如何用Diamond构建Polyhedral图.docx

1、如何用Diamond构建Polyhedral图关于如何构建晶体结构，我们前期介绍了CrystalMaker这款软件。下面几期内容我们将介绍另外一款常用的晶体结构软件“ Diamond ”。本期内容将介绍如何用Diamond构建立体多边形结构（本期内容来自广州大学汤政斌同学的投稿，在此表示感谢）。1. 导入晶胞： 把cif文件拖入diamond即可；或者open a file（直接打开） 打开后，弹出以下窗口，点击下一步，即可。 继续点击下一步。 当弹出picture design设置窗口时，建议把background颜色选白色（个人爱好）。按下一步，再按完成，即出现下图。2. 添加与修饰多面体

2、 点击工具栏的Build,选择PolyhedraAdd Polyhedra（添加多面体）。 选择中心原子与对应配位原子，构成多面体。(首先Al和O配位) 然后，点击Design。 a. 弹出polyhedra design 设置窗口（颜色选了turquoise，透明度调至0.6），然后点击Material。b. 弹出Material settings 窗口如下图（Blue 调至0.3）个人觉得此处可以把多面体调亮一点，更有光泽。 c. 总体设置如下图。 d. 设置完上述步骤，即可点击Apply now。e. Al 和O 配位的效果图如下。 重复步骤二的 - ，建立Lu和O的配位的多面体结构（红

3、色、透明度：0.8；material settingRed:0.50）。即可得到如下效果图。 添加骨架，点击工具栏的picturePolyhedral Designs把勾去掉添加骨架后的效果图 设置Al和Lu原子的颜色：工具栏pictureatom design效果图3. 选择其中一个Lu原子点击鼠标右键copy点击工具栏的EditCopy To New PictureCopy to new picture 后的效果图如下： 选中整个多面体结构，点击工具栏BuildConnect Atoms效果图选中整个多面体，对着骨架右键，点击AddBond Labels弹出设置窗口如下图效果图如下 a.为中心原子添加标签，右键中心原子，AddAtoms Labelsb. 点击工具栏Picture Atoms Designs（设置中心原子颜色）效果图 a.选择随便其中一个原子，右键copy；再点击工具栏Editcopy to new picture，得到新的图如下，把所有氧原子选中（按着Ctrl键，点击鼠标左键），再点击右键destroyatoms.b. 对球体进行颜色编辑4. 导出图片。a. 点击工具栏的picturelayoutbitmap调成200或者300（个人喜欢，看起来更清晰）。b.点击editcopy，即可在PPT等中粘贴。