R软件作图命令汇总.docx

1、R软件作图命令汇总setwd( )：设定R软件当前工作目录。getwd( )：查看R软件当前工作目录。list.files( ): 查看当前目录下文件。file.show( ): 显示文件。file.access( ): 查看文件是否可读可写。file.create( ): 创建一个文件。例如：file.create(“D:/lesong.xls”).dir.create( ): 创建一个目录。例如：dir.create(D:/lesong).file.remove( ):删除一个文件。File.choose( ):选择一个文件。读数据函数read.table( ) 主要参数解释：read.t

2、able(file, header = FALSE, sep = , quote = , dec = ., row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = NA, colClasses = NA, nrows = -1, skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip, strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, comment.char = #, allowEscapes = FALSE, flush = F

3、ALSE, stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(), fileEncoding = , encoding = unknown)header:逻辑参数。指定是否文件第一行为变量名。na.strings:指定缺失文字。skip:指定读数据跳过的行数。nrows:指定数据读入最大的行数。dec：指定小数点记号。sep：指定数据分割字符。row.names与col.names:赋予数据行名和列名。读入数据其他相关函数：readLines():按行读入数据文件。类似perl读数据方式。scan( ):将数据读作一行向量形式。read.delim(edu

4、c_scores.txt):读入文本文件(制表符分隔)。read.csv(educ_scores1.csv)：读入CSV(逗号分割)。readBin( ):读入二进制数据。readChar( ):读入字符型数据。attach( ): 把数据框的变量链接到内存中.一般作图函数plot（）主要参数解释：plot(x, y = NULL, type = p, xlim = NULL, ylim = NULL, log = , main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par(ann), axes = TRUE, frame.pl

5、ot = axes, panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, .)type:设置图形类型。具体为：type=“p“ 点图type=“l“ 线图type=“b“ 点和线type=“c“ 去掉点只有线段type=“o“ 线穿过点type=“h“ 从各点到x轴的垂线段type=“s“ 基于左侧值的阶段图type=“S“ 基于右侧值的阶段图type=“n“ 只有轴，没有具体图形xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。比如xlim(0,30).log：数据取对数。main:设置图形的上标题。比如说：main=”Genomics analys

6、is”sub: 设置图形的小标题。比如说：sub=”another title”.ann: 逻辑参数。设置是否将系统默认的图形标签显示出来。比如：ann=F.lty: 设置线的类型。比如：lty=4.xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。比如xlab=”sample one”.frame.plot:逻辑参数。设置图形是否输出外框。比如：frame.plot=F.axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴和y轴。比如：axes=F.asp:设置图形屏幕高宽比（y/x）.lwd:设置线条的粗细。比如：lwd=4.bg:设置数据点的填充颜色。比如：bg=”pink”.col:设置数据点的外圈

7、颜色。比如：col=”blue”.cex:设置数据点的大小。比如：cex=2.7。pch:设置数据点的形状。具体为： pch=19: solid circle, pch=20: bullet (smaller solid circle, 2/3 the size of 19), pch=21: filled circle, pch=22: filled square, pch=23: filled diamond, pch=24: filled triangle point-up, pch=25: filled triangle point down. add：逻辑参数。设置图形是否重合。fo

8、nt.main与font.sub：设置上标题和小标题的字体格式。col.main与col.sub :设置上标题和小标题的字体颜色。实例演习：使用给定数据（testfile.txt）用R软件作出以下图形并保存为PDF格式和jpg格式。参考程序：setwd(E:/)file=read.table(testfile.txt)attach(file)jpeg(file=plot one.jpg)plot(V1,V2,type=l,xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2, xlab=横坐标 ,ylab=纵坐标 ,main=PLOT ONE,sub=2010/3/12, col=

9、pink,font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub=red)dev.off()pdf(file=plot one.pdf)plot(V1,V2,type=l,xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2, xlab=横坐标 ,ylab=纵坐标 ,main=PLOT ONE,sub=2010/3/12, col=pink,font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub=red)dev.off()饼图函数pie( )主要参数解释：pie(x, labels = names(x), edges = 20

10、0, radius = 0.8, clockwise = FALSE, init.angle = if(clockwise) 90 else 0, density = NULL, angle = 45, col = NULL, border = NULL,lty = NULL, main = NULL, .)x: 指定作饼图的数据。labels:设置各个分割区的标签。edges:设置多边形的边数（圆的轮廓是具有很多边的多边形近似）。radius:设置饼图的半径。特别是在字符标签过长的情况。clockwise:逻辑参数。设置饼图是否顺时针作出分割区。init.angle:设置开始画分割区的角度。

11、即对饼图进行旋转。density:底纹的密度。默认值为NULL。angle：设置底纹的斜率。col:设置各个分割区的填充颜色。main：设置饼图的总标题。实例演习：本年度某商品在中国的销售额占其总销售额的12%，在美国为30%，在日本为16%，在欧洲为26%，在台湾为4%，在其他地区为16%。用饼图描述以上数据，作出以下饼图：参考程序：pie.sales - c(0.12, 0.3, 0.26, 0.16, 0.04, 0.12)names(pie.sales) - c(China, USA, Japanese, Europe, Taiwan, Others)pdf(file=plot two

12、.pdf)pie(pie.sales, col = c(purple, violetred1, green3, cornsilk, cyan, white), main=PLot Two, sub=2010/3/12,col.main=4,col.sub=red)dev.off()直方图函数hist()主要参数解释：hist(x, breaks = Sturges, freq = NULL, probability = !freq, include.lowest = TRUE, right = TRUE, density = NULL, angle = 45, col = NULL, bord

13、er = NULL, main = paste(Histogram of , xname), xlim = range(breaks), ylim = NULL, xlab = xname, ylab, axes = TRUE, plot = TRUE, labels = FALSE, nclass = NULL, .)x：作直方图所需的数据。breaks:用一个向量指定各个单元格的断点；用单个值指定单元格个数；用字符串命名的算法来计算单元格的数量；用函数计算单元格的数量。density:底纹的密度。默认值为NULL。angle：设置底纹的斜率。col:设置各个条形的填充颜色。border：设

14、置条形的轮廓颜色。axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴与y轴。比如：axes=Fmain：设置直方图的主标题。xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。labels:在各个条形上面添加标签。plot:逻辑参数。设置是否画出直方图或者只输出各项作图参数。xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。实例演习：使用R软件自带数据文件islands，作出以下直方图：参考程序：hist(sqrt(islands), breaks = 12, col=lightblue, border=pink)条图函数barplot()主要参数解释：barplot(height, width = 1, sp

15、ace = NULL, names.arg = NULL, legend.text = NULL, beside = FALSE, horiz = FALSE, density = NULL, angle = 45, col = NULL, border = par(fg), main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, xlim = NULL, ylim = NULL, xpd = TRUE, log = , axes = TRUE, axisnames = TRUE, cex.axis = par(cex.axis), cex.nam

16、es = par(cex.axis), inside = TRUE, plot = TRUE, axis.lty = 0, offset = 0, add = FALSE, args.legend = NULL, .)density:底纹的密度。默认值为NULL。angle：设置底纹的斜率。xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴或y轴。plot:逻辑参数。设置是否显示条形图。beside:逻辑参数。如果FALSE，那么将绘画堆叠式的条形；如果是TRUE，将绘画并列式条形。cex.axis:设置坐标轴

17、数值的膨胀率。比如cex.axis=1.5。cex.names:设置条形标签（bar labels）的膨胀率。比如cex.axis=1.5.col:设置条形底纹或者填充颜色。border：设置条形边缘颜色。如果设置为NA，则消除了边缘。width：设置条形的宽度。axis.lty:设置x轴的类型（类似lty）。默认axis.lty=0.names.arg:设置条形标签（bar labels）。horiz：逻辑参数。设置图形是水平或是垂直。space：设置各个条形间的宽度。相当于各个条形宽度的一部分。axisnames：逻辑参数。设置是否显示条形标签。实例演习：使用R软件自带数据VADeaths

18、，作出以下图形：参考程序：barplot(VADeaths, beside = TRUE, col = c(lightblue, mistyrose, lightcyan, lavender, cornsilk), legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100)title(main = Death Rates in Virginia, font.main = 4)图例函数legend()主要参数解释：legend(x, y = NULL, legend, fill = NULL, col = par(col), border=black, lty,

19、lwd, pch, angle = 45, density = NULL, bty = o, bg = par(bg), box.lwd = par(lwd), box.lty = par(lty), box.col = par(fg), pt.bg = NA, cex = 1, pt.cex = cex, pt.lwd = lwd, xjust = 0, yjust = 1, x.intersp = 1, y.intersp = 1, adj = c(0, 0.5), text.width = NULL, text.col = par(col), merge = do.lines & has

20、.pch, trace = FALSE, plot = TRUE, ncol = 1, horiz = FALSE, title = NULL, inset = 0, xpd, title.col = text.col)x和y:设置图例在图片上的位置。title：设置图例标题。（在图例盒子里）。title.col：设置图例标题的颜色。text.col: 设置图例中文本文字的颜色。比如说：text.col=red。text.width: 设置图例文本文字的宽度。宽度比例与x轴相关。trace：逻辑参数。如果设置为TRUE，那么显示出函数计算过程。fill: 设置一个填充了指定颜色的盒子放在文本旁

21、边。border：指定该盒子的边缘颜色。lty与lwd：设置图例中线条的类型以及粗细。density与angle:设置图例中小盒子的底纹密度和角度。bty:设置图例盒子的类型。只能选择o或者n。bg：设置图例盒子的背景颜色。box.lty/box.lwd/box.col：设置图例盒子边缘线类型，粗细，颜色。pt.bg：设置图例中点的背景颜色。pt.cex：设置点的膨胀率。pt.lwd：设置点的边缘线的粗细。xjust与yjust:上下调整图例的位置。x.intersp与y.intersp：设置图例盒子空间大小。ncol:设置图例显示的列数。horiz:设置水平方式显示图例。默认为垂直方式显示。

22、实例演习：使用R程序可以作出以下图形（自己尝试调整参数改变图形）：参考程序：x - 0:64/64y - sin(3*pi*x)plot(x, y, type=l, col=blue, main = points with bg & legend(*, pt.bg)points(x, y, pch=21, bg=pink)legend(.4,1, c(sin(c x),cos(c,x),tan(c,x), pch=21, pt.bg=green, lty=1, col = blue, text.col=red,text.width=0.3,title=Legend, bty=o, x.inte

23、rsp=0.2,merge=T)作图其他相关函数（具体参数使用查看帮助文档）：abline( ):在原有的图上加直线。points( ):在原有的图上加点。lines():在原有的图上加线。arrows():在原有的图上加带箭头的线。text():在原来的图上某坐标位置上加文本标签。title():给原有的图形添加标题。legend():在原有的图形上加图例。frame()与plot.new():建立新的图形窗口。heat.colors( )/ rainbow( )/ gray.colors( ):作图颜色函数。在同一张图片上作多个图可以用：op=par(mfrow=c(2,2) par(op)保存图形可以使用savePlot()/png()/jpeg()/bmp()/tiff()等函数。比如：jpeg(file=lesong.jpg) plot() dev.off( )op=par(bg=pink) ; par(op) :设置图片参数。