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1、branch and bound method分支约束法一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。branches分支在 系统发生树中，通过分支连接两个节点。CC （ Cytosine）胞嘧啶作为碱基的两种嘧啶中的一种。CAAT boxCAAT 盒大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为 C-A-A-T ， 通常出现在 转录起始位点上游 80 个 核苷酸的地方。许多因子可以与CAAT盒结合 。carboxy terminus羧基端在多肽链中，含有羧酸基团 （ COOH） 的分子端，对应于基因的 3 - 端。cDNA （Complementary DNA ）cDNA （ 互

2、补 DNA）通过逆转录酶从 RNA 模板合成的 DNA 。cDNA librarycDNA 文库从 mRNA 序列中产生的所有 DNA 序列的集合。这种类型的文库只包含编码蛋白质的 DNA （基因）。central dogma中心法则从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（ DNA ? RNA ? protein ） 。character特征在 系统发生树中 ， 具有有限状态数的特征。charged amino acid带电氨基酸在一定的生物 pH 值下，带有正电或负电的氨基酸。chromatin染色质在真核生物细胞核内部由大量 DNA 以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。ch

3、romosome染色体在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。clone克隆无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。cloning在类染色体载体中插入特定的 DNA 一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。Coding sequence编码序列DNA 序列中为蛋白质编码的部分。Codon密码子基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的氨基酸。Complementary互补的（ 1 ）通过氢键连接的核苷酸对（ G 和 C; A 和 T; A 和 U ） ；（ 2 ）核苷酸链的反向平行对。Computational

4、 Molecular Biology计算分子生物学主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。conformation构象蛋白质的空间构象。consensus sequence一致序列在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列conserved sequence保守序列在进化过程中基本保持不变的核酸与蛋白质序列，它们往往与特定的功能相对应。Contig连续交叠群基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很长的连续片段。convergent evolution趋同进化指相似基因型或表型性状的独立进化。例如 ， 眼睛在各种生物体 （ 如哺乳动物、软体动物以及昆虫 ） 中

5、独立进化 ， 结构各异。core fold核心折叠构成蛋白质空间形状的基本模式。CpG islandCpG 岛在 哺乳类动物基因组中的一个 500bp 到 3000bp 的区域 ， 该区域中的二核苷酸 CpG 的含量比其他区域的正常水平要高。通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。crystal晶体由分子的规则排列组成的固体结构。Ddegeneracy简并性指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。denatured protein变性蛋白质指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。deoxyribonucleic acid （DNA

6、）脱氧核糖核酸 （ DNA ）由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体 ， 其核苷酸含有脱氧糖基。DNA是遗传的分子基础。dipeptide二肽由一个肽键连成的两个氨基酸。disulfide bond二硫键二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键 。DNA参见 脱氧核糖核酸。domain域（结构域）指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。dot plot点阵图对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。dynamic programming动态规划一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部

7、分计算解得到最终答案。Eenhancer增强子可以与真核转录因子特异性结合的 DNA 序列片段。增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。enzyme酶一种生物催化剂（通常是 蛋白质），能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。EST （ Expressed sequence tags ）EST 表达序列标签从 cDNA 的 5 或 3 端获取的短的 DNA 片段。euchromatin常染色质指真核生物中组蛋白高度甲基化（ 乙酰 化？）并且 DNA 低度甲基化的开放染色质。exhaustive search穷举搜索对问题所有可能的解进行评估。exon外显子一个 hnRN

8、A 分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成 mRNA 。expression profile表达谱 基因在不同时空的表达模式。Ffamily家族在整个长度范围内有多于 50 的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。fold折叠通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。fourfold degenerate site四重简并位点指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。GG （ Guanine ）G （ 鸟嘌呤）两种嘌呤中的一种。gap penalty空位罚分为了减少序列比对中出现的空位，对

9、空位进行减分的操作。gaps空位在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。GC contentGC 含量在 DNA 序列中，核苷酸 G 、 C 的组成 相对于 A 、 T 的比例 。gel electrophoresis凝胶电泳指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。gene基因DNA 或 RNA 中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。gene content基因内容一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因内容。gene expression

10、基因表达利用存储在 DNA 中的信息来合成 RNA 分子，进而生成相应蛋白质的过程。gene identification基因识别利用各种方法识别基因组中的基因序列。gene ontology基因本体论关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。gene order基因次序基因在染色体上的排列顺序。gene tree基因树基于同源基因分析得到的系统发生树。genetic map遗传图谱以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。genome基因组一个生物体全部遗传物质的总和。genomics基因组学研究基因组序列，

11、研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。genomic library基因文库包含有基因组 DNA 插入的克隆片段集合。genotype基因型一个个体或群体全部或部分的基因组成。global alignment全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。GU-AG ruleGU AG 规则这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是 RNA 内含子序列 5 端 的起始两个核苷酸总是 5-GU-3 ，并且其 3 端 的最后两个核苷酸总是 5-AG-3 。Hhairpin turn发夹环在 RNA 链中自身反转允许形成分子内碱基配对的位置。Hash tableHash 表一

12、种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数， hash 表可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。Hidden Markov Models （HMM）隐马尔柯夫模型（ HMM ）在序列分析中常用的一种数学模型。heterochromatin异染色质指转录停滞、紧密包裹着的染色质 ； 和高度 DNA 甲基化以及低度的组蛋白乙酰化有关。heuristic methods启发式方法反复试验 ， 利用经验解决问题的一种方法。homologs同源 序列具有公共祖先的序列。horizontal genetransfer基因水平转移基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然病原体和

13、转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。Human Genome Project, HGP 人类基因组计划通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图谱。housekeeping gene管家基因发育过程中在任何时间、在任何器官都高度表达的基因。H-P （hydrophobic-polar） modelH-P （疏水极性）模型以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。hydrogen bonding氢键由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。hydrophilic亲水的很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和水易处的。hy

14、drophobic疏水的难以和 水分子相互作用，字面上就是厌水的。hydrophobic amino acid疏水氨基酸含有一个全部由碳和氢组成的 R 基团 的氨基酸；它不可能和水分子形成氢键hydrophobic collapse疏水折叠将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。Iindel插入或删除插入或删除。inferred ancestor 25推断祖先通过 系统发生树推断而得到的祖先。inferred tree推断树对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的描述，是它们真正关系的一个近似。informative有信息 （

15、位点 ）在简约性分析中的提供有用信息位点 ； 与此对应的是无信息位点。ingroup内群（或内部物种）一个物种或一个分歧不大的物种系列；与此相对应的是外群。Inhibitor抑制剂任何可以降低酶促反应速度的物质。initiation complex起始复合物一系列自身相互作用的转录因子形成复合体 ， 作用与一个基因的启动子区域 ， 从而促进基因的转录启动。initiator （Inr） sequence起始序列真核基因中与 转录起始位点密切相关的核苷酸 ； 在人类中 ， 该一致序列是 5-YYCARR-3 。insertion sequence插入序列指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的

16、转座子元件 ； 当被插入到一个基因中 ， 它将破坏其正常的结构以及基因的功能。internal node内部节点在一棵 系统发生树中 ， 不对应真正数据的节点 ， 这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖先。intrinsic terminator固有终止子在原核生物中终止转录的特殊信号 ； 指在新转录的 RNA 中可以形成二级结构的核苷酸序列 ， 其后跟随一串尿嘧啶。intron内含子在剪切时被切除的内部序列；出现在真核基因的 初级转录物 （hnRNAs） 中， 而不是在 mRNA 中。isochores等值区在真核基因组中具有相似碱基比例的区域。Jjunk DNA垃圾 DNA没有意义的 D

17、NA 序列；也指那些目前还不知道其作用的序列。Kkilobase（kb）千碱基DNA 序列的长度单位 ， 1000 个碱基为 1kb 。Llead compound先导化合物指在药物设计中一个可行的候选分子。LINE长散布（核）元件。linkage map连锁图谱见“遗传图谱”。local alignment局部比对一种寻找匹配子序列的序列比对方法。lock and key approach锁 - 钥方法两个对接分子的构象被固定的对接方法。log odds matrix对数几率矩阵矩阵元素是每一个字符替换概率的对数的矩阵。Mmatch score匹配得分序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。m

18、aximum likelihood approach最大似然法指在一系列的序列比对中，考虑每一个字符被替代的概率的一种系统发生学方法；也是一种基于纯统计的系统发生重建方法。methylation甲基化一个甲基 （ CH 3 ） 附着在一个核苷酸的 含氮碱基或者蛋白质上。microarray微阵列在一个固体基片上的已知位置固定了 DNA 探针的有序阵列。microsatellite微卫星在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，例如串接出现 5-CA-3 的重复序列；通常在个体间变化很大。MIAME（the minimum information about a microarray exper

19、iment）微阵列实验的最小信息为了实现微阵列数据共享和交流而制定的数据存储标准。minisatellite小卫星指在基因组中长度从5个碱基对到几十个碱基对重复序列串连出现的区域； 在个体间变化可能很大。mismatch score失配打分在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时所赋予的罚分。molecular clock分子钟这是一个有争议性的假设，指对于所有的进化谱系，任何一段给定的 DNA 序列以相同的速率突变。molecular clones分子克隆指一段 DNA 序列的多数相同拷贝，一般地在例如 质粒或病毒等载体中进行，使得 它们可以在细菌培养物中生存并传播。molecular g

20、raphics分子图形学分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结合，使得分子模型化方法取得成功。molecular modeling分子模型化分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术。Monte CarloalgorithmMonte Carlo 算法一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将能量最小作为评价一般解的方法。motif序列模式指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片段。multiple sequence alignment多重序列比对三个或更多条序列的比对。mutation突变由于 DNA 复制或者修复错误导致核

21、苷酸序列发生的变化；严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发生的变化。Nnative structure天然结构在一个活细胞内，特定的蛋白质通常折叠成的唯一结构。natural selection （selection）自然选择个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子代的差异现象；导致 等位基因频率改变的进化。nearest neighbor classifier最近邻分类法一种根据物体特征相似性对它们进行分类的一种统计学方法。negative regulation负调控可以阻止基因转录发生的调控neighbor-joining method邻近归并法一种聚类方法 ，在聚类之前，所有对象以单个节点

22、表示，然后逐步合并相邻节点 。nucleotide核苷酸核酸分子的基本单位，其组成方式为碱基 - 戊糖 - 磷酸。neural network神经网络一种可以通过学习来仿效一些神经元的功能计算机程序；能够用来根据统计相似性预测数据集的特定属性。neutral mutation中性突变不影响生物适应性的突变。NMRNMR 核磁共振用于解析蛋白质结构的技术。nodes节点在一棵系统发生树中，以节点代表一个分类单元（物种、序列）。nondegenerate site非简并位点突变总是导致蛋白质氨基酸序列发生替换的密码子位置。nonsynonymous substitution异义替换可以使氨基酸发生

23、变化的密码子中核苷酸的替换。Oopen reading frame （ORF）开放阅读框（ORF ）一段由密码子组成的核苷酸序列，在 相同阅读框中没有终止密码子出现。operator sequence操纵子序列原核生物调控蛋白结合的 与基因启动子相关的一段核苷酸序列。operon操纵子包含有结构基因和调控元件、在转录中产生mRNA分子的一组相关的基因。origination penalty起始罚分用来评估一系列新空位的罚分；序列比对中空位罚分的一部分。orthologs直向（直系）同源物那些具有相似性的序列， 由于物种形成事件而使得它们从一个祖先序列独立进化。outgroup外群（外部参考物种

24、）指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物种。PPAM unitPAM 单位一种进化单位；特别地，指被观察的对象中每 100 个残基发生一个替换所需要的平均进化时间。Pairwise Sequence Alignment序列两两比对对两条序列进行编辑操作，通过字符匹配和替换，或者插入和删除字符，使得两条序列达到一样的长度，并使两条序列中相同的字符尽可能地一一对应。paralogs共生（旁系）同源物那些具有相似性的序列， 它们都是被复制的祖先基因的后裔。parsimony简约性指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程pattern discrimination ana

25、lysis模式判别分析是一种统计方法，主要根据观察到的一个或多个序列模式来对序列进行分类。physical map物理图谱关于基因组中特异性序列排列和间距的信息，建立物理图谱实际上是为全基因组测序建立“路标”，是测序的前一步工作。peptide肽一条含有多个氨基酸的链。peptide bond肽键在肽连接中碳氮之间的共价键。pharmacogenomics药物基因组学一门利用个体的遗传信息获取最好的药物疗效 ， 同时具有最小副作用的研究领域phenotype表型生物体由于和其基因型和环境相互作用而产生的可见属性。phosphodiester bond磷酸二酯键连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个

26、的 脱氧核糖的共价键。phylogenetic tree系统发生树对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关系的图形化表示。point accepted mutation （PAM）点接受突变（PAM ）指被自然选择接受的突变。polar amino acid极性氨基酸通常指侧链上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氢键的氨基酸。polar bond极性键在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分子之间发生的相互作用。polyadenylation多聚腺苷酸化指用一个基因核苷酸序列中不被读出的一段长约 250 个碱基 A 组成 的序列替代真核 hnRNA3 端的过程。polycistronic多顺反子包含多个基因的遗传信息（顺反子）。polymerase chain reaction聚合酶链反应一种在体外快速、大量地合成给定DNA片段的技术，首先将双链DNA分离成两个互补的单链，再用DNA聚合酶将每一个单链合成双链，如此重复下去。Polynucleotide多核苷酸一条核苷酸的聚合链 ； DNA 或 RNA 分子。polypeptide多肽一条