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中衡甲基化引物设计明细完整攻略.docx

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中衡甲基化引物设计明细完整攻略.docx

1、中衡甲基化引物设计明细完整攻略1. 获取启动子序列第一种方法：UCSCUCSC主页（）点击菜单栏中Tools Gene SorterGenome 中选择物种选中Human，search框中键入基因名: NKX2-5，Go！出现以下页面，选择第一个，进入！选择第一个，点击sequence可以通过以上四个选项获得该基因的蛋白，mRNA，promoter以及基因组序列信息，我们这里关注的是promoter，选中包含转录起始位点上游2000bp，下游050 bp碱基，点击即获得启动子序列。第二种方法 ensembleEnsemble ()选择物种为human，键入基因名 NKX2-5 GO！选取基因

2、NKX2-5（Human Gene）点击左侧的sequence后页面显示如下：序列橙色区域的为外显子，第一个外显子前的序列是启动子，默认为600bp，设置一下。点击左侧configure this page设置需要的启动子长度，一般我们需要2000 bp（同上：），点获得页面橙色序列前面部分即为启动子序列。2. 设计甲基化引物利用Methyl primer1.0软件,将启动子序列复制进去点击 Design Primers，选择select Target Sequence 一般将序列全部选中，后点击Next则根据需要，选择BSP/MSP，点击Next即获得所需要引物信息。点击显示所有引物信息另外，在线设计网址：直接输入启动子序列，选择BSP/MSP，点击SUBMIT即可。