迪安分子诊断.docx

1、迪安分子诊断“全世界每年死亡的患者中，有1/3是药物不良反应所致。这是由传统的给药方式造成的，医生没有考虑人的个体差异，而是千人一药，千人一量。”中国遗传药理学的开拓者、中国工程院院士 周宏灏大规模人群调查和世界卫生组织调查均发现药物安全性问题是住院病人致死最重要的原因之一，居于全部死亡原因的第五位。最佳用药剂量很大程度上取决于药物相关基因变异，即单核苷酸多态性（SNP）。SNP的复杂性决定了药物反应的多态性，所以个体化用药也意味着理想的治疗需要进行全基因组的药物筛选。目前，个体化治疗已经成为恶性肿瘤、高血压、糖尿病等重大慢性疾病临床治疗的发展方向和最有效的手段。肿瘤个体化用药及有关检测目前常

2、用的抗肿瘤化疗药物对患者治疗的有效性低于70%，约20%-35%的患者接受了不恰当的药物治疗。如果肿瘤治疗能够同病异治、因人而异、实施个体化治疗，将能够大大提高疗效，避免过度治疗和降低患者经济负担，减少医疗资源的浪费。随着药物基因组学以及蛋白质组学、转录组学等高通量分子检测技术的出现，分子靶向技术治疗癌症的个体化治疗手段即从个体基因组中分析和鉴别患者之间存在的疾病相关的个体差异，并利用这些差异来合理的指导临床治疗，已经成为医学界广泛共识。卫生部2010年11月首次发布了结直肠癌诊疗规范，明确规定：确诊为复发或转移性结直肠癌时，应进行相关基因状态检测，制定个体化治疗方案，患者确定为复发或转移性结

3、直肠癌接受爱必妥、帕尼单抗（抗EGFR单抗）时，必须检测肿瘤组织的KRAS基因状态。肿瘤细胞表面存在着接收不同信号的通道。抗EGFR单抗通过阻断EGFR二聚体的形成，抑制其下游的细胞内信号传导，从而抑制肿瘤细胞的存活、增值等。但如果KRAS基因突变可旁路激活细胞内信号传导，从而导致抗EGFR单抗失效。所以，通过检测KRAS基因有否突变，医生就可以有针对性地区别给药。南京军总全军病例中心迪安分子病理诊断中心南京军区南京总医院病理科是国内规模最大、水平最高的病理专业科室之一，同时开展医教研全面工作的病理专业科室，2005年首批成为全军临床病理中心。迪安诊断与南京军总病理中心整合优质技术资源，建立了

4、“南京军总全军病理中心-迪安分子病理诊断中心”，配备了领先的技术平台（包括基因芯片、基因测序、实时荧光PCR、荧光原位杂交技术等），由多位博士、教授、主任医师亲自指导，旨在为华东乃至全国的医疗机构和患者提供高质量的肿瘤分子检测、诊断、咨询及学术推广服务。中心是全国性的、少有的具有医疗资质的专业分子病理诊断平台，是您肿瘤个体化用药相关检测服务的最佳选择。技术平台一：焦磷酸测序平台QIAGEN公司基于Pyrosequencing技术而研究开发的PSQ 96系统是一个理想的遗传分析技术平台，它既可进行DNA序列分析，又可进行基于序列分析的SNP检测及等位基因频率测定,它具有以下优点：1不需要制胶，不

5、需要毛细管，也不需要荧光染料和同位素。210分钟内可分析96个样品的SNP，可满足高通量分析的要求。3每个样品孔都可进行独立的测序或SNP分析，实验设计灵活。4序列分析简单，结果准确可靠。利用该技术平台可开展以下项目：1临床药物基因组学2微生物分型及耐药检测3疾病风险预测4临床遗传学5 DNA甲基化程度定量分析6法医学鉴定焦磷酸测序法应用于肿瘤基因突变及甲基化、个性化用药相关检测相比荧光定量PCR法和Sanger测序法检测，具有更高的灵敏度，准确性和更高的通量，结果直观，判读更加简单、准确、快速，具有明显的优势。二、荧光定量PCR （Roche LlightCyclerTM 480）结合高分辨

6、融解曲线平台高分辨率熔点曲线分析（High Resolution Melting Analysis，HRM），无需序列特异性探针，无需测序，也不受突变碱基位点与类型的局限，应用Roche LlightCyclerTM 480荧光定量PCR仪器分析，即可完成对样品基因型的判断： 操作简便快捷通过实时荧光PCR+HRM技术，90分钟即可获得多达数十个样本的检测结果。 灵敏度高最低检测限为5-10个基因拷贝。 选择性好可在混有野生型基因组DNA情况下，检测出0.1-0.01的突变基因，是测序方法的25倍-250倍。 可检测血清、血浆、尿沉渣等样本的微量突变或异常甲基化基因，可动态监测肿瘤靶向药物治疗

7、后的突变情况。三、荧光原位杂交（FISH）平台FISH(fluorescence in situ hybridization)技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。它的基本原理是:如果被检测的染色体或DNA纤维切片上的靶DNA与所用的核酸探针是同源互补的，二者经变性-退火-复性，即可形成靶DNA与核酸探针的杂交体。将核酸探针的某一种核苷酸标记上报告分子如生物素、地高辛，可利用该报告分子与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应，经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析。FISH技术作为非放射性检测体系，具有以下优点:1、荧光试剂和探针经济、安全；2、探针稳定，一次标记后可在

8、两年内使用；3、实验周期短、能迅速得到结果、特异性好、定位准确；4、FISH可定位长度在1kb的DNA序列，其灵敏度与放射性探针相当；5、多色FISH通过在同一个核中显示不同的颜色可同时检测多种序列；6、既可以在玻片上显示中期染色体数量或结构的变化，也可以在悬液中显示间期染色体DNA的结构。该技术不但可用于已知基因或序列的染色体定位，而且也可用于未克隆基因或遗传标记及染色体畸变的研究。在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。 不同的血液肿瘤往往有其特异的染色体异常（异位、错配等），利用FISH技术检测血液肿瘤的细胞遗传学改变，为血液肿瘤的诊断，预后评估，治疗监测等提供了重要依据。

9、肿瘤个性化用药方面，运用FISH技术检测肿瘤基因基因拷贝数检测，相比免疫组化和定量PCR更加准确、灵敏、客观，可指导临床肿瘤靶向药物的治疗。基因单项解释EGFR基因外显子18,19,21,20/T790M突变检测以表皮生长因子受体（EGFR）作为靶点的靶向药物是靶向治疗中的重要一部分。目前FDA已经批准的作用于EGFR的靶向药物包括EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI），包括吉非替尼（易瑞沙，阿斯利康制造）和厄洛替尼（特罗凯，罗氏制造）。临床应用表明，EGFR-TKI仅对部分病人有效，进一步研究发现，EGFR基因外显子18,19,21突变是EGFR-TKI靶向药物起作用的前提条件；而外显

10、子20/T790M突变是造成继发耐药的主要原因。因此，专家推荐在使用EGFR-TKI靶向药物之前进行EGFR基因外显子18，19，21，20/T790M突变检测有助于提高用药的针对性，避免不必要的损失。EGFR靶向药物疗效EGFR基因外显子18，19,21，20/T790M突变EGFR-TKI可专一性的抑制EGFR而减缓肿瘤细胞的生长，但不会降低用药者血液中的白血球、血小板，也不会导致患者出现呕吐、掉发等常见于化疗中的副作用。研究表明，肺癌组织中EGFR酪氨酸激酶基因编码区外显子18,19或21突变的患者，使用EGFR-TKI治疗的有效率可达80%以上；外显子20/T790M突变率在肺癌病人中

11、占50%。临床实践表明，EGFR-TKI仅对10-30%的非小细胞肺癌（NSCLC）患者有显著疗效。进一步的研究发现,EGFR基因酪氨酸激酶区突变是EGFR-TKI起作用的必要前提条件；而有部分病人在使用靶向药物治疗一段时间后会出现继发耐药。临床实践表明，EGFR外显子18,19,21突变的分布与EGFR-TKI治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的优势人群相一致，主要见于女性、非吸烟者、肺腺癌及亚裔患者；外显子20/T790M突变不仅对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药，而且T790M突变还导致肿瘤细胞生长加速。ERCC1基因表达检测在化疗药物中，顺铂（CDDP）、卡铂（CBP）和奥沙利铂（L-OH

12、P、草酸铂、乐沙定）等铂类药物是目前临床上最常用的肿瘤化疗物之一。这类药物的耐药有多个因素参与，其中DNA修复（特别是核苷酸切除修复， NER）能力加强，是铂类化疗耐药性产生的主要机制之一。铂类化疗药物ERCC1基因表达铂类药物的药理作用主要是引起靶细胞DNA链内和链间的交联，阻碍DNA合成与复制，从而抑制肿瘤细胞的生长。ERCC1（excision repair cross complement group1）是核酸外切修复家族中重要成员，为NER系统关键成员，参与DNA链的切割和损伤识别。ERCC1的表达直接影响DNA的修复过程。铂类药物广泛用于各种肿瘤的临床治疗，包括非小细胞肺癌、小细胞

13、肺癌、宫颈癌、卵巢癌、膀胱癌、头颈部癌等。所有肿瘤细胞均有ERCC1基因的表达，但表达差异很大。临床研究表明，ERCC1表达水平低的患者对铂类药物敏感，反之耐药。铂类药物虽是化疗的经典药物，但许多患者采用铂类药物治疗后疗效差异很大且出现不同程度的毒副作用。采用个体化检测对患者“分门别类”的治疗有助于提高用药的准确性和针对性。用药相关检测项目表结直肠癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物西妥昔单抗（爱必妥）、帕尼单抗（维克替比）（血）K-ras突变、（血）B-raf突变、EGFR拷贝数、PIK3CA突变、PTEN mRNA、VEGFR2 mRNA化疗药物5-FU、卡培他滨MTHFR S

14、NP-C677T、DPD SNP-IVS14+1GA、TS mRNA卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP-I105V伊立替康UGT1A1 SNP胃癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物曲妥珠单抗（赫赛汀）HER2拷贝数、PIK3CA突变厄洛替尼（特罗凯）、吉非替尼（易瑞沙）（血）EGFR突变、（血）K-ras突变、EGFR拷贝数拉帕替尼（泰克泊）、索拉菲尼（多吉美）PDGFR mRNA、VEGFR2 mRNA、 VEGF mRNA化疗药物5-FU、卡培他滨MTHFR SNP、DP

15、D SNP、TS mRNA表阿霉素、阿霉素GSTP1 SNP、MDR1 SNP卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP伊立替康UGT1A1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA紫杉醇、多西紫杉醇TUBB3 mRNA、STMN1 mRNA、GSTP1 SNP培美曲塞TS mRNA、TYMS SNP依托泊苷UGT1A1 SNP、MGMT甲基化胃肠道间质瘤药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物伊马替尼（格列卫）、舒尼替尼（索坦）C-Kit突变、PDGFR突变肝癌药物检测基因（具体检测项目

16、见后面目录）靶向药物索拉菲尼（多吉美）、舒尼替尼 （索坦）PDGFR mRNA、VEGFR mRNA、VEGF mRNA贝伐单抗（安维汀）VEGFR mRNA、VEGF mRNA化疗药物卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 SNP、ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、XRCC1 SNP、GSTP1 SNP、 GSTM1 SNP5-FU、卡培他滨MTHFR SNP、 DPD SNP、 TS mRNA阿霉素GSTP1 SNP、MDR1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA丝裂霉素NQO1 SNP依托泊苷、伊立替康UGT1A1 SNP、MGMT甲基化乳腺癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）

17、靶向药物曲妥珠单抗、拉帕替尼HER2拷贝数、PIK3CA突变激素类药物来曲唑（芙瑞）、阿那曲唑（艾达）CYP19A1 SNP、CYP19A1 SNP、HER-2 mRNA他莫昔芬CYP2D6 SNP化疗药物阿霉素GSTP1 SNP、MDR1 SNP卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP紫杉醇、多西紫杉醇TUBB3 mRNA、STMN1 mRNA、GSTP1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA5-FU、卡培他滨MTHFR SNP、DPD SNP、TS mRNA环磷酰胺CYP2C9 SNP

18、甲氨蝶呤MTHFR检测套餐乳腺癌21基因+复发风险评估卵巢癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物贝伐单抗（安维汀）VEGFR2 mRNA、VEGF mRNA激素类药物来曲唑（芙瑞）、阿那曲唑（艾达）CYP19A1 SNP、CYP19A1 SNP、HER-2 mRNA他莫昔芬CYP2D6 SNP化疗药物卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP紫杉醇、多西紫杉醇TUBB3 mRNA、STMN1 mRNA、GSTP1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA5-FU、卡培他滨MTHFR S

19、NP、DPD SNP、TS mRNA培美曲塞TS mRNA、TYMS SNP依托泊苷UGT1A1 SNP、MGMT甲基化伊立替康UGT1A1 SNP胰腺癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物厄洛替尼（特罗凯）、吉非替尼（易瑞沙）（血）EGFR突变、（血）K-ras突变、EGFR拷贝数化疗药物5-FU、卡培他滨MTHFR SNP、DPD SNP、TS mRNA卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA肾透明细胞癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物索拉

20、菲尼（多吉美）、舒尼替尼（索坦）、贝伐单抗（安维汀）VEGFR2 mRNA、 PDGFR mRNA化疗药物吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA5-FU、卡培他滨MTHFR SNP、DPD SNP、TS mRNA 脑胶质瘤药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物厄洛替尼（特罗凯）、吉非替尼（易瑞沙）（血）EGFR突变、（血）K-ras突变、EGFR拷贝数拉帕替尼PIK3CA突变化疗药物替莫唑胺MDR1 SNP卡莫司汀、司莫司汀ERCC1 mRNA、ERCC2 mRNA甲氨蝶呤MTHFR SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA依托泊苷UGT1A1 SNP、MGMT甲基化5-FU、卡培他滨MT

21、HFR SNP、DPD SNP、TS mRNA环磷酰胺CYP2C9 SNP分子靶向药物个体化用药检测目录靶向药物项目名称方法适用样本注解特罗凯-厄洛替尼易瑞沙-吉非替尼EGFR突变多态性5项测序组织、胸腹水、全血等In1(CA)n重复16-疗效Ex18、19、21突变-疗效Ex20/T790M突变-耐药EGFR突变-36个位点qPCR-ARMS组织、胸腹水血EGFR突变-36个位点HRM/测序全血、胸腹水等血EGFR突变-20/T790MHRM全血、胸腹水等EGFR拷贝数FISH白片、组织扩增-疗效克卓替尼EML4-ALK融合基因PCR石蜡组织阳性-疗效爱必妥、特罗凯、易瑞沙等K-ras突变-

22、12、13测序组织突变-疗效、预后血K-ras突变-12、13HRM全血、胸腹水等EML4-ALK融合基因爱必妥-西妥昔单抗维克替比-帕尼单抗B-raf突变-V600E测序组织突变-疗效血B-raf突变HRM全血、胸腹水等PIK3CA突变-9、20测序/qPCR组织、胸腹水、全血等突变-疗效PTEN mRNAqPCR组织*预约表达高-疗效安维汀-贝伐珠单抗、阿瓦斯汀VEGF mRNAqPCR组织*预约表达高-疗效VEGFR2 mRNAqPCR组织*预约表达高-疗效多吉美-索拉非尼、索坦-舒尼替尼VEGFR2 mRNAqPCR组织*预约表达高-疗效PDGFR mRNAqPCR组织*预约表达高-疗

23、效格列卫-伊马替尼C-Kit-9、11、13、17测序组织突变-疗效PDGFR突变-12、18测序组织突变-疗效格列卫、达沙替尼、尼罗替尼ABL突变-T315IHRM全血、骨髓血慢粒：突变-疗效赫赛汀-曲妥珠单抗、拉帕替尼HER2拷贝数FISH白片、组织扩增-疗效PIK3CA突变-9、20测序/qPCR组织、胸腹水、全血等突变-疗效检测套餐项目名称方法适用样本注解肺癌套餐-组织（特罗凯、爱必妥等）EGFR突变5项、K-ras、B-raf突变测序组织In1(CA)n重复16-疗效Ex18、19、21突变-疗效Ex20/T790M突变-耐药K-ras、B-raf突变-疗效肺癌套餐-血（特罗凯、爱必

24、妥等）血EGFR-36个位点、K-ras、B-raf突变HRM/Cold-PCR全血、穿刺组织、胸腹水等肺癌动态-血（继发耐药）血EGFR20/T790K-ras、B-raf突变HRM/Cold-PCR全血、胸腹水等EGFR-20/T790M突变-耐药K-ras、B-raf突变-疗效乳腺癌21基因+复发风险评估21基因表达量qPCR组织*预约低风险 中风险 高风险：RS18 18rsC/T、T/TXRCC1 SNP-R399QG/GG/A、A/AGSTM1 SNP缺失-/-+/+GSTP1 SNP-I105VG/G、G/AA/AMTHFR SNP-C677TT/TC/CDPD SNP-IVS1

25、4+1GA毒性A/AA/GG/GUGT1A1 SNP-28TA6/7TA、7/7TA6/6TA化疗药物项目名称方法适用样本评价注解铂类-卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNAqPCR组织疗效表达低表达高BRCA1 mRNAqPCR组织疗效表达低表达高ERCC1 SNP-C118T测序全血疗效C/CC/T、T/TXRCC1 SNP-R399Q测序全血疗效G/GG/A、A/AGSTM1 SNP测序/qPCR全血疗效缺失-/-+/+GSTP1 SNP-I105V测序/qPCR全血疗效G/G、G/AA/A氟类-5-FU、卡培他滨MTHFR SNP-C677T测序全血疗效T/TC/CDPD SNP-I

26、VS14+1GA测序全血毒性A/AA/GG/G5-FUHPLC全血*预约浓度药物血浓度监测TYMS（TS）mRNAqPCR组织疗效表达低表达高培美曲赛-力比泰TYMS（TS）mRNAqPCR组织疗效表达低表达高TYMS SNP-2R/3RqPCR组织疗效3R/3R2R/2R、2R/3R蒽环类-（表）阿霉素、表柔比星、多柔比星GSTP1 SNP-I105V测序/qPCR全血疗效G/G、G/AA/AMDR1 SNP-C3435TqPCR全血*预约疗效T/TC/C、C/T抗微管类-紫杉醇、长春碱TUBB3 mRNAqPCR组织疗效表达低表达高STMN1 mRNAqPCR组织*预约疗效表达低表达高GS

27、TP1 SNP-I105V测序/qPCR全血疗效G/G、G/AA/A泽菲-吉西他滨RRM1 mRNAqPCR组织疗效表达低表达高喜树碱类-艾力、伊力替康UGT1A1 SNP-28TA测序全血毒性6/7TA、7/7TA6/6TA阿那曲唑-艾达来曲唑-芙瑞CYP19A1 SNP-rs4646qPCR全血疗效G/T、T/TG/GCYP19A1 SNP-rs10046G/GG/A、A/A环磷酰胺CYP2C9 SNP-C430TqPCR全血疗效C/C、C/TT/TCYP2C9 SNP-A1075CA/A、A/CC/C、甲氨蝶呤MTHFR C677T测序全血毒性T/TC/C依托泊苷、拓扑替康UGT1A1 SNP-28TAqPCR全血毒性6/7TA、7/7TA6/6TAMGMT甲基化qPCR组织*预约疗效