imageJ功能简单解析.docx

1、imageJ功能简单解析1Image Types and Formats 1.1imagetype此子菜单确定图像的类型或将其转换为另一种类型，所支持的转换如下1.1.18-bit转换为256(28)个灰度级别的图像(只有整数)1.1.216-bit转换为65,536(216)灰度级别的图像(仅限整数)1.1.332-bit转换为4,294,967,296(232)灰度(实数)的图像，像素由浮点值表示RGB图像转换为灰度使用灰色的公式=(红+绿+蓝)/ 3或灰色= 0.299红色+ 0.587绿色+ 0.114蓝色1.1.48-bit color 用Heckberts median-cut c

2、olor quantization algorithm将图像转换为8位RGB彩色图像1.1.5RGB color 转换为32位RGB彩色图像将一彩色图像分解为三不同类型的彩色：1.1.6RGB stack 转换为3层(红、绿、蓝)堆栈1.1.7HSB stack 转换为3层(色相、饱和度和亮度)堆栈1.1.8Lab stack .1.2imageadjust此子菜单包含调整亮度/比照度、阈值级别和图像大小的命令对于8位图像，通过更新图像的查找表(lookup table,LUT)来改变亮度和比照度，像素值不变。对于16位和32位的图像，通过将像素值映射到8位来显示，像素值也保持不变。RGB图像

3、通过修改像素值来改变RGB图像的亮度和比照度1.2.1Brightness/Contrast实质是对图像直方图调节（1）minimum和maximum分别改变图像的最小值和最大值，来修改图像的像素值围（2）brightness和contrast分别修改直线的斜率和截距来改变图像的亮度和比照度直线意义.1.2.2Window/Level实质和B&C的亮度和比照度调节一样1.2.3Color Balance对red,green,blue,cyan,magenta,yellow,all共7种颜色选项进展minimum、maximum和brightness调节1.2.4Thresholdonly fo

4、r grayscale images设置较低和较高的阈值，将灰度图像分割成感兴趣的特征和背景对灰度图像直方图进展分割共16种阈值选取方法，3种展示方法1.2.5Color Threshold基于色相饱和度和亮度(HSB)、红绿蓝(RGB)、Lab或YUV的24位RGB图像阈值，分割图像共16种阈值选取方法，3种展示方法1.2.6Size缩放到指定的宽度和高度(以像素为单位)可选择保持原来的长宽比可选择在缩小图像大小时检查平均值，以获得更好的结果。方法为：双线性插值和双三次插值1.2.7Canvas Size更改画布大小而不缩放实际图像宽度和高度可以扩大或缩小选择是否零填充，选择零填充那么边界将

5、填充值为零的像素，不选，边框将被当前的背景颜色填充指定旧图像在新画布中的位置1.2.8Line width.1.3imageShow information显示图像的相关信息1.4imageProperties.改变图像相关属性1.5imageColor1.5.1split channelsRGB图像(或堆栈)分割为红、绿、蓝三个8位灰度图像1.5.2merge channels将2-7个图像合并为RGB图像或多通道复合图像。使用C1-C7下拉菜单项选择择频道顺序/颜色。选择*None*以跳过通道。1.5.3channel tool.1.5.4stack to RGB将两个或三个切片堆栈转换为

6、RGB图像，假设这些切片按R、G、B顺序排列。堆栈必须是8位或16位灰度。1.5.5make posite.将RGB图像、2-7图像堆栈或2-7通道超堆栈转换为复合彩色图像1.5.6show LUT显示lookup table.1.5.7display LUT.1.5.8edit LUT.1.5.9Color picker选择颜色1.6imageStacks1.6.1add slice在当前显示的片之后插入空白片1.6.2delete slice删除当前显示的片1.6.3next slice1.6.4previous slice1.6.5set slice显示指定的片1.6.6image to

7、 stack将两个以上的片不同文件合成一个堆栈一个文件1.6.7stack to image将一个堆栈一个文件分解为不同的片不同文件1.6.8make montage将堆栈中的子文件以表格图像形式显示出来1.6.9reslice.通过当前堆栈或超堆栈表示的图像卷重新构造一个或多个正交切片。在对话框底部显示输出堆栈的估计大小和可用存的数量。增加输出间隔以减少输出堆栈的大小。对话框允许您指定侦察构造片的间距。1.6.10orthogonal view.提供当前堆栈或超堆栈的正交视图显示。例如，如果堆栈显示矢状切片，那么会通过数据集显示冠状(YZ投影图像)和横向(XZ投影图像)。两个额外的平面视图显

8、示在原始图像旁边的粘贴面板中，可以使用Shift H进展切换。这三个视图的交点遵循鼠标点击的位置，可以通过在XY、XZ或YZ视图中单击和拖动来控制。XY和XZ坐标显示在投影面板的标题中。鼠标滚轮在所有三个视图中改变屏幕平面。1.6.11z project.沿着垂直于图像平面(即所谓的z轴)的轴投影图像堆栈1.6.123D project.在平面上创立旋转体(堆栈或超堆栈)投影序列理解：生成一个关于旋转角度3D堆栈，此堆栈是按最近点(外表)、亮点点或均值投影，或最近点投影与其他两种方法(局部不透明度)的加权组合计算的1.6.13plot Z-axis profile.绘制ROI选择的平均灰度值与

9、切片数1.6.14label 添加标签/数字序列1.6.15statistics stack的相关信息，如总像素点、像素均值、像素值围等1.6.16animation 将stack动画显示理解类似gif1.6.17toolbines：堆栈合并，W1*H1*D1与W2*H2*D2合并结果为W1+W2*maxH1,H2*maxD1,D2；假设启用垂直合并，那么为maxW1,W2*H1+H2*maxD1,D2。用背景像素值填充空白区域Concatenate.：连接多个图像或堆栈，显示一样点Reduce：通过指定reduction factor约数来减少slice，eg 30slices, 2fact

10、or，reduce结果为15slicesReverse：理解：stack序列反向Insert：在指定的X和Y位置(像素坐标)将源图像插入目标图像。源和目标可以是单个映像或堆栈，但必须是一样的类型理解：覆盖形插入Montage to stack.：montage转换为stackMake substack：从堆栈中复制提取选定的图像，将它们按照列出的顺序排列到一个新的堆栈中。如果选中从原始堆栈中删除切片，那么从源堆栈中删除提取的切片。Grouped z project.：创立Stacksize/Groupsize切片的子堆栈，每个切片都是在Groupsize围执行Z投影的结果。Set labels

11、：添加标签Remove slice labels：从堆栈中删除切片标签1.7imagehyperstacks.1.8imagecrop理解：选定区域剪裁以max长宽形式1.9imageduplicate理解：复制图片或切片或选择区域1.10imagerename1.11imagescale理解：按比例调整图像或当前区域选择的大小1.12imagetransformflip Horizontally：水平翻转x轴flip Vertically：垂直翻转y轴filp Z：绕z轴翻转rotate 90 degrees right：向右旋转90度rotate 90 degrees left：向左旋转9

12、0度rotate：对话框指定顺时针旋转角度translate：沿xy移动对应像素点rotate和translate空白处可选择用背景像素值填充bin：按xy对应收缩系数缩小图像，可选择按均值、中值、max、min、sum方式为像素点赋值image to results：显示图像像素值矩阵，RGB图像,每个像素使用公式转换为灰度灰色=(红+绿+蓝)/ 3或灰色的公式= 0.299红色+ 0.587绿色+ 0.114蓝色results to image：根据矩阵显示成32-bit图像1.13imagezoomin：放大窗口图像像素点不变out：缩小窗口original scale：按原始度量显示窗

13、口view 100%：使用100%放大显示图像(1个图像像素= 1个屏幕像素)set：设置放大比例1.14imageoverlay.非更改式图像覆盖1.15imagelookup tablesinvert LUT：翻转当前LUTapply LUT：.some LUTs：替换LUT，以选择的LUT显示图像2Process 图像处理相关命令2.1processsmooth：3*3 average平滑2.2processsharpen：增加比照度和突出图像或选择的细节，3*3权重矩阵为 -1 -1 -1 -1 -12 -1 -1 -1 -12.3processfind edges：sobel边缘检测

14、1 2 1 1 0 1 0 0 0 2 0 2 1 2 1 1 0 1 两个3*3的卷积核得到垂直边缘和水平边缘2.4processfind maximal：在对应围找到最大值并标记2.5processenhance contrast：通过直方图拉伸或直方图均衡化来增强图像比照度2.6processnoiseadd noise：为图像添加随机噪声，噪声高斯分布，均值为0，标准差为25add special noise：添加高斯噪声，其平均值为零，并选择一个标准差salt and pepper：在图像中添加盐和胡椒噪声，或者通过随机将2.5%的像素替换为黑色像素，2.5%替换为白色像素。这个命令

15、只适用于8位图像despeckle：中值滤波器remove outliners：如果一个像素偏离中值超过某个值(阈值)，那么用周围像素的中值替换该像素。需选择区域大小，选择偏离量阈值，选择左偏被替换还是右偏被替换remove NaNs：区域中值替换32位(浮点)图像中的NaN(非数字)像素2.7processshandows产生阴影效果north south east west1 2 1 -1 -2 -1 -1 0 1 1 0 -10 1 0 0 1 0 -2 1 2 2 1 -2-1 -2 -1 1 2 1 -1 0 1 1 0 -12.8processbinary二值图像命令make bi

16、nary：转换为二值图convert to mask：. erode：从二值图像中删除对象边缘的像素dilate：将像素添加到二值图像中对象的边缘open：执行腐蚀操作，然后扩。这将平滑对象并删除孤立的像素close：执行扩操作，然后腐蚀。这将平滑对象并填充空缺outline：生成1像素宽的轮廓fill holes：背景填充.skeletonize：可重复地从二值图像中对象的边缘删除像素，直到它们被复原为单个像素宽的形状(拓扑骨架)distance map：从二值图像生成欧几里德距离图ultimate points：从二值图像中生成欧几里德距离图的最终腐蚀点(UEPs)。最终腐蚀点是EDM的最

17、大值watershed：分水岭分割.voronoi：.2.9processmathaddsubtractmultiplydivideandorxormin：小于常数的值被常数替换maxgamma：f(p)=(p/255)*255，RGB图像分channel计算set：用指定的值填充图像或选择区域log：f(p)=ln(p)*255/ln(255)，RGB图像分channel计算expsquaresquare rootreciprocal：32位浮点数图像，f(p)=1/pNaN Background：将非阈值区域像素点设置为NaNAbsMacro：使用用户指定的表达式执行图像运算2.10pro

18、cessFFTfft：invert fft：ifftredisplay power spectrum：功率谱计算bandpass filter：带通滤波器custom filter：用户自定义滤波器FD math：关联、卷积、反卷积.Swap quadrants：.2.11processfiltersconvolve：使用输入到文本区域的核进展空间卷积Gaussian Blur：使用高斯函数平滑Gaussian Blur 3D：使用3D高斯函数平滑Median：中值滤波Mean：均值滤波Minimum：取区域最小值Maximum：取区域最大值Unsharp mask：通过从原始图像中减去模糊的图像版本(不清晰的掩模)来提高边缘Variance：取领域方差Show circular masks.：2.12processBatch.2.13processimage calculate用户界面操作math里面的相关运算2.14processsubtract background滚动球算法去除连续背景.2.15processrepeat mand重复前面的命令