1、 Python OpenGL PNG 然后在源代码目录里面依次运行:2. 如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: Pmw OpenGL driver(我用的是NVdia) libpng Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co pymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH,安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时
2、得到错误信息ImportError: No module named Pmw,那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误 No module named _tkinter# USE=tcl tk emerge python好了,下面我们就可以进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后,你将会看到如下图所示的界面:该界面分为2窗口,上面的外部GUI窗口(External G
3、UI)和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块,左边用来显示结构图像的(Viewer),右边则是一个内部GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方的PyMOL提示符),可以用来输入Pymol命令;在Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意,标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在External GUI中完成,并且必须使用“CtrlC、CtrlX以及CtrlV”来完成,这也是这个所谓的外部GU
4、I的最重要的优点。加载文件,有二种方法:1. 在External GUI中选择File Open 2. 使用命令行:load 例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件(PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI),名字为2vl0.pdb,然后用pymol打开它:load 2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦,如下图:基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿,那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的,而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个
5、小小的Viewer窗口里面的,当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作,来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。先说说鼠标吧。 任意旋转图像: 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。 放大/缩小图像: 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标:向上是缩小,向下则是放大。 移动图像: 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮,然后移动鼠标。 设定图像旋转中心: CtrlShift鼠标中键或滚轮。 移动剪切平面: Shift鼠标右键。鼠标上下移动:调整前剪切平面(离你近的);鼠标左右移动:调整后剪切平面(离你远的)。最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解,需要多试几次。配合下面的示意
6、图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。今天没时间了,明天还要出远门,就学到这里吧,用下面这个图作为结束,其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质,不过还比较难看。By wei luPyMOL用法(教程二)基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样,要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写,所以记住,所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时,你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令,以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一
7、个log文件来达到,该文件的后缀名应为.pml,记住,Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全:Pymol log_open log-file-name.pml如果你想终止记录,只需要键入: log_close好了,现在载入pdb文件(继续前用的pdb文件): load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字(如test): load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。首先: show representation hide representation其中rep
8、resentation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入: hide lines show ribbon我们将得到如下结果:也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子,只是方向不同而已,那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令: label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号,你会发现,第一个分子由“链”AE组成,第二个则由FJ组成。好了,如果我们想把一个蛋白质分子去掉,那么只要把“链”AE或
9、者FJ去掉即可: hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的东东还可以这样完成: select test, chain f+g+h+i+j hide ribbon, test上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ,并命名为test,然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是,一旦你选择并命名了某个目标,你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标,并可以对其进行操作。比如你可以: hide everything, test show cartoon, test这样你会得到:说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东,就是选择并命名目标
10、,它的基本语法就是: select selection-name, selection-expression其中名字可以由字母A/aZ/z,数字09已经下划线_组成,但是要避免使用:! # $ % & * ( ) | ? /如果你要删除你选定的目标或者整个对象,你可以: delete selection-name delete object-name下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings Colors中找到: color color-name color color-name, selection-expression比如我们可以: colo
11、r red, ss h color yellow, ss s color green, ss l+其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Beta sheet,l+代表Loop和所以其他结构。这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Beta sheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部分变成绿色,于是我们得到:Pymol可以同时打开多个pdb文件: load object-name-1.pdb load object-name-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象,可以这样: disable object-name-1 ena
12、ble object-name-1你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点,但是该命令并不会使你选定的目标不可见。 disable selection-name使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法,不过命令如zoom,orient等等有时候使用起来也是很有用的,它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标: zoom selection-name定向选定目标,可以使选定目标最大的尺寸水平显示,次大的尺寸竖直显示: orient selection-name你也可以用view命令保存你目前的视角,注意,该命令只保存视角,并不保存你的对象显示方式: view key, action其中“key”是你随便给当前视角定的名字,“action”可以为:store或者recall。如果不加任何“action”,则默认为recall: view v1, store view v1, recall view v1说了这么多,最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式,下面来分别说说。1. 使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档: log_open script-file-nam
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