MEGA软件地使用文档格式.docx

1、单击“Open Data选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences核苷酸序列、Protein Sequences蛋白质序列、Pairwise Distance遗传距离矩阵。根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK即可。如果选择“Pairwise Distance，如此操作界面有所不同；如如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix即可。点击“OK按钮，即

2、可导入数据。如果是核苷酸数据，如此读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，如此选择“Yes按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，如此点击“No按钮。之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer，在其最上方是工具栏“Data、“Display、“Highlight等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。显示序列占了操作界面的绝大局部，与第一个序列一样的核苷酸用“.表示，发生变异的序列如此直接显示。2、遗传距离的计算点击Mega操作主界面的“Distances按钮，会弹出一个下拉菜单。从上图易知

3、，此菜单包括如下选项：“Choose Model选择模型，即选择计算遗传距离的模型、“pute Pairwise计算遗传配对差异、“pute Overall Mean计算包括所有样本在内的平均遗传距离、“pute With Group Means计算组内平均遗传距离、“pute Between Groups Means计算组间平均遗传距离、“pute Net Between Groups Means计算组间平均净遗传距离、“pute Sequence Diversity计算序列分歧度。“pute Sequence Diversity选项包括四个子菜单：“Mean Diversity Withi

4、n Subpopulations亚群体内部平均序列多态性、“Mean Diversity for Entire Population整个人群平均序列多态性、“Mean Interpopulaional Diversity群体内部平均序列多态性、“Coefficient of Differentiation遗传变异系数。点击“Choose Model选项，会弹出如下操作界面：从上述操作界面可以看出，通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。“Data Type显示数据的类型：NucleotideCoding编码蛋白质的DNA序列、Nucleotide不编码蛋白质的DNA序列、Amino Acid

5、氨基酸序列。通过“Model选项可以选择，计算遗传距离的距离模型。点击“Model一行末端的按钮会弹出一选择栏。如上图所示，对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型：“Number of Difference核苷酸差异数、“P-distanceP距离模型、“Jukes-CantorJukes和Cantor距离模型、“Kimura 2-ParameterKimura双参数模型、“Tajima-NeiTajima和Nei距离模型、“Tamura 3-parameterTamura 三参数模型、“Tamura-NeiTamura和Nei距离模型、“LogDetTamura kumar对数

6、行列式距离模型。对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如如下图所示：如上图所示，对于编码蛋白质的DNA序列，Mega程序提供了一下几种模型：“Nei-Gojobori Method，“Modified Nei-Gojobori Methoed、“Li-Wu-Luo Method、“Pamilo-Bianchi-Li Method、“Kumar Method。其中Nei-Gojobori方法和修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型：“Number of Differences、“P-distance、“Jukes-Cantor。对于氨基酸序列，Mega所提供的遗传距离模型如如下图所示

7、：如上图所示，对于氨基酸序列，Mega程序提供了一下六种遗传距离模型：“Number of Differences氨基酸差异数、“P-distanceP距离模型、“Poisson Correction泊松校正距离模型、“Equal Input等量输入距离模型、“PAM MatrixDayhoffPAM距离矩阵模型、“JTT MatrixJones-Taylor-ThorntonJTT距离矩阵模型。在“Analysis Preference操作界面中，“Pattern Among Lineages仅提供了一个选项：“SameHomogenous“，也就是说样本之间是有一定同源性的。“Rates

8、among sites提供了两个选项：“Uniform Rates和“DifferentGamma Distributed。“Uniform Rates意味着所有序列的所有位点的进化速率是一样的。选择“DifferentGamma Distributed，意味着序列位点之间的进化速率是不一样的，可以利用Gamma参数来校正，系统提供了四个数值可供选择：2.0、1.0、0.5、0.25；软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。设置完毕后，在此界面中点击“OK按钮，即可返回Mega操作主界面。选择主操作界面“Distance中的“pute Pairwise选项，可以计算样本之间的遗传距离的大

9、小，其操作界面如如下图所示： “Data Type显示数据的类型，图中为“Nucleotide。“Analysis显示计算分分析的类型，图中为“Pairwise Distance Calculation配对差异距离计算。“pute显示所要运行的对象，又两个选项：“Distance only仅计算遗传距离和“Distance&Std.Err计算遗传距离和其标准误。“Include Sites显示利用哪些位点来计算，如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，如此全部参与计算，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，如此可以选择哪些位点如密码子的第2位等来参与运算。“Substitution Model是替代的

10、模型 ，在下边“Model中可以进展选择。“Substitutions to Inclued选择哪些替代类型如如下图所示被用于运算，d选项将转换和颠换全部包括在内，s选项仅包括转换，v选项仅包括颠换，R为转换和颠换的比值，L为所有有效的普通位点的个数。 “Pattern among Lineages和“Rates among sites上文已有介绍，不再详述。点击“pute按钮，即可开始计算。其显示运算结果的界面如如下图所示：上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。在最下端的状态栏，显示的是所利用的遗传距离模型，如图中所示：Nucleotide：Kimura 2-parameter。“Fi

11、le按钮共有四个下拉菜单：“Show Input Data Title显示输入数据的标题、“Show Analysis Description显示分析信息的描述、“Export/Print Distance输出或打印距离矩阵、“Quit viewer退出此操作界面。“Display按钮共有四个下拉菜单：“Show Pair Name显示配对序列的名字、“Sort Sequence用何种方式对序列进展排序、“Show Names显示序列的名字、“Change Font改变字体。“Sort Sequence有两个选项：“Original按原先输入的顺序和“By Name通过序列的名字。点击“Ave

12、rage按钮可以计算平均的遗传距离，此按钮提供了四个下拉菜单：“Overall所有样本之间的平均遗传距离、“Within Groups组内平均遗传距离、“Between Groups组间平均遗传距离、“Net Between Groups组间平均净遗传距离。在上述按钮下方还有六个按钮，如如下图所示。点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示；点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示；选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字，点击第四个按钮，可以减少数据小数点后的位数；点击第五个按钮，可以增加数据小数点后的位数；拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。点击“File下拉菜单中的“

13、Export/Print Distance选项，会弹出如如下图所示的对话框：“Output Format选项可以确定输出数据的格式：“Publication一般格式和“MegaMega格式，把此数据保存可直接由Mega程序打开，进展构建系统发育书等遗传分析。Decimal Places小数位的大小，“Max Entries per line每一行最多能显示的数据的个数。通过“Matrix可以选择输出数据矩阵的方式：“Lower-left下三角矩阵和“Upper-right上三角矩阵。点击“Print/Save Matrix按钮，可以输出数，会弹出如如下图所示的操作界面：在上图中的数据和文字可以

14、直接进展拷贝，粘贴到文本文档或Microsoft Word文档中。在此操作界面中，首先显示数据文件的一些信息，如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等。然后是每个序列的名字，之后是序列之间的距离矩阵。将此距离矩阵保存，可以用Mega或其他系统发育分析软件来做系统树。点击Mega软件操作主界面的“Distances下拉菜单中的“pute Overall Mean选项，可以计算所有序列的所有位点的平均遗传距离，其操作方法和界面同“pute Pairwise相仿。其运算结果如如下图所示：点击Mega软件操作主界面的“Distances下拉菜单中的“pute Within Group Means选项，可