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实验室常用技术参数资料.docx

1、实验室常用技术参数资料实验室常用技术参数资料一、核酸及蛋白质常用数据化合物 分子量 max(pH7.0) 1摩尔溶液(pH7.0)中max时的最大吸收值 OD280/OD260 ATP 507 259 15400 0.15 CTP 483 271 9000 0.97 GTP 523 253 13700 0.66 UTP 484 262 10000 0.38 dATP 494 259 15200 0.15 dCTP 467 271 9300 0.98 dGTP 507 253 13700 0.66 dTTP 482 267 9600 0.71 2常用核酸的长度与分子量核酸核苷酸数分子量DNA48

2、502(双链环状)3.0107pBR3224363(双链)2.810628SrRNA48001.610623SrRNA37001.210618SrRNA19006.110519SrRNA17005.51055SrRNA1203.6104tRNA(大肠杆菌)752.51043常用核酸蛋白换算数据(1)重量换算1g=10-6g 1pg=10-12g1ng=10-9g 1fg=10-15g(2)分光光度换算:1A260双链DNA=50g/ml1A260单链DNA=30g/ml1A260单链RNA=40g/ml(3)DNA摩尔换算:1g 100bp DNA=1.52pmol=3.03pmol末端1g

3、pBR322 DNA=0.36pmol1pmol 1000bp DNA=0.66g1pmol pBR322=2.8g1kb双链DNA(钠盐)=6.6105道尔顿1kb单链DNA(钠盐)=3.3105道尔顿1kb单链RNA(钠盐)=3.4105道尔顿(4)蛋白摩尔换算:100pmol分子量100,000蛋白质=10g100pmol分子量50,000蛋白质=5g100pmol分子量10,000蛋白质=1g氨基酸的平均分子量=126.7道尔顿(5)蛋白质/DNA换算:1kb DNA=333 个氨基酸编码容量=3.7104MW蛋白质10,000MW蛋白质=270bp DNA30,000MW蛋白质=81

4、0bp DNA50,000MW蛋白质=1.35kb100,000MW蛋白质=2.7kb DNA4常用蛋白质分子量标准参照物(1)高分子量标准参照(2)中分子量标准参照(3)低分子量标准参照肌球蛋白分子量磷酸化酶B97,400碳酸酐酶31,00肌球蛋白212,000牛血清白蛋白66,200大豆脻蛋白酶21,500-半乳糖甘酶B116,000谷氨酶脱氢酶55,000抑制剂磷酸化酶B97,400卵白蛋白42,700马心肌球蛋白16,900牛血清白蛋白66,200醛缩酶40,000溶菌酶14,400过氧化氢酶57,000碳酸酐酶31,000肌球蛋白(F1)8,100醛缩酶40,000大豆脻蛋白酶21,

5、500肌球蛋白(F2)6,200抑制剂肌球蛋白(F3)2,500溶菌酶14,4005常用DNA分子量标准参照物DNA/HindDNA/EcoR/Hind+EcoRpBR322/Hae23130212262122758712394167421514840510465575804497350489436156434268458802322484335304346420273530202726757564190423451125158421321137519218974184118311247564125续上表pBR322/Hinf174/Hinf174/Hae 174/Tap16317261401

6、353291451771311810781175506553100872404396500826033273444176631023129841348281141221311422718722024940234541542002419433751511182072二、常用缓冲液1分子克隆常用缓冲液2磷酸缓冲液(1)25下0.1mol/L磷酸钾缓冲液的配制pH1mol/L K2HPO4(ml)1mol/L KH2PO4(ml)5.88.591.56.013.286.86.219.280.86.427.872.26.638.161.96.849.750.37.061.538.57.271.728.

7、37.480.219.87.686.613.47.890.89.28.094.06.2(2)25下0.1mol/L磷酸钠缓冲液的配制pH1mol/L Na2HPO4(ml)1mol/L NaH2PO4(ml)5.87.992.16.012.088.06.217.882.26.425.574.56.635.264.86.846.353.77.057.742.37.268.431.67.477.422.67.684.515.57.889.610.48.093.26.8:用蒸馏水将混合的两种1mol/L贮存液稀释至1000ml,根据Henderson-Hasselbalch方程计算其pH值:pH=p

8、K+1g(质子受体/质子供体)在此,pK=6.86(25)。3电泳缓冲液测序凝胶加样缓冲液98%去离子甲酰胺10mol/L EDTA(pH8.0)0.025%二甲苯青FF0.025%溴酚蓝甲酰胺:许多批号的试剂级甲酰胺,其纯度符合使用要求,无须再进行处理。不过,一旦略呈黄色,则应用在磁力搅拌器上将甲酰胺与Dowex XG8混合床树脂共同搅拌1小时进行去离子处理,并用Whatman 1号滤纸过滤2次,去离子甲酰胺分装成小份,充氮存于-70。常用的电泳缓冲液缓冲液使用液浓贮存液(每升)Tris-乙酸(TAE)1:0.04mol/L Tris-乙酸50:242g Tris碱0.001mol/L ED

9、TA57.1ml冰乙酸100ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)Tris-磷酸(TPE)1:0.09mol/L Tris-磷酸10:10g Tris碱0.002mol/L EDTA15.5ml85%磷酸(1.679g/ml)40ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)Tris-硼酸(TBE)a0.50.045mol/L Tris-硼酸5:54g Tris碱0.001mol/L EDTA27.5硼酸20ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)碱性缓冲液b1:50mmol/L NaOH1:5ml 10mol/L NaOH1mmol/L EDTA2ml 0.5mmol/L ED

10、TA(pH8.0)Tris-甘氨酸c1:25mmol/L Tris5:15.1g Tris250mmol/L 甘氨酸94g 苷氨酸(电泳级)(pH8.3)0.1% SDS50ml 10% SDS(电泳级)说明:TBE溶液长时间存放后会形成沉淀物,为避免这一问题,可在室温下用玻璃瓶保存5溶液,出现沉淀后则予以废弃。以片都以1TBE作为使用液(即1:5稀释浓贮液)进行琼脂糖凝胶电泳。但0.5的使用液已具备足够的缓冲容量。目前几乎所有的琼脂糖胶电泳都以1:10稀释的贮存液作为使用液。进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓冲液槽较小, 故通过缓冲液的电流量通常较大,需要使用1TBE以提供足够的缓冲容量。碱性电泳

11、缓冲液应现用现配。Tris-甘氨酸缓冲液用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳。2SDS凝胶加样缓冲液:100mmol/L TrisHCl(6.8)200mmol/L二硫苏糖醇(DTT)4%SDS(电泳级)0.2%溴酚蓝20%甘油不含DTT的2SDS凝胶加样缓冲液可保存于室温,应在临用前取1mol/L贮存液现加于上述缓冲液中。4凝胶加样缓冲液缓冲液类型6缓冲液贮存温度0.25%溴酚蓝40.25%二甲苯青FF40%(W/V)蔗糖水溶液0.25溴酚蓝室温0.25%二甲苯青FF15%聚蔗糖(Ficoll400)0.25%溴酚蓝40.25%二甲苯青FF30%甘油水溶液0.25%溴酚蓝440%(W/V)蔗糖水溶液碱

12、性加样缓冲液:300mmol/L NaOH6mmol/L EDTA18%聚蔗糖(Ficoll400)40.15%溴甲酚绿0.25%二甲苯青FF使用以上凝胶加样缓冲液的目的有三:增大样品密度;以确保DNA均匀进入样品孔内;使样品呈现颜色,从而使加样操作更为便利,含有在电块中能以可预知速率向阳极泳动的染料。溴酚蓝在琼脂糖中移动的速率约为二甲苯青FF的2.2倍,而与琼脂糖浓度无关。以0.5TBF作电泳液时,溴酚蓝在琼脂糖中的泳动速率约与长300bp的双链线状DNA相同,而二甲苯青FF的泳动则与长4kb的双链线状DNA相同。在琼脂糖浓度为0.5%1.4%的范围内,这些对应关系受凝胶浓度变化的影响并不显

13、著。选用哪一种加样染料纯属个人喜恶。但是,对于碱性凝胶应当使用溴甲酚绿作为示踪染料,因为在碱性pH条件下其显色较溴酚更蓝为鲜明。5各种pH值的Tris缓冲液的配制各种pH值的Tris缓冲液的配制 所需pH值(25)0.1mol/L HCl的体积714577244773434744207540376385773667834579320802928.126.28.222.98.319.98.417.28.514.78.612.48.710.38.88.58.97.0某一特定pH值的0.05mol/L Tris缓冲液的配制:将50ml 0.1mol/L Tris碱溶液与上表所示相应体积(单位:ml)

14、的0.1ml/L HCl混合,加水将体积调至100ml(2)温度对50mmol/L TrisHCl液pH值的影响42537817572827673837774847875857976868077878178888279898380908481918582928683938784948885(6)常用缓冲液的pKa值缓冲液分子量pKa值缓冲范围Trisa12.18.087.17.9HEPESb283.37.477.28.2MPOSc209.37.156.67.8PIPESd304.36.766.27.3MESe195.26.095.46.8a:三羟甲基氨基甲烷;b:N-2-羟乙基哌嗪-N-2-乙

15、磷酸;c:3-(N-吗啉代)丙磺酸;d:N,N-双(2-乙磺酸)哌嗪;e:2-(N-吗啉代)乙磺酸。7温度对常用缓冲液pH的影响缓冲体系pKa(20)pKa/10Mes6.15-0.110Ada6.60-0.110PiPes6.80-0.085Aces6.90-0.200Bes7.15-0.160Mops7.20-0.013Tes7.50-0.200Hepes7.55-0.014Tricine8.15-0.210Tris8.30-0.310Bicine8.35-0.180Glycylglycine8.40-0.280三、常用酶的配制1溶菌酶用水配制成50mg/ml的溶菌酶溶液,分装成小份并保存

16、于-20。每一小份一经使用后便予丢弃。2蛋白水解酶类贮存液贮存温度反应浓度反应缓冲液温度预处理0.01mol/L Tris(pH7.8)链霉蛋白酶a20mg/ml-20(溶于水)1mg/ml0.01mol/L EDTA37自消化b0.5% SDS0.01mol/L Tris(pH7.8)蛋白酶Kc20mg/ml-20(溶于水)50g/ml0.005mol/L EDTA3756无须预处理0.5% SDSa:链霉蛋白酶是从链球菌(Streptomyces griseus)中分离到的一种丝氨酸酶和酸性蛋白酶的混合物。b:自消化可消除DNA酶和RNA酶的污染,经自消化的链酶蛋白酶的配制方法如下:把该酶

17、的粉末溶解于10mmol./L TrisHCl(pH7.5)、10mmol/L NaCl中,配成20mg/ml浓度,于37温育1h。经消化的链霉蛋白酶分装成小份放在密封试管中,保存-20。c:蛋白酶K是一种枯草蛋白酶类的高活性蛋白酶,从林伯氏白色念球菌(Tritirachium album Limber)中纯化得到。该酶有两个Ca2+结合位点,它们离酶的活性中心有一定距离,与催化机理并无直接关系。然而,如果从该酶中除去Ca2+,由于出现远程的结构变化,催化活性将丧失80%左右,但其剩余活性通常已足以降解在一般情况下污染酸制品的蛋白质。所以,蛋白酶K消化过程中通常加入EDTA(以抑制依赖于Mg2

18、+的核酸酶的作用)。但是,如果要消化对蛋白酶K具有较强耐性的蛋白,如角蛋白一类,则可能需要使用含有1mmol/L Ca2+而不含EDTA的缓冲液。在消化完毕后、纯化核酸前要加入EGT(pH8.0)至终浓度为2mmol/L,以鳌合Ca2+。3无DNA酶的RNA酶将胰RNA酶(RNA酶A)溶于10mmol/L TrisHCl(pH7.5)、15mmol/L NaCl中,配成10mg/ml的浓度,于100加热15min,缓慢冷却至室温,分装成小份保存于-20。四、常用抗生素溶液抗生素贮存液a工作浓度浓度保存条件严紧型质粒松弛型质粒氨苄青霉素50mg/ml(溶于水)-2020g/ml60g/ml羧苄青

19、霉素50mg/ml(溶于水)-2020g/ml60g/ml氯霉素34mg/ml(溶于乙醇)-2025g/ml170g/ml卡那霉素10mg/ml(溶于水)-2010g/ml50g/ml链霉素10mg/ml(溶于水)-2010g/ml50g/ml四环素b5mg/ml(溶于乙醇)-2010g/ml50g/mla:以水为溶剂的抗生素贮存液通过0.22m滤器过滤除菌。以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。所有抗生素溶液均应放于不透光的容器保存。b:镁离子是四环素的拮抗剂,四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基(如LB培养基)。五、常用贮存液的配制130%丙烯酰胺溶液【配制方法】将29g丙烯酰胺和1g

20、 N,N-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为60ml的水中。加热至37溶解之,补加水至终体积为100ml。用Nalgene滤器(0.45m孔径)过滤除菌,查证该溶液的pH值应不大于7.0,置棕色瓶中保存于室温。【注意】丙烯酰胺具有很强的神经毒性并可以通过皮肤吸收,其作用具累积性。称量丙烯酰胺和亚甲双丙烯酰胺时应戴手套和面具。可认为聚丙烯酰胺无毒,但也应谨慎操作,因为它还可能会含有少量未聚合材料。一些价格较低的丙烯酰胺和双丙烯酰胺通常含有一些金属离子,在丙烯酰胺贮存液中加入大约0.2体积的单床混合树脂(MB-1 Mallinckrodt),搅拌过夜,然后用Whatman 1号滤纸过滤以纯化之。在贮存期间

21、,丙烯酰胺和双丙烯酰胺会缓慢转化成丙烯酰和双丙烯酸。240%丙烯酰胺【配制方法】把380g丙烯酰胺(DNA测序级)和20g N,N-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为600ml的蒸馏水中。继续按上述配制30%丙烯酰胺溶液的方法处理,但加热溶解后应以蒸馏水补足至终体积为1L。【注意】见上述配制30%丙烯酰胺的说明,40%丙烯酰胺溶液用于DNA序列测定。3放线菌素D溶液【配制方法】把20mg放线菌素D溶解于4ml 100%乙醇中,1:10稀释贮存液,用100%乙醇作空白对照读取OD440值。放线菌素D(分子量为1255)纯品在水溶液中的摩尔消化系数为21,900,故而1mg/ml的放线菌素D溶液在440n

22、m处的吸光值为0.182,放线菌素D的贮存液应放在包有箔片的试管中,保存于-20。【注意】放线菌素D是致畸剂和致癌剂,配制该溶液时必须戴手套并在通风橱内操作,而不能在开放在实验桌面上进行,谨防吸入药粉或让其接触到眼睛或皮肤。药厂提供的作治疗用途的放线菌素D制品常含有糖或盐等添加剂。只要通过测量贮存液在440nm波长处的光吸收确定放线菌素D的浓度,这类制品便可用于抑制自身引导作用。40.1mol/L腺苷三磷酸(ATP)溶液【配制方法】在0.8ml水中溶解60mg ATP,用0.1mol/L NaOH调至pH值至7.0,用蒸馏水定容1ml,分装成小份保存于-70510mol/L乙酸酰溶液【配制方法

23、】把770g乙酸酰溶解于800ml水中,加水定容至1L后过滤除菌。610%过硫酸铵溶液【配制方法】把1g过硫酸铵溶解于终量为10ml的水溶液中,该溶液可在4保存数周。7BCIP溶液【配制方法】把0.5g的5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸二钠盐(BCIP)溶解于10ml 100%的二甲基甲酰胺中,保存于482BES缓冲盐溶液【配制方法】用总体积90ml的蒸馏水溶解1.07g盐溶液BESN,N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸、1.6g NaCl和0.027g Na2HPO4,室温下用HCl调节 该溶液的pH值至6.96、然后加入蒸馏水定容至100ml,用0.22m滤器过滤除菌,分装成小份,保存于-2

24、0。91mol/L CaCl2溶液【配制方法】在200ml蒸馏水中溶解54g CaCl26H2O,用0.22m滤器过滤除菌,分装成10ml小份贮存于-20。【注意】制备感受态细胞时,取出一小份解冻并用蒸馏水稀释至100ml,用Nalgene滤器(0.45m孔径)过滤除菌,然后骤冷至0。102.5mol/L CaCl2溶液【配制方法】在20ml蒸馏水中溶解13.5g CaCl26H2O,用0.22m滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20。111mol/L二硫苏糖醇(DTT)溶液【配制方法】用20ml 0.01mol/L乙酸钠溶液(pH5.2)溶解3.09g DTT,过滤除菌后分装成1ml小份

25、贮存于-20。【注意】DTT或含有DTT的溶液不能进行高压处理。12脱氧核苷三磷酸(dNTP)溶液【配制方法】把每一种dNTP溶解于水至浓度各为100mmol/L左右,用微量移液器吸取0.05mol/L Tris碱分别调节 每一dNTP溶液的pH值7.0(用pH试纸检测),把中和后的每种dNTP溶液各取一份作适当稀释,在下表中给出的波长下读取光密度计算出每种dNTP的实际浓度,然后用水稀释成终浓度为50mmol/L的dNTP,分装成小份贮存于-70。碱基波长(nm)消化系数()L/(molcm)A2591.54104G2531.37104C2719.10103T2607.40103比色杯光径为

26、1cm时,吸光度=M130.5mol/L EDTA(pH8.0)溶液【配制方法】在800ml水中加入186.1g二水乙二胺四乙酸二钠(EDTA-Na2H2O),在磁力搅拌器上剧烈搅拌,用NaOH调节 溶液的pH值至8.0(约需20g NaOH颗粒)然后定容至1L,分装后高压灭菌备用。【注意】EDTA二钠盐需加入NaOH将溶液的pH值调至接近8.0,才能完全溶解。14溴化乙锭(10mg/ml溶液)【配制方法】在100ml水中加入1g溴化乙锭,磁力搅拌数小时以确保其完全溶解,然后用铝箔包裹容器或转移至棕色瓶中,保存于室温。【注意】小心:溴化乙锭是强诱变剂并有中度毒性,使用含有这种染料的溶液时务必戴上手套,称量染料时要戴面罩。152HEPES缓冲盐溶液【配制方法】用总量为90ml的蒸馏水溶解1.6g NaCl、0.074g KCl、0.027g Na2PO42H2O、0.2g葡聚糖和1gHEPES,用0.5mol/L NaOH调节 pH值至7.05,再用蒸馏水定容至100ml。用0.22m滤器过滤除菌,分装成5ml小份,贮存于

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