lncRNA研究策略与技术.docx
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lncRNA研究策略与技术
lncRNA研究策略与技术
LT
图2.A.利用RNA-seq预测lincRNA的流程图B.多个参考数据库找到的lincRNA的数量及交集及用软件组装的结果
2.lincRNA的表达具有组织特异性
图3.lincRNA和mRNA在不同组织当中的表达情况
案例
(二)lncRNA可以成为各种肿瘤的生物标志物
2012斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。
对64个肿瘤样品高通量测序,在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。
图4.肿瘤和对照样品lncRNA表达谱分析
案例(三)lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA
第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点,针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。
通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1),并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1通过激活Wnt/β-Catenin信号加速细胞周期进程,促进了肝细胞增殖。
因此采用药物干预靶向lncRNA-LALR1诱导肝脏再生,有可能有益于肝衰竭和肝移植治疗。
1.表达谱芯片检测肝脏生长相关的lncRNA
图5.表达谱芯片聚类分析小鼠肝脏2/3切除后0,1.5,12和24小时1231个lncRNA和3141个mRNA表达谱
2.KEGGpathway分析与肝脏生长相关的信号通路
图6.Pathway分析展示最相关的信号通路
3.共表达网络分析找到关键的lncRNA-LALR1
图7.部分共表达网络分析,包含22个基因,18个lncRNA(k-core=12),4个mRNA(k-core=11anddegrees≥28),位于中心位置的是lncRNA-LALR1
案例(四)lncRNA功能研究
研究者对位于HOXA基因簇的5‘端启动子区域的非编码RNAHOTTIP进行了功能研究,研究证明HOTTIP可以增强HOXA的转录;对HOTTIP体内外的干扰研究发现HOTTIP在发育过程中起到重要作用,例如影响鸡远端骨的形成。
1.RT-PCR和FISH结果验证lncRNAHOTTIP的表达具有组织中特异性
图8.A.HOTTIP在人不同组织器官中的表达情况B.E13.5小鼠胚胎上HOTTIP的原位杂交
2.通过RNAi技术可以下调lncRNAHOTTIP的表达量
图9.A.针对HOTTIP设计的siRNA可以下调HOTTIP基因及距离40kb左右的编码基因HOXA13、HOXA11、HOXA10、HOXA9和HOXA7的表达量。
B.对HOTTIP基因的干扰不影响HOXD基因和BID基因的表达
3.动物实验验证HOTTIP干扰载体的表达可以影响HoxA基因的表达及骨质的形成。
图10.A.FISH结果显示HOTTIP干扰载体在鸡胚胎中的过表达影响HoxA基因的表达。
B.HOTTIP基因表达量的下降导致远端骨头变短。
参考文献
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