ka1时,VeVo + Vi 即该分子完全不被排阻,均匀的分布在流动相和固定相里,两相比值为1(C);0 Ka 1时, Ve = Vo + Kd

24、 * Vi 即表明分子受到部分排阻(B)。10、双水相萃取中一般的双水相系统是有哪两部分组成?双水相一般由按一定百分比组成的互不相溶的盐溶液和高分子溶液或者两种互不相溶的高分子溶液组成。可以构成双水相的体系有:(1)离子型高聚物非离子型高聚物,如PEGDEXTRAN(2) 高聚物相对低分子量化合物,如PEG硫酸铵 11、几种固定化方法的优缺点比较(表格)。方 法优 点缺 点吸附法制作条件温和、简便、成本低、载体再生、可反复使用结合力弱,对pH、离子强度、温度等因素敏感,酶易脱落,酶的装载容量较小共价法载体与偶联方法可选择性大;酶的结合力强,非常稳定偶联条件激烈,易引起酶失活;成本高,某些偶联试

25、剂有一定毒性交联法可用的交联试剂多,技术简易,酶的结合力强,稳定性高交联条件激烈,机械性能差包埋法包埋材料、包埋方法可选余地大,固定化酶的使用面广,包埋条件温和仅可用于低分子量的底物,不适用于柱系统,常有扩散限制问题12、固定化酶的评价指标。1、固定化酶(细胞)的活力:固定化酶(细胞)催化某一特定化学反应的能力,其大小可用在一定条件下它所催化的某一反应的反应初速度来表示。表示为umolmin-1mg-1。如是酶膜、酶管、酶板,则以单位面积的反应初速度来表示,umolmin-1cm-2。固定化酶活力、固定化酶比活力、相对酶活力(P84)2、酶固定化效率及活力回收率固定化酶总活力 活力回收100

26、被固定游离酶总活力 (加入总酶活力未结合酶活力)酶结合效率100 加入总酶活力3、固定化酶(细胞)的半衰期固定化酶(细胞)的半衰期是指在连续测定条件下,固定化酶(细胞)的活力下降为最初活力一半所经历的连续工作时间,以t1/2表示。13、固定化酶的性质与游离酶相比有哪些方面的变化,主要是哪些方面引起的?1、酶稳定性的的变化,引起变化的原因: (1)固定化后酶分子与载体多点连接,可防止酶分子伸展变形。(2)抑制自降解。将蛋白酶与固态载体结合后,由于其失去了分子间相互作用的机会,从而抑制降解并有利于提高稳定性。 2、固定化酶最适温度的变化,引起变化的原因: 用不同的方法或载体进行固定化,其最适温度可

27、能不同3、固定化酶最适pH的变化,引起变化的原因: (1)载体的带电性质,带负电荷的载体,固定化酶最适pH值比游离酶的高,带正电荷的载体,固定化酶最适pH值比游离酶的低 (2)产物酸碱性酸性: 固定化酶的最适pH值比游离酶的高碱性: 固定化酶的最适pH值比游离酶的低4、固定化酶底物特异性的变化,引起变化的原因: 载体的空间位阻作用5、固定化酶活力的变化,引起变化的原因:(1)酶分子在固定化过程中,空间构象会有所变化,甚至影响了活性中心的氨基酸;(2)固定化后,酶分子空间自由度受到限制(空间位阻),会直接影响到活性中心对底物的定位作用;(3)内扩散阻力使底物分子与活性中心的接近受阻;(4)包埋时

28、酶被高分子物质半透膜包围,大分子底物不能透过膜与酶接近。6、米氏常数Km的变化,引起变化的原因: 固定化酶的表观米氏常数Km随载体的带电性能变化。由于高级结构变化及载体影响引起酶与底物亲和力变化,从而使Km变化。14、各种固定化方法的优缺点。15、为什么酶要进行分子修饰?酶进行分子修饰的原因:(1)稳定性(受蛋白酶水解)(2)作用的最适条件(pH中性、室温、溶液状态)(3)酶的主要动力学性质的不适应( Km值大,与底物的亲和力小)(4)临床应用的特殊要求(抗原性)16、酶的哪些侧链基团可以进行化学修饰?极性氨基酸残基 1、氨基修饰(赖氨酸残基) 2、羧基修饰(谷氨酸、天冬氨酸残基) 3、巯基修

29、饰(半胱氨酸残基) 4、咪唑基修饰(组氨酸残基) 5、胍基修饰(精氨酸残基) 6、吲哚基修饰(色氨酸残基) 7、酚羟基修饰(酪氨酸残基) 8、甲硫基修饰(甲硫氨酸残基)9、羟基修饰(丝氨酸、苏氨酸残基)17、有机介质反应体系有哪些类型?1、与水互溶的有机溶剂-水单相体系2、非极性有机溶剂-水两相体系3、非极性有机溶剂-酶悬浮体系4、非极性有机溶剂-PEG修饰酶单相体系5、反胶束体系18、有机介质反应体系中酶的性质有哪些改变?一、有机介质体系中酶活性的变化,酶在有机溶剂中的活性比在水溶液里低。(原因:1、传质障碍2、酶分子活性中心刚性的增加3、酶促反应活化能的增加)二、酶的稳定性的变化:热稳定性

30、提高、储存稳定性提高、对变性剂的稳定性提高三、pH值特性pH记忆:有机溶剂中的酶能够保持它冷冻干燥前或吸附到载体上之前所在缓冲液中的pH。四、底物专一性(相对专一性、立体异构选择性、区域选择性、前手性选择性)酶与底物的结合能取决于酶与底物复合物的结合能和酶、底物及溶剂相互作用能的差,因此酶与底物的结合受到溶剂的影响。五、反应平衡方向的移动19、如何选择合适的酶反应器?影响酶反应器选择的因素很多,但一般可以从以下几个方面考虑:酶的形式(游离/固定化)固定化酶的形状底物的物理性质酶反应动力学性质酶的稳定性操作要求反应器制造、控制成本20、生物传感器的分子识别机制。酶促反应免疫化学反应 生物反应中的物理量变化微生物反应21、定义:操纵子(operon): 是基因表达的协调单位,一组功能上相关,受同一调控区控制的基因 组成的一个遗传单位。由调节基因、启动子、操纵基因和结构基因组成,其功能是转录mRNA。诱导酶: 某些代谢物可以诱导某些酶的合成,是通过促进为该酶编码的基因的表达而进行的,被诱导合成的酶叫

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