XPP按键功能Word文档下载推荐.docx

1、按Enter键接受提供的数值。按Esc退出进入和启动积分。s（H）oot允许您使用产生的初始数据当你持续寻找一个平衡时。当一个静息状态有一个正或负的特征值,然后XPP会问是否你想要近似于不变流形。如果选择是的,那么最初的数据被用来计算被记住的轨迹。因此,当你选择这个选项,你将被要求1 - 4。这个数字就是被计算不变轨迹的顺序。1和2都不稳定流形和3和4是稳定流形。注意如果不变集是一个稳定的流形,那么您应该将时间向后推移。（F）ile提示输入一个有数值序列的初始数据的文件名。form（U）la允许您设置所有初始数据作为一个公式。这是有利于代表许多常微分方程链式消除的系统。当提示输入变量,输入u2

2、 . .10例如设置变量u2,u3,u10,然后放在一个公式使用索引j。注意您必须使用j,而不是j本身。例如sin（j* 2 * pi /10）。对不同的变量重复输入达到两次开始积分。m（I）ce让你用鼠标选择多个点。完成后单击Esc。（D）AE guess允许您对微分代数方程选择一个代数变量的推测。（B）ackward和Go是一样的，但在时间上向后积分运行。（II） Continue这允许您继续积分将数据附加到当前的曲线。输入新结束时间。（III） Nullclines这个选项允许您画零渐近线系统。Nullclines是右端会消失的曲线。他们的交叉点会显示固定点。他们是最有效对于二维模型,但

3、XPP可以吸引他们对任何模型。约束条件和在direction fields里是一样的。菜单中有6项:（N）ew画了一组新的nullclines（N）。（R）estore恢复最近的计算。（A）uto打开一个标记,使XPP重绘他们每次都是必要的,因为其他窗口会掩盖它们。（M）annual使得这个标志关闭,您必须手动恢复它们。x轴nullcline是红色和y轴nullcline是绿色的。（F）reeze允许您冻结和多个nullclines回放（F）reeze冻结当前的nullclines（D）elete删除所有冻结的nullclines（R）ange允许您通过一些变化范围内改变参数,计算nullcl

4、ines并存储（A）nimate重绘所有冻结的nullclines擦除屏幕之间的每一个。用户指定图之间的延迟。（S）ave将nullclines保存到一个文件中。他们可以使用其他软件绘制。注意:XPP计算nullclines的方式（通过计算两变量函数的零轮廓）意味着nullclines是由一系列小线段来组成的。这意味着,如果您尝试作为一个连续曲线去绘制它们,绘制程序会产生垃圾。因此,你应该作为点去绘制它们以及它们之间没有画线部分。有4列产生的数据文件。前两个是x nullcline和第二两个y nullcline。Data is as follows: xnx1 xny1 ynx1 yny1

5、xnx2 xny2 ynx2 yny2 .有相等数量的的记录。x nullcline由段（xnx1 xny1）、 （xnx2 xny2）在双点之间组成。y nullcline类似。（IV） Direction Field/Flow（方向场/流）这个选择是最好用于二维系统，然而,它可以应用于任何系统。当前图形视图必须是一个二维图，且变量都是不同的,都不是时间变量,t .有五个项。（D）irection fields选择direction field选项将提示您输入网格尺寸。二维平面分为指定的网格大小和线条被指定每一点的方向流动绘制。如果系统不仅仅是二维的,其他变量将被冻结在初始条件窗口的值。（F

6、）low选择flow时,系统将提示您为一个网格大小和在网格上每个点开始的轨迹将根据数值参数被积分。任何给定的轨迹可以中止按Esc和整个过程停止按/。其余变量如果超过二维将与IC窗口中的值初始化。（N）oDir Field当你点击时关闭了方向域的重新划定 （绘制）。擦除屏幕自动关闭了这个（C）olorize这在屏幕上画了一个网格填充矩形，其颜色编码通过速度或其他数量。（见菜单项的数值运算|颜色代码）。（S）caled Dir. Fld和（D）irection field相同但长度都是按比例缩小到1所以只有方向信息。（V） Window/zoom允许你rewindow当前图。按这个给另一个菜单的选

7、择:（W）indow会弹出一个窗口提示您输入两个轴的最大值和最小值。完成后单击OK或取消。（Z）oom in通过鼠标点击，拖和释放使区域扩张。矩形的视图将扩大到整个窗口。Zoom （O）ut如上所述,而是整个窗口将被缩减成矩形。（F）it最常见的命令会自动适应窗口所以整个曲线中包含它。对于三维的窗口数据将被缩放以适合到一个多维数据集和多维数据集缩放以适合窗口。（注意:在某些显示,没有橡胶框缩放操作。如果发生这种情况,在命令行上运行-xorflag选项。（VI） Phase SpaceXPP允许周期域,这样您就可以解决方程在一个圆环或圆柱体。系统将提示您（A）ll变量周期,（N）o变量周期或者（

8、C）hoose那些你想要的。你将被要求的周期,对于所有周期性变量是相同的（如果他们必须不同,重新调节）从显示的列表中通过他们的名字或单击适当的名称选择。旁边会出现一个X所选的。点击切换X。点击Esc完成后或取消或完成。XPP增强你的变量通过这段时间,足够聪明当绘制不加入两端。（VII） Kinescope（屏幕录像）这允许您捕获活动窗口的位图和来回播放。（C）apture将当前活动窗口来一个快照（R）eset删除所有快照（P）layback循环图片通过每次点击鼠标左键，如果单击中间或利用Esc则停止。完成后它会哔哔声。（A）utoplay不断回放快照。你告诉它有多少次循环周期和以毫秒时间为单位

9、的在每帧之间。（S）ave节省了ppm或gif格式的帧（M）akeanigif从框架创建一个帧动画gif。文件总是被称为动画.gif和可以回放通过网景浏览器,浏览器,xanim等等。（VIII） Graphics图形这个菜单允许您改变线型、添加多个曲线,冻结模拟,导入图,改变轴,色图,打印。（A）dd curve这使您可以添加另一个曲线。会出现一个对话框问你:每个轴的变量,一个颜色,行类型（1 -实线和0-点,负整数画各种半径的圆）所有后续的积分和修复将包括新的图。每个窗口允许10。（D）elete last将删除最近添加的曲线。（R）emove all删除所有曲线,但第一条永远不能被删除。（

10、E）dit curve你将被要求曲线编辑。第一个是0,第二个1,。你会得到一个对话框（A）dd curve。（P）ostscript这个XPP生成postscript文件窗口包括nullclines、文本和图形。一个新的对话框将提出要求:你是否想要黑白或彩色,是否你想要的风景或肖像,轴的文字和数字的字形大小。接着问postscript文件的文件名。（F）reeze这将在窗口创建一个永久的曲线。通常,当你重新去积分方程或加载一些新的数据,当前曲线将被新数据取代。Freeze将防止这一点。每个窗口最多可以冻结26条曲线。有几种选择:这冻结当前绘图窗口的当前曲线0。它不会被绘制在其他窗口。如果你将坐

11、标轴从2维改到3维和它是作为2 维曲线被冻结的（反之亦然）,那么它也将不会绘制。最好是创建另一个窗口在三维工作，这是可以避免的。参数框弹出,问你颜色（线型）以及关键名和曲线的名字。曲线的名字是方便参考,应该几个字符。关键名是将会被打印在图表上的。（D）elete这给你一个选择来删除可用的曲线。（E）dit这允许您编辑指定曲线;关键名,可以改变线型。这就可以移除在当前窗口所有的冻结曲线。（K）ey这把钥匙打开或关闭。如果你把它打开,可以用鼠标将它放在图形的任意位置。主要由一行组成，紧随其后的是一些文本描述。只有15个字符是允许的。（B）if.diag将提示您输入文件名,然后使用当前视图,画出图。

12、相同的格式的文件必须由在Auto菜单里的Write pts 选项产生。根据点是否稳定/不稳定不动点或周期点，图是彩色的。图是“冻结”,一次只能有一个图。（C）lr. BD清除当前的分叉图。（O）n freeze切换标志，自动冻结曲线,将它们积分。使用这个永久冻结你画的一切。a（X）es opts这使得一个窗口中你可以告诉XPP你想得出的轴,你是否希望他们,字形大小，PostScript轴标签。exp（O）rt这允许您保存当前绘制在屏幕上点在XY格式。因此如果你有一个相平面在屏幕上,只有X和Y值保存。这让它兼容程序像XMGR假设X Y1 Y2 .数据。如果有几个痕迹在屏幕上,它节省了第一个跟踪的

13、X值和Y值的所有后续跟踪。冻结曲线不输出。（C）olormap这允许您从默认值中选择一个不同的颜色贴图。有一束，尝试所有并挑出你的最爱。（IX） Numerics这个菜单控制程序的数值方面。（T）otal- Change total time 这是积分时间。如果是负的,那么它将变成正的并且不存储任何数据。因此你可以积分很长一段时间没有被告知存储已满。（S）tart time - Change start time of simulation 这是初始时间T0。自治系统通常是无关紧要的。t（R）ansient - Only store after this much time 该程序在绘制输出之

14、前将为这个时间段静静地积分。它是用来摆脱瞬变。（D）t - Integration timestep这是设定步长通过固定步长积分和输出步骤对于自适应算法。这是正的还是负的取决于积分方向。向后积分,使其负的。n（C）line ctrl - nullcline grid 将提示您设定网格大小计算nullclines。s（I）ng pt ctl - fixed point accuracy 这提示你对于错误和极小值对于特征值和平衡计算以及最大迭代。n（O）ut - frequency of output 这设定积分数量来执行在对于固定步长的积分存储之间。因此,如果您输出Dt为10个0.05的步长，,

15、XPP将产生输出是10 *0 . 05 =0.5 时间步数分开。这样做的好处是,较长的记录的数据可以在不损失精度的积分器下获得。（B）ounds - global bounds for all variables 这在积分器设置全局范围。如果任何变量大小超过这个值,出现一条消息,并且积分停止。（M）ethod - integration method 允许你选择积分的方法。有许多积分器可供使用:（D）iscrete使用此离散动力系统或位图。（E）uler通常是一阶欧拉方法。（M）od. Euler是二阶欧拉或Heun方法。（R）unge-Kutta是在每个文本的书中所描述的四阶龙格-库塔方法（

16、A）dams是一个Adams-Bashforth四阶预估方法。它需要比RK更少的右边求值,达到相同的准确度。然而,它是众所周知的不稳定。（G）ear是一种基于在齿轮的经典文本算法稳性大的积分器。自适应步长。您需要指定公差（更小、更准确）,最小步长和最大的步长。（V）olterra是一个反向积分器用于解决沃尔泰拉积分方程。这是一阶准确。XPP提示公差,最大迭代,和一个“内存大小。“内存大小通过解算器设置使用存储。如果内核衰减迅速,可以使这个变小。公差和最大迭代用于推进到下一步。你也会问你想要的卷积核重新评估，在一些参数的积分范围或通过手动改变参数变化后。如果这个标志为1,那么内核将重新计算。默认

17、是不重新计算。（B）ackEul是一个简单的反向欧拉积分。小公差意味着对牛顿法有更严格的要求,最大迭代指定有多少牛顿法的尝试。（Q）ualst.RK4是一种自适应步长龙格-库塔积分推荐该不稳定系统。选择小的公差以增加精度和最小/最大许用步长。（S）tiff是另一个自适应激烈的积分器类似Gear。您被提示错误公差和最大/最小容许步长。（C）Vode基于Gear的LSODE的C实现。这是推荐的稳定的积分器。相对和绝对公差要求。你会问,如果你想使用一个联合解算器。对于像离散偏微分方程等系统,使用带状可以增加10到100的速度的因素。上部和下部的频段控制将要求。DoPri（5）Dormand-Prin

18、ce自适应步长为该不稳定系统积分。绝对和相对公差要求。DoPri（8）3是一个高阶DP积分器。Rosen（2）3对于稳定系统是一个Rosenbrock自适应积分器。公差和带状请求,（Y）mplect偶对积分器对于保守系统如以下形式:y1 = f1（y1,.,yn） y2 = f2（y1,.,yn） . yn = fn（y1,.,yn） d（E）lay - delay equations params这设置上限对于最大延迟以及一些其他的用于计算延迟方程不动点的稳定性参数。第一对是猜测与一部分实数部分的最大特征值和网格在一个轮廓进行积分来确定有多少特征值与正实数部分使用原则的论证。如果你延迟方程,

19、延迟超过最大延迟,会出现一个消息和积分将会停止。每次最大延迟是改变了之前的所有延迟数据被摧毁,你必须开始重新积分。因此,它应该首先解决延迟方程时设置。由于存储取决于Dt的大小当你改变这一状况,然后延迟存储也会毁了。延迟方程需要数据,对于t t0这样您应该编辑延迟ICs。谨慎使用当你对自适应步长积分器积分时。（C）olor code - color code trajectories 如果你有一个颜色系统,XPP可以通过速度的大小或不同数量的大小编码输出。会弹出一个选择这两个选项或者关掉颜色。这可能在你的照片覆盖在其他一些曲线的一些颜色。一旦你选择颜色代码,你被要求要么选择最大和最小值或通过优化

20、XPP为你做这些。后者将计算最大和最小并设置相应的尺度。（P）oincare map - cmon you should know!这对Poincare部分设置参数。会出现四项选择:最大/最小选项, Poincare section选择, period选项,可以选择关掉所有的地图。只允许部分正交坐标,然而,通过定义合适的辅助变量,可以让一些数量截面。最大/最小发现局部极值的变量和周期选项选择记录时间列以及当地的部分信息。会弹出一个窗口,你应该输入参数。他们是变量来检查部分和方向。也就是说,如果变量穿过截面，一点都将被记录,要么是根据方向参数正转为负,反之亦然。如果方向设置为0,点将从任一方向被

21、记录。标志Stop on Section部分指示XPP当部分交叉时停止。注意,自动进行插值。如果部分变量是时间,T和部分是说T1,然后每次T = 0以T1为模，点被记录。这是用于周期性地驱动系统。如果你选择了最大/最小选项,然后是无关紧要的部分,点将被记录在本地最大（如果方向1）最小（方向= -1）或两变量都遇到（direction=0）。r（U）elle plot - make delayed embedding plots 这允许您通过整数步长延迟任意轴。这是用于混沌轨道和延迟系统。选择其中一条轴将导致延迟轴通过步长数量输入。因此如果你绘制X vs X,当然你会得到一个对角线,但如果你让y

22、轴推迟说50和输出是每1 timesteps,然后绘制将X（t-5）和X（t）。这并不出现在方程积分之后才可用的，而是在计算后。你设置它,然后点击恢复从主菜单中。stoc（H）astic - all sorts of statistics, curve fitting, miscellany!这会带来一系列的项目,允许你计算许多轨迹和发现他们的均值和方差。这是最有用的,当使用马尔可夫链的或有噪声的系统添加到右边。项目有:New seed使用这个补种随机数生成器。如果你使用相同的种子,那么每次运行的结果不会改变。Compute这会出现相同的对话框中“积分”“范围”选项。将创建两个新的数据集,计算

23、点的均值和方差的通过在试验你选择的数量轨迹的点值。如果系统是完全确定的,每个运行的参数和初始条件是相同的,那么这是多余的。否则,计算均值和方差。然后,您可以访问这些新数组如下所述。如果你启动示例马尔可夫的问题,选择“计算”选项,并设置初始数据恒定的20次运行,那么你可以看看平均轨道和它对于每个变量的方差。Data这将最近运行的结果放进数据浏览器,并使绘图。Mean这放置最近计算的一组试验的平均值的结果。Variance这确实相同的方差。Histogram这个为选择变量和附加条件计算直方图，取代了“t”列和第一个变量列分别与每个二进制数和数量。系统将提示您的箱子数,最大和最小值和变量执行直方图。

24、最后,您将被要求额外的条件,包括其他存储变量（而不是固定的。）例如,假设您已经运行一个ODE/Markov系统时,你想要一个连续变量的分布，当Markov变量是1。然后附加条件将是z = = 1,z是Markov的变量。多个条件是使用&,|表达式。注意,= =是逻辑相等和代数相等是不一样的。Old Hist带回最近计算直方图。Fourier这提示输入一个数据列和你想要的模式的数量。然后计算傅里叶变换（FFT,因为我不想担心零填充和其他事项）对于你选择的模式。结果在浏览器中。第一列（标记为“T”）的模式。第二,余弦部分和第三,正弦部分。Power这就像傅里叶除了FFT的规模和保持的阶段。f（I）

25、t curve这是一个常规的基于Marquardt-Levenberg算法对非线性最小二乘拟合。方法的描述可以在c中的Numerical Recipes中找到,在实现过程中，可以选择不同的参数和初始数据,试图在解答动力系统和数据之间减少最小二乘的差异。数据必须在文件中第一列包含独立值递增次序。剩下的列包含的数据将被使用在DE解决方案。并不是所有的列需要被使用。当你选择这个选项,会弹出一个窗口与10个条目描述适合参数。File这是数据文件的名称。第一列必须包含数据的使用次数。NCols这包含的列总数在数据文件中。这包括所有列在这个文件中,即使是那些你不会使用的。Fitvar这是一个由逗号或空格分

26、隔的列表变量,要适合数据。这些不能马尔可夫变量或辅助变量。他们被限制在定义为“变量”在ODE文件中的项目里。由于懒惰,你只能输入尽可能多的变量可以在25或更少的字符类型。To Col这个应该包含一个列数字列表与每个你想相符合的变量相关联的数据文件。因此,例如,如果你想要让“x”在第5列和“y”在第2列,你会“x y”类型的“Fitvar”入口和“5 2“在To Col入口。列的数量必须等于变量的数量。Params这些项目（其中有2如果你有大量的参数需要改变）包含参数和变量的名字。如果名字是一个变量,那么该变量的初始数据将被调整。如果这是一个参数,然后将调整参数。在初始调用,使用当前的初始数据和

27、参数值。列表的参数和初始数据可以用空格或逗号隔开。Tolerance这只是一个小数,讲述了算法在最小平方误差变化得不够显著。如果要么差异小于“TOL”，要么比率的差异最小平方小于“TOL”计划将成功地停止。我们不应该让这个太小，以致差异是无关紧要的,浪费CPU时间。默认的0.001年似乎工作得很好。Npts这是你想要适合的数据文件中点的数量。Epsilon这是用于数值微分法。1 e-5是一个很好的数值,因为我们真的不需要精确的派生物。Max iter在放弃之前你应该使用的最大迭代数。在返回时,程序将它发现了最好的一组参数。目前非常详细,将很多东西打印到控制台。这主要是信息的当前值和最小二乘法的

28、参数。Stat提出两个选择: Mean/Dev哪一个计算由给定列的数字的平均值和标准偏差,和autoCor在一列数据里计算自相关函数。你应该给一个数量的垃圾箱和最大和最小。这是一个对称函数。Liapunov当前仿真计算的最大李亚普诺夫指数。如果您选择计算了一系列的参数,参数和最大指数都存储在浏览器的前两列。loo（K）up - change tables 这允许您通过在一个不同的文件中阅读然后更改列表函数的定义。因此,如果你有很多实验的数据集,您可以一个个阅读他们把方程积分。提示列表函数的名称。然后你给读取文件名。你将继续被提示,可以输入几回车。如果表定义为一个函数,而不是一个文件,然后会提示您输入点的数量,区间的限制（XloXhi）。最后,功能定义表的公式。注意,它必须是一个t的函数。注意,如果