LncRNA全国讲座ppt_精品文档.pptx

1、长链非编码RNA研究思路“Learner&Nontrivial&Confidence”-RNA施沫全国技术中心技术支持经理上海其明信息技术有限公司Learner“You start“You start projects and you projects and you have no idea have no idea what what to expect.to expect.Its Its that kind of that kind of challenge that I challenge that I enjoy very much as enjoy very much as a s

2、cientist.”a scientist.”NontrivialCirc Res 2012ConfidenceTherapeutic approach In clinical trials Approved therapy Enzyme replacement therapy YESYESGene therapy YESYESNuclear receptor ligands YESYESChromatin or DNA modulators YESYESArtificial transcription factors YESNOMicroRNA modulators YESNOCis-act

3、ing lncRNA modulators NONOTrans-acting lncRNA modulators NONO非非RNA利用医薬開発利用医薬開発Genome NetworkProtein 2Protein 1Protein 3Protein 4Protein 5Protein 5PGene 2Protein XGene 10ncRNA 3ncRNA 4Gene 5Gene 6DrugGene 7Protein 10Protein 12Gene 3Protein 7Protein 7Protein 8Protein 9Gene 1Protein 11Protein 13ncRNA 1

4、ncRNA 6Gene 4Gene 11Gene 9ncRNA 2Gene 8DiseaseNew Target of MedicineMutsumi Kanamori-Katayama Ph.D.Yoshihide Hayashizaki M.D.,Ph.D.RIKEN Genome Sciences Center Genome Exploration Research Group物种间数量变化趋势Ryan et.al,BioEssays 29:288299(2007)Non Coding RNA分类LncRNA来源LncRNA表达特异性Cabili MN.Integrative annot

5、ation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses.Genes Dev.2011 Sep 15;25(18):1915-27其明信息ncRNA调控lncRNA反式与顺式调控lncRNA的反式调控方式ncRNA PANDA募集转录因子NF-YA，启动细胞凋亡通路反式调控Cell 2011ncRNA-and Pc2 Methylation-Dependent Gene Relocation between Nuclear Structures Mediate

6、s Gene Activation ProgramslncRNA的顺式调控方式稳定RNANature Medicine 2010Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimers disease and drives rapid feed-forward regulation of-secretase expression早发老年性痴呆病中BACE1-AS高表达导致BACE1 mRNA稳定性增高，蛋白积聚，体现了ncRNA的毒性效应BACE1BACE1-AS其明信息其明成功案例所涉及的实验技术Affymetrix HTA2.0芯片与全

7、转录组测序+生物信息分析Northern blot与qPCR验证Chip-Seq与Chip-qPCR双荧光素酶报告基因Lnc-DC功能实验RNA干扰过表达小鼠模型构建RIP与RNA Pull DownFISH定位Truncation mutants药物干预实验实验材料Monocytedendritic cell细胞系实验小鼠模型动物实验实验结果实验结果芯片芯片结果聚果聚类图测序结果散点图测序结果散点图Northern blotlncRNA-DC在免疫在免疫细胞中的表达情况胞中的表达情况lncRNA-DC在在DC/mono细胞群中的表达情况胞群中的表达情况ChIP-Seq与与ChIP-PCR结果

8、果荧光素光素酶报告分析，告分析，验证转录因子因子结合区域合区域荧光素荧光素酶酶报告实验报告实验LNC-DC行驶的细胞功能研究干干扰结果果过表达表达结果果小鼠干扰模型小鼠干扰模型小鼠中小鼠中lnc-DC的同源的同源序列序列设计RNAi干干扰人人类序列序列RNAi细胞胞干干扰实验抑制抑制DC细胞分化胞分化通通过STAT3的的RIP实验验证RIP&RNA Pull downLnc-DC与与STAT3相互相互结合合进一步一步验证Pull down和和RIP的的结果果细胞定位实验细胞定位实验结果表明，果表明，lnc-DC的的3末端序列（末端序列（265-417）与）与STAT3的的C端端结合（合（583

9、-770）。）。STAT3的活化依的活化依赖C端端Tyr705的磷酸化。的磷酸化。截断突变实验研究研究结果表明，果表明，S3I-201处理的理的细胞系与胞系与RNAi干干扰后的后的细胞系胞系在基因表达差异方面在基因表达差异方面非常相似。非常相似。药物干预药物干预思路为何选择HTA2.0联合检测HTA2.0优势其明信息HTA2.0可变剪切变得如此简单引物设计与PCR验证的吻合度案例案例其明信息lnclncRNARNA基因组位置关系分析基因组位置关系分析LncRNALncRNA基因组结果应用基因组结果应用其明信息共表达网络长链非编码RNA与编码基因互作 Hepatology 2011LncRNA-

10、mRNA相互作用网络应用l通过网络找到调控lncRNA最多的转录因子l同时找到能被不同转录因子调控最多的lncRNAl使用德国Biobase数据库商业版数据库lncRNA反式分析TF-lncRNA-network新视角反馈环路分析Affymetrix Promoter1.0R ArrayAffymetrix Promoter1.0R ArrayAffymetrix Promoter1.0R ArrayAffymetrix Promoter1.0R ArrayAffymetrix HTA2.0Affymetrix HTA2.0Affymetrix HTA2.0Affymetrix HTA2.0l

11、ncRNAGene新视角前馈环路分析蓝色线表示两点之间的关系需要计算蓝色线表示两点之间的关系需要计算绿色线表示两点之间的关系通过转录因子的预测得到绿色线表示两点之间的关系通过转录因子的预测得到competing endogenous RNAs(ceRNAs)分析案例案例lncRNA相关芯片与分析服务深入分析可变剪切分析转录因子调控分析前馈环与反馈环分析ceRNA分析基础生物信息学分析差异筛选（包括散点、火山、聚类图）功能信号通路分析信号转导网络分析共表达网络分析Affymetrix芯片检测HTA2.0/MTAmicroRNA4.0Promoter1.0其明信息检测Affymetrix中国官方认

12、证服务供应商Affymetrix中国唯一示范实验室分析9年数据分析经验专业服务团队大量用户认可大量文献支持上海其明介绍CPU256颗CPU 保证繁重运算顺利进行不会死机内存2048G 可同时运行256个样本的数据分析硬盘2.3P可存储2.3107G数据硬件平台丹麦CLC-bio解决所有测序分析德国Biobase解决所有转录调控研究日本KEGG解决所有信号通路研究美国Nexus解决所有拷贝数变异分析软件平台多平台数据整合灵活的分析策略完善的售后服务可靠的分析结果上海其明优势施沫施沫全国全国统一服务电话：统一服务电话：40030-4006040030-40060公司电话：公司电话：021-62228901-211021-62228901-211手机手机：1376193689013761936890Email:Email: