宏转录组学在微生物生态学研究中的应用_精品文档.pdf

1、宏转录组学在微生物生态学研究中的应用李晓晖李鑫鑫张维燕永亮陈 明陆 伟中国农业科学院生物技术研究所，北京1 0 0 0 8 1摘要：宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。概述了新兴的宏转录组学在微生物生态学研究中的进展，并总结了其与微生物宏基因组学研究方法相比的优缺点。宏转录组学是一种新颖有效的方法，在微生物生态学，甚至在复杂微生物群落的生态学研究中都具有广阔的应用前景。宏转录组学；原理；特点；微生物生态1 0.3 9 6 9/j.i s s n.1 0 0 8-0 8 6 4.2 0 1 1.0 4.0 9Q 7 8 9A1 0

2、 0 8-0 8 6 4(2 0 1 1 )0 4-0 0 5 8-0 8A p p l i c a t i o n o f M e t a t r a n s c r i p t o m i c s i n M i c r o b i a l E c o l o g y L I X i a o-h u i L I X i n-x i nZ H A N G W e iY A N Y o n g-l i a n gC H E N M i n gL U W e i2 0 1 1-0 3-1 02 0 1 1-0 4-1 4国家9 7 3 计划项目(2 0 0 7 C B 1 0 9 2 0 3)；

3、国家转基因生物新品种培育重大专项(2 0 0 9 Z X 0 8 0 0 3 -0 0 3 B；2 0 0 9 Z X 0 8 0 0 9-0 5 7 B；2 0 0 9 Z X 0 8 0 1 6-0 0 2 A)资助。李晓晖，硕士研究生，研究方向为微生物基因资源。E-m a i l：l i x i a o h u i 0 3 2 5 h o t m a i l.c o m。通讯作者：陆伟，副研究员，主要从事微生物基因工程研究。E-m a i l:l u w e i 0 3 1 7 v i p.s i n a.c o m 5 96 06 16 26 3 1 A m a n n R P.T h

4、 e c y c l e o f t h e s e m i n i f e r o u s e p i t h e l i u m i n h u m a n s:a n e e d t o r e v i s i t J?J.A n d r o l.,2 0 0 8,2 9(5):4 6 9 -4 8 7.2 P a c e N R.A m o l e c u l a r v i e w o f m i c r o b i a l d i v e r s i t y a n d t h e b i o s p h e r e J .S c i e n c e,1 9 9 7,2 7 6(5

5、 3 1 3):7 3 4 -7 4 0.3 D e n g W,X i D,M a o H,e t a l.T h e u s e o f m o l e c u l a r t e c h n i q u e s b a s e d o n r i b o s o m a l R N A a n d D N A f o r r u m e n m i c r o b i a l e c o s y s t e m s t u d i e s :a r e v i e w J .M o l.B i o l.R e p.,2 0 0 8,3 5 (2):2 6 5 -2 7 4.4 T r i

6、 n g e S G,H u g e n h o l t z P.A r e n a i s s a n c e f o r t h e p i o n e e r i n g 1 6 S r R N A g a n e J .C u r r.O p i n.M i c r o b i o l.,2 0 0 8,1 1 (5):4 4 2 -4 4 6.5 U r i c h T,L a n z n A,Q i J,e t a l.S i m u l t a n e o u s a s s e s s m e n t o f s o i l m i c r o b i a l c o m m

7、u n i t y s t r u c t u r e a n d f u n c t i o n t h r o u g h a n a l y s i s o f t h e m e t a-t r a n s c r i p t o m e J .P L o S O n e,2 0 0 8,3 (6):e 2 5 2 7.6 M e d i n i D,S e e r u t o D,P a r e h i l l J,e t a l.M i c r o b i o l o g y i n t h e p o s t-g a n o m i c e r a J .N a t.R e v.

8、M i c r o b i o l.,2 0 0 8,6(6):4 1 9 -4 3 0.7 L e i n i n g e r S,V r i c h T,S c h l o t e r M,e t a l.A r c h a e a p r e d o m i n a t e a m o n g a m m o n i a-o x i d i z i n g p r o k a r y o t e s i n s o i l s J .N a t u r e,2 0 0 6,4 4 2(7 1 0 4):8 0 6 -8 0 9.8 F r i a s-L o p e z J,S h i

9、Y,T y s o n G W,e t a l.M i c r o b i a l c o m m u n i t y g e n e e x p r e s s i o n i n o c e a n s u r f a c e w a t e r s J .P r o c.N a t l.A c a d.S c i.U S A,2 0 0 8,1 0 5(1 0):3 8 0 5-3 8 1 0.9 G i l b e r t J A,F i e l d D,H u a n g Y,e t a l.D e t e c t i o n o f l a r g e n u m b e r s

10、o f n o v e l s e q u e n c e s i n t h e m e t a t r a n s c r i p t o m e s o f c o m p l e x m a r i n e m i c r o b i a l c o m m u n i t i e s J .P L o S O n e,2 0 0 8,3 (8):e 3 0 4 2.1 0 H u g e n h o l t z P,T y s o n G W,M i c r o b i o l o g y :m e t a g e n o m i c s J .N a t u r e,2 0 0 8

11、,4 5 5(7 2 1 2):4 8 1 -4 8 3.1 1 P o r e t s k y R S,B a n o N,B u c h a n A,e t a l.A n a l y s i s o f m i c r o b i a l g e n e t r a n s c r i p t s i n e n v i r o n m e n t a l s a m p l e s J .A p p l.E n v i r o n.M i c r o b i o l.,2 0 0 5,7 1 (7):4 1 2 1 -4 1 2 6.1 2 M c G r a t h K C,T h

12、o m a s-H a l l S R,C h e n g C T,e t a l.I s o l a t i o n a n d a n a l y s i s o f m R N A f r o m e n v i r o n m e n t a l m i c r o b i a l c o m m u n i t i e s J .J.M i c r o b i o l.M e t h o d s,2 0 0 8,7 5 (2 ):1 7 2 -1 7 6.1 3 Q i u J,G u o Z,L i u H,e t a l.D N A m i c r o a r r a y-b a

13、 s e d g l o b a l t r a n s c r i p t i o n a l p r o f i l i n g o f Y e r s i n i a p e s t i s i n m u l t i c e l l u l a r i t y J .J.M i c r o b i o l.,2 0 0 8,4 6(5):5 5 7 -5 6 3.1 4 L i u Y,Z h u o J,O m e l c h e n k o M V,e t a l.T r a n s c r i p t o m e d y n a m i c s o f D e i n o c o

14、 c c u s r a d i o d u r a n s r e c o v e r i n g f r o m i o n i z i n g r a d i a t i o n J .P r o c.N a t l.A c a d.S c i.U S A,2 0 0 3,1 0 0(7):4 1 9 1 -4 1 9 6.1 5 A u d i a J P,P a t t o n M C,W i n k l e r H H.D N A m i c r o a r r a y a n a l y s i s o f t h e h e a t s h o c k t r a n s c

15、r i p t o m e o f t h e o b l i g a t e i n t r a c y t o p l a s m i c p a t h o g e n R i c k e t t s i a p r o w a z e k i i J .A p p l.E n v i r o n.M i c r o b i o l.,2 0 0 8,7 4(2 4):7 8 0 9-7 8 1 2.1 6 Y o u Y,F u C,Z e n g X,e t a l.A n o v e l D N A m i c r o a r r a y f o r r a p i d d i a

16、 g n o s i s o f e n t e r o p a t h o g e n i c b a c t e r i a i n s t o o l s p e c i m e n s o f p a t i e n t s w i t h d i a r r h e a J .J.M i c r o b i o l.M e t h o d s,2 0 0 8,7 5 (3):5 6 6 -5 7 1.1 7 P a r r o V,M o r e n o-P a z M,G o n z a l e z-T o r i l E.A n a l y s i s o f e n v i r o n m e n t a l t r a n s c t i p t o m e s b y D N A m i c r o a r r a y s J .E n v i r o n.M i c r o b i o l.,2 0 0 7,9(2):4 5 3-4 6 4.1 8 B u l o w S E,F r a n c i s C A,J a c k s o n G A,e t a l.