华大基因 暑期实习计划.docx

1、华大基因 暑期实习计划华大基因 2010暑期实习计划前 言华大基因自 1999年成立以来,先后高效率、高质量的完成了国际人类基因 组计划 “ 中国卷 ” (承担 1% 、国际人类单体型图计划(承担 10% 、水稻基因组 计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划等多项具有国际先进水平的科研工作。 继 2008年 第一个亚洲人基因组图谱 (承担 100% 发表在国际顶级杂志 nature 上之后, 华大基因通过广泛开展国际国内合作, 先后启动了国际千人基因组计划、 炎黄计划, 中丹复杂代谢疾病研究计划, 大规模桑蚕基因组重测序计划、 黄瓜基 因组计划、 国际大熊猫基因组计划、 人肠道元基因组研究计划等

2、一系列大型科学 研究项目。 2009年至今,已有 8项研究成果先后发表在国际顶级杂志 nature 系列及 Science 上( ,为中国和世 界基因组科学的发展做出了突出贡献, 奠定了中国基因组科学在国际上的领先地 位;同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、基因与健康等技术平台,其测序 能力及基因组分析能力位居世界前列。多年来, 华大基因致力于基因组科学人才的培养, 通过与高校联合办学、 招 收实习生、 提供海外深造等方式发掘培养了一大批年轻的优秀基因组学人才, 为 推动整个基因组科学和产业的发展发挥了重要作用。 为更好的推动基因组学在高 校中的普及和发展, 让更多的对基因组科学感兴趣的优秀

3、在校大学生能够亲身感 受和掌握基因组及生物信息学前沿进展及先进技术, 为将来的科学研究工作奠定 扎实的基础, 2010华大基因暑期实习计划全面启动,面向全国招收生物、医学、 数学、物理及计算机专业并对此领域有兴趣有志向的在校大学生。入选暑期实习的学生将会参加为期一周的统一培训, 然后加入意向部门进行 为期三周的进一步学习和实践, 实习期结束时会进行统一考核, 考核成绩优秀者 将享受一定奖励(详见 “ 考核与奖励办法 ” 。经过双向选择,优秀的学生可以选 择加盟华大享受大四一年带薪实习机会, 或加入华大创新班投身于基因组科学科 研与实践, 同时还有机会申请进入我们的联合办学伙伴香港中文大学、 华

4、南理工 大学、丹麦哥本哈根大学及丹麦奥尔胡斯大学等学府继续学习深造。部门需求与简介(一部门需求一览表 (二部门简介科学特种兵团(生物信息中心深圳华大基因研究院科学体系特种兵团是研究院核心科学技术研究团队, 主要从事符合国家战略需求和生物经济产业发展需要的前瞻性基础科学和应用科 学研究。 团队下设生物信息核心技术开发组及癌症与细胞发育、 复杂疾病、 动物 进化与分子育种、 植物进化与分子育种、 微生物基因组研究五个课题攻坚组。 本 团队以 Perabyte (1015数量级的海量基因组学数据为出发点,联合数理统计方 法、数据结构与算法、计算机软件开发、数据挖掘与建模和生物学思想理念,以 “ 大科

5、学 ” 模式探索生命科学前沿问题的并捕捉生物技术产业机遇。特种兵团是深圳华大基因研究院的精锐科学研究队伍, 代表着研究院最新科 研力量和最高科研水平,汇聚了来自全国各大院校数学、物理、计算机、生物等 学科背景的优秀年轻人,平均年龄不到 24岁。作为研究院的创新源头,科学体 系倚重并鼓励团队成员的学习和创新能力,无论专业、不讲资历,在学习、工作 和生活等方面保持了一个开放、 平等、 积极进取的氛围, 为有志于突破生命科学 领域、 引领生物产业革命的年轻人提供了一个广阔自由高端的职业发展空间。 科 学体系以保持国际顶尖的科研竞争力、推动生物经济在中国和世界的发展为目 标, 攻克了一系列具有战略意义

6、的重大科学项目, 多项科研结果发表于 Nature 和 Science 等国际高水平杂志。这一年轻的团队因取得的杰出成绩而被誉为 华大基因科学体系 “ 特种兵团 ” 。 科学 “ 特种兵团 ” 要求每一名 “ 特种兵 ” 都以 “ 肩负华 大未来,争当科研尖兵 ” 为使命,以一名 “ 将军 ” 的标准来严格要求自己,不断提 高,带领团队完成各个方向的重大科学研究项目。技术体系 &生产平台华大基因技术体系与生产平台以测序技术为基础, 在生命科学特别是基因组 学的各个重点研究领域开展科研、 应用服务等, 设计新一代测序技术、 基因学基 础研究、 基因资源发掘和利用、 重大疾病机理研究、 疾病早期诊

7、断和个体化医疗、 合成生物学、 微流体技术、 纳米技术等。 技术体系依托华大新一代测序平台和生 物信息分析平台, 充分整合和发挥当前基因组学迅猛发展的各项资源和优势, 已 建立或正在建立的技术有基因组重测序技术、基因组 De Novo 测序技术、单细 胞测序技术、 全基因组外显子捕获测序技术、 目标区域捕获测序技术、 Small RNA测序技术、 转录组测序技术、 数字化表达谱测序技术、 全基因组甲基谱测序技术、 MeDIP 测序技术, MBD 测序技术、 ChIP 测序技术, SNP 测序分型技术等,这些技术广泛应用于生物学和医学各个重要研究领域。 生产平台拥有国际领先水平 的测序一起, 2

8、010年测序能力将达到每日 3.2T 的数据量,将成为世界第一的测 序中心。目前已经完成或正在承担多个具有国际影响力的大型基因组研究项目,如 “ 炎黄 1号 ” 第一个黄种人基因组计划、熊猫基因组计划、癌症基因组研究、糖尿 病关联基因及变异研究、千人基因组计划、世界 “ 三极 ” 动物基因组计划、人体肠 道微生物基因组研究计划、千种植物转录组研究计划等。健康事业部华大健康事业部依托深圳华大基因雄厚的基因组学领域的技术优势, 以基因 引领未来为理念,医学科学发展的前瞻性为指导,掌握着生命健康产业的源头。 在国家高度关注下、 不断提高的人民群众健康水平和人们对自身健康的关注度不 断提高的迫切需要下

9、, 健康事业部凭借先进的科学技术与管理, 抓住产业变革的 先机。健康事业部以 “ 基因与健康 ” 为特色,业务上进行了跨越式发展,业务包括 分子诊断、新药研发、数字健康,到最前沿的个人基因组领域。在市场起飞之前 进入行业,最终实现基因组科学与健康产业密切结合的可持续发展模式。 经过多年的建设和不懈努力, 健康事业部已经汇聚一批在国内外具有较大影 响力的技术人才和管理人才, 拥有一支高学历、 高素质的专业团队。 同时建立了 华大基因临床检验中心从事临床医学检测。 并于日前正式和北大深圳医院合作共 同设立基因组学临床应用研究中心, 并最终以此模式为契机推广全国, 最终直接 将最新的基因组学技术应用

10、于临床及公众。农能 &微生物平台农业基因组平台致力于建成具国际先进水平的转基因服务平台、 分子育种研 发平台、 产业孵化基地。 今年转基因通量将达到 10000个基因, 为各类科研项目 和合作单位提供高通量的转基因服务, 大大加快相关农业分子育种研究的产业化 进程。 2009年,在平台的基础上成立了 “ 基因组学农业部重点实验室 ” 。该平台 的目标是继续保持农业基因组学研究的国际领先地位, 为种质资源保护、 挖掘和 利用提供技术手段和技术支持。 进而为我国农业科研界培养大批基因组学和生物学人才, 为国家粮食安全、 资源安全和环境安全提供技术、 专利和人才的多重保 障。华大微生物平台于 200

11、9年 9月 9日正式成立。本实验室依托华大基因世界 第一的核酸测序能力; 依托强大的生物信息中心; 依托万种微生物计划; 利用环 境基因组学和高通量培养、 筛选平台对环境微生物资源进行深度挖掘和集约型工 业化应用。为我国实现可再生能源、低碳、循环的可持续发展,提供高效的生物 转化体系。克隆与基因工程平台克隆与基因工程平台创建于 2007年,是以一批优秀海外归国科学家为核心 力量, 同国内外一流实验室及大型公司紧密合作, 形成的产学研一体化技术平台。 目前, 该平台拥有多项成熟的、 国际一流的技术体系:多物种原代细胞培养与细 胞株构建、 基因工程与转基因细胞构建、 干细胞技术、 手工克隆、 胚胎

12、冷冻保存、 胚胎移植等。主要研究方向及成果:1、转基因克隆猪:以医用迷你猪为模型,构建携带有与人类遗传性疾病相 关基因的转基因克隆猪。 该模型猪将应用于疾病发病机理研究、 抗病药物开发和 临床医学治疗检测等。 我们已经同丹麦实验室合作, 并成功克隆出老年痴呆病模 型。 现正开发的转基因克隆猪模型包括乳腺癌模型和高胆固醇疾病模型, 拟开发 有 2型糖尿病模型等。2、动物繁育:结合传统繁育手段,以基因工程与动物克隆为技术核心,开 发高产、优质、侍郎动物品种,进而促进我国农业发展。现正与国内大型农牧公 司及科研院所合作,通过克隆手段对优质品种(如猪、牛等及有较高经济价值 动物(如马、狗等进行繁育。同

13、时,我们还通过分子生物学与基因工程手段改 良和开发具有更高市场和营养价值的新品种。3、 干细胞研究:包括生殖干细胞(EGC ,胚胎干细胞(ESC ,诱导干细 胞 (iPSC 。 目前我们已经将 EGC 应用于转基因和克隆的研究, 并有望能够改善 成纤维细胞对转基因细胞构建的局限性和提高动物克隆效率。 我们将着力于构建 iPSC ,并将克隆技术与干细胞技术有机结合,开创干细胞研究与应用新途径。计算平台华大基因计算平台隶属于深圳华大基因研究院, 以实现超大规模生物信息学 计算为中心任务, 在高效能计算、 云计算服务等领域, 不断拓展自身的技术疆界。 华大基因计算平台是由强大的计算硬件和丰富的应用软

14、件综合而成的计算 服务平台。 华大基因拥有数个大型生物信息学超级计算中心, 总峰值计算能力达 到 102T flops,总内存容量达到 20TB ,总存储能力达到 10PB ,有能力为海量生 物信息学数据的存储、处理和分析提供稳定而高效的资源保障。随着基因研究技术进步, 生物信息数据的存储计算需求每 12到 18个月就会 增长 10倍,远远高于 Moore 定律提供的参考数值。在生物信息大爆炸的宏观背 景下,华大基因对计算硬件资源的投入也在不断攀升。 2010年,华大基因第一 个超过 1 P FLOPS计算能力的超级计算集群将正式投入使用。 届时, 该集群将成 为国内乃至国际生物信息学界新的性

15、能标杆。实习内容实习时间:7月 20日 -8月 20日学习内容分两大类:通识类和专业类。(一通识类课程 。为期一周,主要包括文化课、公共基础课。文化课主要包括华大历史文化、价值观、经典项目分享、各平台介绍、素质 拓展等;公共基础课包括各平台均需学习掌握的基因组学前沿知识和技术等。 通识类课程为必须学习的内容, 学习方式为以讲授和讨论为主。 具体安排如 下:通识类课程 (二专业类课程 。学习及考核时间为三周,可分为两大模块:专业基础知识模块、实践与实验模块(上机或实验操作 。学习方式以进入意向部门进行实战演练和讨论为主, 有专人指导学习, 不同 部门开设内容不同。具体安排如下表:(根据实际情况会

16、有所调整专业类课程 专家队伍杨焕明:教授, 博士生导师, 中国科学院院士, 深圳华大基因研究院理事长。 1988年获丹麦哥本哈根大学博士学位,先后在法国马赛免疫中心、美国哈佛大学和 UCLA 等单位的基因组研究中心工作。 1994年回国任中国医学科学院 教授, 1995年获全国杰出青年基金。 1997年受聘为丹麦 ARHUS 大学客座教授。 1998年受聘为中国科学院遗传所教授及人类基因组中心主任, 是中国 1%人类基 因组测序任务的主要负责人。此外他还带领团队创建了 “ 北京华大基因研究中 心 ” ,为我国的水稻、家蚕等大型基因组以及 “ 非典 ” 病毒等微生物基因组的研究 做出了重大贡献。

17、 2006年荣获何梁何利科学与技术进步奖; 2007年当选中国科 学院院士; 2008年当选发展中国家科学院院士。研究方向:基因组学,遗传学。王 俊:教授,博士生导师,深圳华大基因研究院常务副院长,丹麦哥本 哈根大学 /奥胡斯大学 /南丹麦大学、北京大学客座教授2002年获得北京大学生物信息学博士学位。 1999年至今从事基因组学,生 物信息学研究,组织实施了家蚕、家鸡、家猪、水稻、炎黄等多个重大基因组计 划,在基因组组装,基因注释,比较基因组,基因进化,表达分析等方面取得多 项研究成果,有多篇论文发表在 Nature , Science 等国际顶尖杂志上。 2008年获国家杰出青年基金,先后

18、获得 “ 中国科学院杰出科技成就奖 ” 、 “ 中丹合作科 学奖 ” , “ 新世纪百千万人才工程国家级人选 ” 、 “ 中国科学院重大创新贡献奖 ” 等 多项荣誉。研究方向:基因组学,生物信息学。李松岗:教授,博士生导师,深圳华大基因研究院副院长1984年毕业于北京大学生物系,曾任北京大学生命科科学院副院长。从事 生物信息学研究工作多年,曾参与水稻基因组测序、拼接、信息学分析工作,对 完成水稻基因组项目做出重要贡献, 还作为家蚕, 家鸡, 炎黄计划等多个项目生 物信息主要负责人, 指导完成多个项目的基因组生物信息学分析。 拥有丰富的教 学和科研工作经验,从教二十多年来先后指导过 10名博士生

19、、 6名硕士生。在 国际知名期刊上发表的学术论文共二十余篇, 2002年出版的学术专著实用生 物统计学被评为北京市精品教材。研究方向:基因组学、生物信息学。黄三文:教授,博士生导师,分子遗传课题组组长,中国农业科学院蔬菜 花卉所学术委员会委员1996-2000年,任中国农业科学院蔬菜花卉研究所助理研究员, 2000-2005年赴荷兰瓦赫宁根大学, 获得植物遗传育种博士学位。 此后任中国农业科学院蔬 菜花卉研究所生物技术室功能基因课题组组长, 南京农业大学、 中国农业科学院 博士生导师, 属中国农业科学院二级杰出岗位人才。 致力于各类蔬菜花卉尤其是 茄科、葫芦科作物的基因组科学研究, 2002-

20、2006年间,先后出席多个国际性茄 科作物学术大会并发言。 全国青联留学联谊会农业秘书长、 中国院系学会终身会 员, 荷兰华人生命科学网发起人之一。 已在国内外多家知名学术期刊发表十余篇 论文。研究方向:蔬菜作物生物技术,分子遗传及其应用研究。考核与奖励办法考核方式 “ 铜人阵 ”经过一个月培训与实践后, 暑期实习生需统一进行 “ 铜人阵 ” 考核, 顺利通过 “ 铜人阵 ” 者将能获得如下奖励:1. 大四阶段在华大带薪实习机会,华大提供食宿;2. 优秀实习生将有机会进入华大与所在高校联合培养本科生创新班或直接 加盟华大, 投身于基因组学的学习和实践。 并且有机会申请免试进入华大的联合 办学伙

21、伴香港中文大学、 华南理工大学、 丹麦哥本哈根大学及丹麦奥尔胡斯大学 等学府继续学习深造;3. “ 铜人阵 ” 成绩排名前 20%的同学,将额外获得实习奖励。说明1. 实习地点:深圳市盐田区2. 实习时间:7月 20日 -8月 20日3. 实习期间不收取费用,提供食宿。4.网上查询地址:教育与培训 报名须知1、填写 “ 华大基因 2010暑期实习生 ” 报名表 (附件 1a 、发送至:;b部门,以第一志愿列入标题c 、截止日期:2010.6.15.d 、联系人:陈希 0755-*李洋洋 0755-*彭凤琴 0755-*2. 各部门筛选报名表并安排资格审查(或面试 ;3. 2010.7.2. 网上公布录用实习生名单、详细课程安排及报到事宜。附件 1： “华大基因 2010 暑期实习生”报名表 姓名 学校 意 向 部 门 科学特种兵团 （2 项） 性别 E-mail 专业及年级 技术体系 农能&微生物 计算平台 （电子版） 照片 健康事业部 克隆与基因工程平台 学号 联系电话 个人简历（介绍自己的高考成绩、专业学习情况（请附成绩单） 、相关专业技能、 课外阅读和社会活动、获奖情况） ： 导师（或对本人熟悉的老师）姓名： 导师 导师电话 E-mail 导师意见： 以上资料若有伪造或失实之处,填表人承担由此所引起的一切后果。 填表人： 年 另附：成绩单（电子版） 月 日