lncRNA研究策略与技术.docx

lncRNA研究策略与技术.docx

《lncRNA研究策略与技术.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《lncRNA研究策略与技术.docx（7页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

lncRNA研究策略与技术

lncRNA研究策略与技术

LT

图2.A.利用RNA-seq预测lincRNA的流程图B.多个参考数据库找到的lincRNA的数量及交集及用软件组装的结果

2.lincRNA的表达具有组织特异性

图3.lincRNA和mRNA在不同组织当中的表达情况

案例

（二）lncRNA可以成为各种肿瘤的生物标志物

2012斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。

对64个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。

图4.肿瘤和对照样品lncRNA表达谱分析

案例（三）lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA

第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除（PH）小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。

通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA（lncRNA-LALR1），并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1通过激活Wnt/β-Catenin信号加速细胞周期进程，促进了肝细胞增殖。

因此采用药物干预靶向lncRNA-LALR1诱导肝脏再生，有可能有益于肝衰竭和肝移植治疗。

1.表达谱芯片检测肝脏生长相关的lncRNA

图5.表达谱芯片聚类分析小鼠肝脏2/3切除后0，1.5，12和24小时1231个lncRNA和3141个mRNA表达谱

2.KEGGpathway分析与肝脏生长相关的信号通路

图6.Pathway分析展示最相关的信号通路

3.共表达网络分析找到关键的lncRNA-LALR1

图7.部分共表达网络分析，包含22个基因，18个lncRNA（k-core=12）,4个mRNA（k-core=11anddegrees≥28），位于中心位置的是lncRNA-LALR1

案例（四）lncRNA功能研究

研究者对位于HOXA基因簇的5‘端启动子区域的非编码RNAHOTTIP进行了功能研究，研究证明HOTTIP可以增强HOXA的转录；对HOTTIP体内外的干扰研究发现HOTTIP在发育过程中起到重要作用，例如影响鸡远端骨的形成。

1.RT-PCR和FISH结果验证lncRNAHOTTIP的表达具有组织中特异性

图8.A.HOTTIP在人不同组织器官中的表达情况B.E13.5小鼠胚胎上HOTTIP的原位杂交

2.通过RNAi技术可以下调lncRNAHOTTIP的表达量

图9.A.针对HOTTIP设计的siRNA可以下调HOTTIP基因及距离40kb左右的编码基因HOXA13、HOXA11、HOXA10、HOXA9和HOXA7的表达量。

B.对HOTTIP基因的干扰不影响HOXD基因和BID基因的表达

3.动物实验验证HOTTIP干扰载体的表达可以影响HoxA基因的表达及骨质的形成。

图10.A.FISH结果显示HOTTIP干扰载体在鸡胚胎中的过表达影响HoxA基因的表达。

B.HOTTIP基因表达量的下降导致远端骨头变短。

参考文献

1.WangKC,YangYW,LiuB,etal.AlongnoncodingRNAmaintainsactivechromatintocoordinatehomeoticgeneexpression.Nature.2011;472（7341）:

120–4.

2.CabiliMN,TrapnellC,GoffL,etal.IntegrativeannotationofhumanlargeintergenicnoncodingRNAsrevealsglobalpropertiesandspecificsubclasses.GenesDev.2011;25（18）:

1915–27.

3.CheethamSW,GruhlF,MattickJS,etal.LongnoncodingRNAsandthegeneticsofcancer.BrJCancer.2013;108（12）:

2419-25.

4.BrunnerAL,BeckAH,EdrisB,etal.Transcriptionalprofilingoflongnon–codingRNAsandnoveltranscribedregionsacrossadiversepanelofarchivedhumancancers.GenomeBiol.2012;13（8）:

R75.

5.XuD,YangF,YuanJH，etal.LongnoncodingRNAsassociatedwithliverregeneration1accelerateshepatocyteproliferationduringliverregenerationbyactivatingWnt/β-Cateninsignaling.Hepatology.2013;58

（2）:

739–51.