水稻单片段代换系SSSL的构建修回稿Word格式文档下载.docx

1、类型受体亲本华粳籼74W0中国籼稻供体亲本Amol 3 （Sona）W2伊朗苏御糯W7粳稻IR64W8IRRIBasmati 370W11巴基斯坦联鉴33W14美国茉莉香稻W15美国IRAT 261W18尼日利亚成龙水晶米W20KhazarW22LemontW23IAPAR 9W27巴西1.2 方法1.2.1 亲本多态性的检测和微卫星标记检测方法 本实验选用520个微卫星标记对各个供体亲本与华粳籼74之间的多态性进行检测，利用有明显多态性的微卫星标记进行代换片段的检测。微卫星标记引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成；Tris、EDTA和SDS等购自SIGMA公司，其余试剂是国产分析纯产品

2、。PCR扩增按照Panaud 等17的方法进行。PCR产物用6聚丙烯酰胺变性胶电泳。电泳完毕后，银染成像后记录结果。1.2.2 水稻单片段代换系的选育与供体残留片段的检测方法 本研究采用回交和分子标记辅助选择相结合的方法建立染色体单片段代换系18。杂交方法采用离体穗杂交技术19，杂交和回交都以华粳籼74为母本。水稻种子为前期选育的含有一个杂合片段或2个杂合片段的BC5F1种子，共计92份。每个材料种植40株，提取10株的叶片DNA进行分子标记检测。所选用的标记为早期世代（BC4F1）检测到的代换片段上的有多态性的SSR标记。每个株系选择10株进行片段检测，选出一批纯合的单片段代换系。1.2.3

3、 遗传背景中供体残留片段的检测方法 用亲本间有多态的标记对BC5F2选到的单片段代换系的候选单株进行遗传背景中供体残留片段的检测。随后在BC5F3对筛选到的单片段代换系做第2次的背景检测。1.2.4代换片段长度的计算方法 参照水稻微卫星标记图谱上标记间的距离16,20，按照Paterson等21的方法计算代换片段的长度。如图1所示。LMAX2 结果与分析2.1 供体亲本与华粳籼74之间的多态性对11个供体亲本与受体亲本华粳籼74之间的微卫星标记多态性进行了检测与分析（表2）。在水稻的微卫星遗传图谱上，按照等间距的原则，选用了520对SSR进行亲本的多态性筛选。表2 11个供体亲本与华粳籼74的

4、微卫星标记多态性标记总数多态标记数多态率/%平均多态标记间距/ cM1）Amol 3（Sona）52017934.42 8.52 29055.77 5.26 18635.77 8.20 26150.19 5.84 21841.92 7.00 18034.62 8.47 29857.31 5.12 16030.77 9.53 29256.15 5.22 27853.46 5.49 28254.23 5.41 平均23945.87 6.73 1）按RGP图谱的全基因组的总长度（1528.1cM）/多态标记数来计算11个供体亲本的平均多态标记数为239个，其中IRAT 261和Khazar与华粳籼7

5、4之间的多态率较高，分别为57.31%和56.15%，而成龙水晶米和Amol 3（Sona）较低，分别为30.77%和34.42%。对照表1中的资料可以看出，多态性高的供体均为粳稻，多态性低的供体均为籼稻，而受体华粳籼74为籼稻。说明籼粳稻之间的遗传差异大，标记多态率高；籼稻之间的遗传差异小，标记的多态率低。各供体亲本平均标记距离均在10cM以下，11个供体亲本的平均标记距离为6.73cM，其中最大的为9.53cM，最小的为5.12cM。2.2 遗传背景中供体亲本的残留片段将跟踪检测的片段称为目的片段，将遗传背景中供体的其余片段称为残留片段。分别在BC5F2和BC5F3代进行2次背景检测（表3

6、）。表3 BC5F2和BC5F3代遗传背景中的残留片段 亲本代号选用标记数PCR 样品总数残留片段样品数残留片段样品率/%*BC5F2BC5F33639641.01108120.931.853240.31144720.5621632.0857625281.390.43602881.117927200.250.28合计342025562390.670.35* 残留片段样品率等于残留片段PCR样品数除以总的背景检测的PCR样品数。在BC5F2世代进行第一次残留片段检测，选用36个亲本间有多态性的SSR标记，对95个单片段代换系的候选单株进行了背景检测，共完成3420个PCR样品的检测工作，残留片段

7、上的PCR样品数为23个，残留片段样本率为0.67%。在BC5F3代对71个BC5F3单片段代换系的候选单株进行背景检测，共完成2556个PCR样品的检测工作，残留片段上的PCR样品数为9个，残留片段样本率为0.35%。2.3 单片段代换系群体的代换片段经过微卫星标记的检测、选择及严格的遗传背景残留片段的分析，本实验在BC5F3共选到59个单片段代换系（表4）。表4 59个单片段代换系的代换片段编号代换片段染色体最短长度/cM估计长度/cM最长长度/cMW02-10-7-6-03-2-3PSM174-RM32-RM167-RM409-PSM410-RM202-RM536-PSM412-PSM4

8、13-PSM414-PSM415-RM209-RM229-PSM416-RM211154.658.562.4W02-10-7-6-03-2-4PSM409-PSM410-RM202-RM536-PSM412-PSM413-PSM41439.346.653.8W02-10-7-6-03-5-10PSM415-RM209-RM229-PSM416-RM21PSM415-RM209-RM229-PSM416-RM214.67.710.7W02-10-7-6-12-1-2PSM413-PSM415-RM209-RM229-PSMP416-PSM36518.125.4W02-15-1-8-14-5-1R

9、M195- RM556-RM 210- PSM395-RM502-RM447-RM352-RM264-PSM39639.239.940.5W07-07-4-1-3-3-5PSM139-PSM140-PSM141-PSM436-PSM481-PSM142714.123.5W07-07-4-1-6-2-7RM125-RM2-PSM146-RM2140.34.2W07-11-2-1-3-1-2PSM416-RM206-RM254-PSM346-PSM3461017.625.1W07-11-6-4-7-2-5RM49-RM6-RM5303.77.4W07-19-2-1-2-1-3RM218-RM232

10、-RM7-RM251-RM5634.38.2W08-16-3-4-146-5-6PSM301-PSM305-PSM3040.8W11-06-1-6-4-4-1PSM374-RM183-RM263-RM526-PSM52521.127.834.5W11-06-1-6-4-4-3PSM374-RM183-RM26310.220.3W11-07-2-1-8-2-2PSM304-RM132-RM569-RM489-RM54517.822.8W11-07-2-1-8-5-9RM132-RM569-RM489-RM545-OSR16-PSM42916.825.233.6W11-09-3-9-8-7-1RM

11、275-RM528-RM30-RM400613.9W11-18-1-6-09-1-6RM449-RM24-RM0911.5W11-18-1-6-09-1-8RM562-RM449-RM24-RM094.923.3W11-18-1-6-16-2-4R09-RM5-RM4883.16.2W14-01-5-6-2-5-7PSM407-RM228-RM333-RM591-RM5909.8W14-12-3-6-4-4-3RM111-RM253-RM350-RM402-RM50-RM13615.223.431.6W15-02-7-6-1-05-7OSR10-RM286-PSM175-RM332-RM167

12、-RM1202025.330.5W15-02-7-6-1-07-2RM286-PSM175-RM332-RM167-RM1200.515.430.2W15-02-7-6-1-10-4PSM408-OSR0-RM286-PSM175-RM332-RM16719.820.1W15-12-3-2-2-3-5RM589-RM170-RM190-RM587-RM225-RM2177.58.59.5W18-18-7-2-1-30-5PSM27-PSM13-PSM12-RM84-RM86-RM220-RM1-RM283-RM27213.718.723.6W22-03-6-1-19-2-6RM136-RM52

13、7-PSM388-RM3-RM541-PSM136-PSM16217.52736.5W20-10-4-5-6-1-6RM257-RM288-RM242-RM160-OSR28-RM201-RM215-RM34019.425W20-15-1-9-1-4-4短臂末端-PSM156-RM444-RM2193.21220.7W20-20-4-7-3-1-7RM222-RM216-PSM163-RM26925.943.3W22-09-2-10-4-9-4PSM158-PSM160-PSM161-RM409-PSM400-PSM337-RM41022.627.432.1W22-12-5-1-18-3-5R

14、M332-RM167-PSM409-RM120-PSM41012.915.6W22-12-7-4-16-7-4RM131-RM127-RM124-RM280-RM5591.1W22-17-4-3-5-3-5RM470-RM451-RM3177.3W22-17-4-9-10-2-6RM218-RM232-RM251-RM282-PSM5211.716W23-03-8-8-9-5-2PSM158-PSM159-RM105-PSM161-RM410-RM257-RM228-RM24233.536.339.1W23-07-6-01-04-1-7RM508-RM589-RM190-RM5871.45.2

15、W23-07-6-10-10-3-7RM50-RM539-RM136-PSM388-RM3-RM541-RM162-RM275-PSM43146.456.2W23-07-6-10-14-4-1RM217-RM111-RM253-RM50-RM402-RM53935.5W23-09-4-1-3-1-10RM135-RM504-RM168-RM186-RM556.4W23-09-4-6-1-1-5RM504-RM504-RM186-RM168-RM55-RM132-RM520-RM29314.8W27-03-5-1-5-9-1PSM27-RM24-PSM13-RM428-PSM12-RM84-RM

16、86-RM22013.2W27-03-5-2-4-3-9短臂末端-RM462-PSM27-RM24-PSM13-RM428-PSM12-RM84-RM86-RM22017.424W27-04-1-2-1-7-4PSM399-PSM157-PSM158-RM1052.410.919.3W27-04-5-9-2-2-2RM190-RM204-RM225-RM217-RM314-RM111-RM253-RM2177.28.1W27-05-4-2-3-4-7RM44-RM339-RM51514.7W27-05-4-3-4-2-8rm502-RM447-PSM3525.9W27-05-7-3-4-03-

17、9短臂末端-RM508-RM589-RM21710.115.5W27-05-7-3-4-10-4RM508-RM589-RM190-RM204-RM225-RM21710.8W27-05-7-5-5-08-9RM164-RM440-RM161-PSM384-RM188-RM421-RM26528.934.8W27-05-7-5-5-09-7PSM384-RM188-RM421-RM26-RM274-RM3115.921.426.9W27-05-7-5-5-10-3RM274-RM31-RM334-PSM385-PSM1232.57.612.6W27-08-7-1-2-2-3RM451-RM317-R