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1、然后进入源代码目录 cd pymolsrc开始依次编译 python setup。py install python setup2.py install拷贝执行脚本到某个PATH，安装就搞定了 cp 。/pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息ImportError: No module named Pmw，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误 No module named _tkinter# USE=”tcl tk emerge python好了，下

2、面我们就可以进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等. 当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口,上面的外部GUI窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（Internal GUI）.Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL提示符）,可以用来输入Pymol命令；在Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作.Externa

3、l GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮.请注意,标准的“复制、剪切和粘贴操作只能在External GUI中完成，并且必须使用“CtrlC、CtrlX以及CtrlV”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1.在External GUI中选择File Open 2.使用命令行:load load 2vlo。pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）： load 2vlo.pdb， test下面说说如何来操作你新建的对象

4、。首先:Pymol show representation hide representation其中representation可以为：cartoon， ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构.例如当我们键入：Pymol hide linesPymol show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令： label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“

5、链”编号,你会发现，第一个分子由“链”AE组成,第二个则由FJ组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链AE或者FJ去掉即可：Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的东东还可以这样完成:Pymol select test， chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon， test上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作.并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标,并可以对其进行操作。比如你可以:Pym

6、ol hide everything， testPymol show cartoon, test这样你会得到:说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：Pymol select selectionname， selectionexpression其中名字可以由字母A/aZ/z，数字09已经下划线_组成，但是要避免使用：! $ & * （ ） ” ? /如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以:Pymol delete selection-name delete object-name下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色.预定义的颜色名字可以在外部G

7、UI窗口的Settings Colors中找到： color color-name color color-name, selection-expression比如我们可以： color red, ss h color yellow, ss s color green, ss l+”其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+”代表Loop和所以其他结构.这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol可以同时打开多个pdb文件

8、：Pymol load object-name-1。Pymol load objectname-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象,可以这样： disable object-name-1Pymol enable objectname1你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。 disable selectionname使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom,orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标: zoom selection-name定向选定目

9、标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示:：Pymol orient selectionname你也可以用view命令保存你目前的视角,注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式： view key， action其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何“action，则默认为recall： view v1， storePymol view v1， recall view v1说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。1.使用log_open命令把你所有使用过的命令

10、记录为一个文本文档： log_open scriptfilename这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令: scriptfilename不过注意,如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。你可以选择外部GUI窗口中的File Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File Save Session，创建一个会话文件（.pse）. 该会话文

11、件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File Open。什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。3.如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片.

12、在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效： rayPymol pngyour_path/image_name最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。Pymol命令的语法与目标选择的表达上次介绍一些Pymol的基本命令.现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下： keyword argument其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的

13、，比如退出命令quit就不需要附加变量：Pymol quit当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量： zoom zoom all还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：Pymol color colornamePymol color colorname， selection-expression第一个color虽然只带一个变量”colorname，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的

14、作用是把整个结构变成color-name”的颜色。第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了”selectionexpression，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成colorname定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号”,”隔开。通过这个例子,大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如”color-name，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如”selection-expression”，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东,我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要,所以下面要详

15、细的讲一下。选择表达（selectionexpression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子,一些个Helix,一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线_组成，但是因避免使用下列符号： % & * （ ） ?选择表达由所谓的”selector”加上”identifier”组成，其中selector定义了某类属性，而”identifier则在该类属性下需要被选择的部分。如下例: select test， name c+o+n+ca其中”name就是一个selector，它表示在pd

16、b文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca则是对应的indentifier”，它表示我们要选择pdb文件中名字叫”ca+cb的原子（ca代表alphacarbon,cb代表betacarbon）.整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为”test，这样我们可以在后面继续使用它。下表列出了大多数的selector:Selector简写Identifier及例子symbole。chemicalsymbol-list周期表中的元素符号Pymol select polar, symbol o+nnamen。atomname-listpdb文件中的原子名字 select carbons， name ca

17、+cb+cg+cdresnr。residue-name-list氨基酸的名字 select aas， resn asp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基团的编号Pymol select mults10， resi 1+10+100residueidentifier-rangePymol select nterm, resi 110altalternateconformation-identifier-list一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸Pymol select altconf， alt a+bchainc.chain-

18、identifierlist一些单字母或数字的列表Pymol select firstch, chain asegis。segmentidentifierlist一些字母（最多位）的列表 select ligand， segi ligflagf。flagnummer一个整数（） select f1, flag 0numeric_typent。type-nummer一个整数Pymol select type1， nt. 5text_typett。type-stringPymol select subset， tt。 HA+HCidexternalindex-numberPymol select

19、idno, id 23indexidx。internalindex-numberPymol select intid, index 23sssecondarystructure-type代表该类结构的单字母Pymol select allstrs， ss h+s+l+下表是另一些Selector,有关比较的：bcomparisonoperator bfactorvalue一个实数，用来比较bfactor select fuzzy, b 12qcomparisonoperator occupancy-value一个实数，用来比较occupancyPymol select lowcharges,

20、q 0。5formal_chargefc。comparisonoperator formal chargevalue一个整数，用来比较formal chargePymol select doubles， fc. = -1partial_chargepc。comparison-operator partial chargevalue一个实数，用来比较partial charge select hicharges, pc. -1另外有一些Selector是不需要Identifier的,它们被列在下表中：描述all所有当前被Pymol加载的原子none什么也不选hydroh.所有当前被Pymol加载

21、的氢原子hetatmhet所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子visiblev。所有在被“可见的显示的对象中的原子presentpr。所有的具有定义坐标的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到:http：/www。wwpdb。org/docs.html在选择表达中,selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用,这样我们可以表达更加复杂的选择.这些操作子被列于下表中：Operator效果与例子not s1 s1选择原子但不包括s1中的Pymol select sidechains， ！ bbs1 and s2s1

22、 s2选择既在s1又在s2中的原子 select far_bb, bb farfrm_tens1 or s2s1 | s2选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）Pymol select all_prot， bb | sidechains1 in s2选择s1中的那些原子，其identifiers （name, resi, resn, chain, segi）全部符合s2中对应的原子 select same_atom, pept in prots1 like s2s1 l。 s2选择s1中的那些原子，其identifiers （name， resi）符合s2中对应的原子 select similar_atom, pept like prots1 gap X选择那些原子,其van der Waals半径至少和s1的van der Waals半径相差X select farfrm_ten, resi 10 gap 5s1 around Xs1 a。 X选择以s1中任何原子为中心，X为半径,所包括的所有原子Pymol select near_ten， resi 10 around 5