Popgene 132中文手册Word下载.docx

1、POPGENE/Co-Dominant 和 Dominant markers 两个对话框：Haploid DataAnalysis 和 Diploid Data Analysis。 每个对话框里有 3 个等级的 HierarchicalStructure：Single Populations, Groups 和 Multiple populations。 Single Locus和 Multilocus 遗传参数的评定通过选择一个或多个 Hierarchical Structure 核对框实现的。HAPLOID DATA ANALYSISGene Frequency: 从原始数据中判断每个 l

2、ocus 的基因频率Allele Number:计数非零频率等位基因的数量2Effective Allele Number:评价彼此的结合性Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比Gene Diversity：判断 Neis （1973）基因多样性Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行（ 2）和相似率（G2）测试F-Statistics:为 Groups 或 Multiple Populations 判断 Neis （1973） GST，以及 GST

3、和 GCSGene Flow: 从 GST 或 FST 中的判断中来进一步判断基因流Genetic Distance: 判断 Neis （1972）遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用 UPGMA 做基于 Neis 遗传距离的树形图Neutrality Test:用 Manly 提出的算法，为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试Two-locus LD: 判断 loci 和 2 测试之间的 gametic disequilibriaBrown:计算观察的和预想的 K 的 momentsSmouse:编码常出现的等位基因为 1，假的等位基因为 0.

4、判断平均内在关系DIPLOID DATA ANALYSISGenotypic Frequency: 从针对 co-dominant markers 的原始数据中判断每个locus 的基因频率HW Test:在随机杂交的情况下，用 Levence 计算法则计算预想的遗传型频率，并 且 执 行 基 于 Hardy-Weinberg 平 衡 （ 2） 和 相 似 率 （G2） 的 测 试 ， 仅 限 于co-dominant markersFixation Index:判断 FIS 作为异形接合体缺失或过多的判据Allele Frequency:判断原始数据的基因频率 计数非零频率等位基因的数量 评

5、价彼此的结合性Obs. Homozygosity:判断给定 locus 观察到杂合子的比例，仅对于 co-dominantmarkers3Exp. Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于 构建双向相依表和进行（ 2）和相似率（G2）测试，测试针对于Groups 或者 Multiple Populations 为 Groups 或 Multiple Populations 判断 F-statistics 用 UPGMA 做基于 Neis 遗传距离的树形图 编码常出现的等位基因为 1，假的等位基因为 0，他们的异形接合体为1/2. 判断平均内在关系三、软件的使用输

6、入文件格式输入文件应该由表头和数据两部分构成。表头的格式应该是这样：（1）用/* . */符号限定；（2）populations 的数量；（3）loci 数量；（4）locus 的名字。数据开始为每个 population 的 ID #和 population 的名字 ，这两个都是可选项。如果这两项没有给出的话，就应该在 populations 之间留下至少一个空白行，该软件会自动给你产生 population 的 ID。如果这两项给出来的话，你的population 的 ID#和 population 的名字之间必须是不重复的。原始数据的格式很自由，纵行之间可以带或不带 1 个或更多的空格，

7、但他们之间不能有空行。对于haploids 和 dominant markers 像 RAPDs 无值的位置要以“ .“代替（也就是说把出现或未出现等位基因的代表为一个点），对 diploids co-dominant markers的用“ . .“。下面给出三个例子。头两个例子纵行之间有空格，第三个数据中是4空格和无空格的混合以说明数据输入的灵活性。例 1：haploid data 的输入格式/* Haploid numeric data of 3 populations each with 3 records （gametes） & 19 loci*/Number of populatio

8、ns = 3Number of loci = 19locus name :AAT-1 AAT-2 ACO ADH APH DIA-2 DIA-3 GDH G6H IDH MDH-1 MDH-2 MDH-3 MDH-4ME PGIPGM 6PG-1 6PG-2ID = 111121111211121111113113111121112111211ID = 2111211112111311111111111111211163111111111111121133111111ID = 3113231*11111112311121112111111113211*1111例 2：diploid data,

9、 co-dominant marker 的输入格式/* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records（genotypes） & 21 loci */5Number of loci = 21Locus name :AAT-1 AAT-2 AAT-3 ACO ADH DIA-1 DIA-3 EST-2 GDH G6P HAIDH MDH-1 MDH-2 MDH-3 MDH-4 PEP-1 PEP-2 PGI-2 PGM SPG-2AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA

10、 AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB BB A3 AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AAAA AA AA AA BC AC AA AB AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB CC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AB AAAA AA AA AB AB AC AA AB AB AA A

11、A AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAB AA AA AA BC AC AA AB AB AA AA AA AA AB AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AAAA AA AA AA AA BC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AB BC BC AA BB AB AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AC AAAA AA AA AB AC AB AA

12、BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA BC AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AAAA AA AA AB AA AC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA

13、 AC AC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB BB BC AA BB AA AC AA AA AA AA AA AA AA AA AC AD AAAA AA AA AA AB BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB BC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AAAA AA AA AA AA BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AAA

14、A AA AA AA AB BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA BD BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AE AAAA AA AA AB CC BB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AA BC BB AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB CC BB AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA

15、 AA AB AA6AA AA AA AA BB BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA AB BC AA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AB AC AB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AAAA AA AA AB BC BB AA BB BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AB AB AB AA BB AA AA AA AA AA AA

16、AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AC BC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AA CC BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AAAA AA AA AA BB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AAAA AA AB AA BE BB AA BB AB AA AA

17、 AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AB BC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA BB AA CC AA AB AB AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AAAA AA AA AB AC BC AA BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AAAA AA AA AB AA BB AA AC AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AB BB AC AA B

18、B AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AC AC AA AA AB AA AA AA AB AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA AA AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AAAA AA AA AA BC BC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AA例 3：diploid data, dominant marker 的输入格式Number of populations = 2Number of

19、loci = 28OPA01-1 OPA01-2 OPA01-3 OPA01-4 OPA01-5OPA03-1 OPA03-2 OPA03-3 OPA03-4 OPA03-5 OPA03-6OPA04-1 OPA04-2 OPA04-3 OPA04-4 OPA04-5 OPA04-6 OPA04-7OPA07-1 OPA07-2 OPA07-3 OPA07-4 OPA07-5 OPA07-6OPA11-1 OPA11-2 OPA11-3 OPA11-4name = Slave Lake7fis = -0.23811101 100100 0111010 001000 100110110 1001

20、00 0011010 001000 000111100 100100 0011010 001000 000111111 100100 0011010 001010 000110110 101100 0011010 001010 110111000 100100 1001010 001000 000111101 100100 0101010 001000 100110110 100100 0000110 111101 000111001 100100 0111010 001010 100111101 101100 0101010 001000 100111100 100100 0011010 1

21、10000 100111101 111100 0011010 001000 000111111 111000 0101010 001000 000111000 100100 0000010 001010 000111001 100100 0110010 001000 100111101 101000 1000010 001000 1001name = Little Smokyfis = 0.011101 111101 0111010 111000 111111101 111100 0011010 001000 111111110 100001 1011010 101010 101111101

22、111000 0011010 001011 000110101 111111 0011010 111000 010111000 100000 0111010 111010 011110001 101000 0011010 011000 100111101 101111 0011010 011010 100111001 101010 0011010 101010 101111011 111100 0011010 011010 1011811110 111101 0011010 001001 001111001 111111 1011010 001010 100111111 111110 0000

23、010 111010 011111011 101000 0011010 001000 000111101 100000 1111010 001000 100111111 100000 1111010 001000 100111100 101100 0001010 000101 011011001 101100 0100010 110100 100110101 100100 0011010 000010 100111001 111000 0010010 001000 00019四软件具体操作步骤：（1） 打开菜单中 File/Load data，然后选择一个合适的数据设置进行分析.10（2） 打

24、开你的数据文件后，点击菜单上的 Co-Dominant，根据你的数据类型选择 Haploid 或 Diploid.11（3） 打开 Haploid Data Analysis 或者 Diploid Data Analysis 对话框核对：是否变量（marker loci）或记录（individual organisms）是柱状输入；是否你的分析通过 Single Populations, Groups 和/或 Multiple Populations;正确的 Single Locus 简要统计；正确的 Multilocus 简要统计；下面的是一个 Haploid Data Analysis 对

25、话框。注意下面的 Check All 是激活的。如果你不确定什么样的特殊分析要进行就检查一下所有的选项，然后点击OK。下面是一个关于 co-dominant markers 的 Diploid Data Analysis 对话框。注意仅仅部分分析选项被选择了。12（4） 现在，可能会被程序问道：Do you want to retain all loci for furtheranalysis ?，点击 Yes 或 No 根据自己的情况。13如果你选择 No，那么 Delete Locus 对话框会弹出让你删除部分你选择的 loci14（5） 接着，回答问题Do you want to ret

26、ain all populations for furtheranalysis?如果你选择 No，那么 Delete Populations 对话框会弹出让你删除部分你选择的populations15（6） 如果你在第（3）步选择了 Groups，在 enter the number of groups对话框输入组数16点击 OK 打开 Group Populations 对话框，为每个 group 选择正确的 populations17（7） 如果 Two-locus LD 在第（3）步被选择 Check 的话，你需要选一个significance level（P）去测试 loci 之间的

27、linkage disequilibria。重要的：在你有大量的 alleles/locus, loci 和 populations 时，一个高的 P 值能导致一个极大的输出大部分例子中，P 应该小于等于 0.0518（8） 如果 Neutrality Test 在第（3）步被选择 Check 的话，你需要选择去测试 neutrality 的为计算 95%上下限的置信界限的 simulations 的数量。推荐 500 1000 simulations 为置信界限的可信估计。19（9） 如果你正确的完成了从（1）到（8）的操作，这是会出现 result.dat输出窗口，显示了你选择数据的分析结

28、果。打开 File | Save as.保存成 SCII码形式，可以进一步使用或者直接复制粘贴到 word 中。下面是关于 dominant markers 的 Diploid Data Analysis 对话框。你可能需要在HW equilibrium （i.e., FIS = 0） 或 HW disequilibrium （i.e., FIS 0）之间进行选择。注意到在你的数据中，你可以为每一个 population 指定 FIS 值。如果你没有指定 FIS 值，程序会默认假定你的 population 处于 HW equilibrium。当你选择了 HW disequilibrium，程序会在判断等位基因频率的时候读 FIS 值并且使