1、(2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数 6、一些常用指令VASP赝势库中分为:PP和PAW两种势,PP又分为SP(标准)和USPP(超软)。交换关联函数分为:LDA(局域密度近似)和GGA(广义梯度近似)。GGA又分为PW91和PBE。在VASP中,其中pot ,pot-gga是属于超软势(使用较少)。Paw, paw-pbe ,和paw-gga是属于PAW。采用较多的是PAW-pbe 和PAW-gga。此外vasp 中的赝势分为几种,包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬(harder)赝势(_h)、软(softer)赝势(_s), 所谓的硬(难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较
2、大,假想的势能与实际比较接近,计算得到的结果准确,但比较耗时,难以收敛。软(容易赝化),表示该元素原子的截断动能比较小,赝势模型比较粗糙,但相对简单,可以使计算很快收敛(比如VASP开发的超软赝势)。即硬的赝势精度高,但计算耗时。软的精度低,容易收敛,但节省计算时间。另一种情况:如Gd_3,这是把f电子放入核内处理,对于Gd来说,f电子恰好半满。所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的(类似还有Lu,全满)。(相对其他的4f元素来说,至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。计算结果挺好)常用的做法是:用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。在影响不大的情况下,选用不含4
3、f电子的赝势(即后缀是3),一来减少计算量,二来避免DFT对4f电子的处理。【1.赝势的选择:vasp的赝势文件放在目录 /vasp/potentials 下,可以看到该目录又包含五个子目录 pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ,其中每一个子目录对应一种赝势形式。赝势按产生方法可以分为PP (standard pesudopotential,其中大部分是USPP, ultrasoft pesudopotential) 和 PAW (projector augmented wave method)。按交换关联函数的不同又可以有 LDA (local
4、density approximation) 和 GGA (generalized gradient approximation),其中GGA之下又可以再分为PW91和PBE。 以上各个目录对应起来分别是 pot = PP, LDA ; pot_GGA = PP, GGA ; potpaw = PAW, LDA ; potpaw_GGA = PAW, GGA, PW91 ; potpaw_PBE = PAW , GGA, PBE。选择某个目录进去,我们还会发现对应每种元素往往还会有多种赝势存在。这是因为根据对截断能量的选取不同还可以分为 Ga,Ga_s,Ga_h,或者根据半芯态的不同还可以分为
5、Ga,Ga_sv,Ga_pv的不同。 一般推荐选取PAW_PBE。其中各个元素具体推荐哪种形式的赝势可以参考vasp workshop中有关赝势部分的ppt。当然自己能测试之后在选择是最好不过的了,以后再聊。2.POTCAR的建立:选好哪一种赝势之后,进入对应的目录,你会看到里边有这么几个文件,POTCAR.Z PSCTR.Z V_RHFIN.Z WS_FTP.LOG 。我们需要的是第一个。把它解压,如 zcat POTCAR.Z Ga 。对As元素我们也可以类似得到一个As文件。用 cp 命令或者 mv 命令把这两个文件都移到我们的工作目录里。然后再用 cat 命令把这两个文件合并在一起,如
6、 cat Ga As POTCAR ,这样就得到了我们需要的POTCAR。同理,有多个元素的POTCAR也可以这样产生。这里需要注意的是,记住元素的排列顺序,以后在POSCAR里各个元素的排列就是按着这里来的。1、VASP测试计算的参数,比如k-points或cutoff,肯定是取的越多越准确,但相对的计算量就会增加,为了既保证计算的精确度,又尽可能的减少计算量,所以进行收敛测试,比较不同的参数,所得的两者的差值,差值符合误差的范围,就认为已经收敛。 VASP中收敛测试主要是测试截断能和K点,(注意:按照经验,先优化K点,且根据manu,K8时优先选用偶数。)优化K点时,取ENCUT为POTC
7、AR中的ENMIN就可以了,做完了K点测试之后,再做ENCUT的搜寻比较好。 VASP具有单点能计算的功能。也就是说,对一个给定的固定不变的结构(包括原子、分子、表面或体材料)能够计算其总能,即静态计算功能。计算单点能,一般都能得到结果,是否收敛是比较两个计算结果得到的结论,而能否出计算结果应该是对某个确定的计算而言 本人就是通过计算单点能来测试截断能和K点的,先设置一个K点,然后改变截断能来计算单点能(总能即free energy toten,也可以说是自由能);同样的道理,设置一个截断能然后,改变K(K点网格)点,计算单点能。将不同参数下获得的能量整理出来,画成曲线,当能量趋于平稳,即接近
8、收敛时(最小能),此时的结构达到了稳定状态,也就是处于基态。在能量趋于稳定状态的前提下,来看相邻两个参数对应的能量的差值,当两者之差值在误差允许的范围内(一般差值在0.001eV左右,除非结构比较大),此时对应的参数就是我们所需要的。之所以采用计算单点能来测试,是因为单点能计算速度快,需要的参数最少,最多只要在KPOINTS文件中设置一下合适的K点或者在INCAR文件中给定一个截断能ENCUT就可以了。而且其他参数取默认值就好了。还有一个参数就是电子步的收敛标准的设置EDIFF,默认值为EDIFF=1E-4,一般不需要修改这个值。具体来说要计算单点能,只要在INCAR中设置IBRION=-1(
9、默认)也就是让离子不移动就可以了,单点能一般NSW都是0。(其实就选用默认值就可以) 尤其是对于半导体和绝缘体。除非你的原胞非常大,K点很少,才采用ISMEAR=0,SIGMA=0.05 (1). 我所说的几何优化,具体到castep中为Geometry Optimization,几何优化时,castep通过微调原子坐标使能量最低,当然你可以选择是否优化晶格,但对于计算参数(主要是cut off energy and k-points)的收敛测试,主要是测试计算参数对能量计算的影响,因此不需要优化结构; (2).参数收敛测试的目的是:既能准确的计算能量,又使计算量最低。从这个目的出发,在收敛测
10、试时,根据相关文献,比如测试k-points,先选取一较大的cut-off,然后把k-points依次从低到高,将计算的结果与k-points最高的值进行比较(一般认为k-points等越高,越接近于真实情况,但计算量相对也增加),如果能量收敛了符合收敛标准,那就认为测试完成;结构弛豫的判据一般有两种选择:能量和力。这两者是相关的,理想情况下,能量收敛到基态,力也应该是收敛到平衡态的。但是数值计算过程上的差异导致以二者为判据的收敛速度差异很大,力收敛速度绝大部分情况下都慢于能量收敛速度。这是因为力的计算是在能量的基础上进行的,能量对坐标的一阶导数得到力。计算量的增大和误差的传递导致力收敛慢。【
11、结构优化又叫结构弛豫(structure relax),是指通过对体系的坐标进行调整,使得其能量或内力达到最小的过程,与动力学退火不同,它是一种在下用原子间静力进行优化的方法。可以认为结构优化后的结构是相对稳定的基态结构,能够在实验之中获得的几率要大些(当然这只是理论计算的结果,必须由实验来验证)。一般要做弛豫计算,需要设置弛豫收敛标准,也就是告诉系统收敛达成的判据(convergence break condition),当系统检测到能量变化减小到一个确定值时例如EDIFFG=1E-3时视为收敛中断计算,移动离子位置尝试进行下一步计算。EDIFFG这个值可以为负,例如EDIFFG=-0.02
12、,这时的收敛标准是当系统发现所有离子间作用力都小于给定的数值,如.eV/A时视为收敛而中断。 弛豫计算主要有两种方式:准牛顿方法(quasi-Newton RMM-DIIS)和共轭梯度法(CG)两种。准牛顿方法计算速度较快,适合于初始结构与平衡结构(势能面上全局最小值)比较接近的情况,而CG方法慢一些,找到全局最小的可能性也要大一些。选择方法为IBRION=1时为准牛顿方法而IBRION=2时为CG方法。具体来说要做弛豫计算,设置IBRION=1或者2就可以了,其它参数根据需要来设置。NSW是进行弛豫的最大步数,例如设置NSW=100,当计算在100步之内达到收敛时计算自动中断,而100步内没
13、有达到收敛的话系统将在第100步后强制中止(平常计算步数不会超过100步,超过100步可能是计算的体系出了问题)。参数通常可以从文献中发现,例如收敛标准EDIFFG等。 有的时候我们需要一些带限制条件的弛豫计算,例如冻结部分原子、限制自旋的计算等等。冻结部分原子可以在POSCAR文件中设置selective dynamic来实现。自旋多重度限制可以在INCAR中以NUPDOWN选项来设置。另外ISIF选项可以控制弛豫时的晶胞变化情况,例如晶胞的形状和体积等。1、四个输入文件使用VASP计算,首先要熟悉并设置好四个输入文件:POSCAR、POTCAR 、 KPOINTS 、INCAR。(1)PO
14、SCAR: 要借助MS(material studios)软件,在MS中搭建好结构,选择 Export 保存在一个磁盘下,保存类型选为Crystallographic Information Files,即将结构图保存为.cif格式。(如图所示)先安装一个VESTA软件(windows系统下的就行),打开VESTA 软件,并打开这个图标就是以下左图所示的窗口,然后将上一步保存的.cif格式的模型导入这个窗口,可以直接拖进来(或者通过file open)。便出现右图。在VESTA中点击 选择Export Date 将模型保存到一个文件下,并将保存类型选为如图所示的VASP的格式,坐标就选取分数坐标,点击OK,将文件名改为POSCAR就好了。如下图:打开 点击New Session 输入用户名(如iap08) 点击 OK 输入密码(6个1) 点击OK。如图所示,可以在界面上输入top(查看是否有任务在进行),退出同时按ctrl和C。点击 可以与后台连起来(同win32),在根目录下建立自己计算的文件夹,并将POSCAR拖入文件夹。(2) POTCAR. 先将势库放入Xftp连
copyright@ 2008-2022 冰豆网网站版权所有
经营许可证编号:鄂ICP备2022015515号-1