关于PUBMED检索.docx
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关于PUBMED检索
关于PUBMED检索
一、PUBMED数据库的进入（参考教材225页）
1、http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
或者使用快捷方式:
2、
3、www.pubmed.gov
二、其简介
PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：
DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
PUBMED的检索系统覆盖全世界70多个国家的4300多种主要的生物医学期刊的摘要及部分全文。
其覆盖的时间回溯至20世纪60年代，而最新文献则是每天都时行更新，因此，使用PUBMED查以相阅到最新文献信息。
三、其页面
四、其基本的检索方法
1、直接在检索框中进行的最简单的检索
2、限定检索
3、MESH检索
4、高级检索
五、各种检索方式的说明
1、直接在检索框中进行最简单的检索
检索任务：
查询与食品中的维它命C有关的文献
检索词：
food,vitaminC
第一步：
在检索框中直接输入：
foodvitaminC
第二步：
关于返回条目的分析
1）
2）
3）
（1）History按钮
点击该按钮将显示你在PUBMED数据库的访问记录（进行了几次什么样的检索），比如现在按这个按钮，将显示如下结果：
左键点击#1会弹出一个功能框：
比如我们点击Details，会得到如下的页面
为什么说这是重要内容呢，因为在检索报告里，教师要求大家提供检索任务、检索的数据库、检索方法，而这个Details里边的检索式实质上就是该检索的方法。
我们在使用数据库进行检索时，每一次的检索都被叫做一次提问（query），每一次提问数据库都会返回一系列的合乎提问条件的文献，我们把它们叫做返回条目（returneditems）。
（2）details按钮
点击它会出现刚刚进行的提问的详细情况，因为我们仅仅只进行了一次检索，所以返回的是与上边相同的内容；但是，如果已经进行了多次的检索，想要看到以往的检索提问的具体信息，就得先点History，然后鼠标左键点击想要观看详细情况的那次检索，在弹出的功能框里点击Details才可以。
（3）
如何保存感兴趣的返回条目的信息？
第一步：
勾选感兴趣的条目
第二步：
使用sendto功能把它们发送到文件中或是其它地方
文本如下：
1:
ZanollaAF,OlintoMT,HennRL,WahrlichV,AnjosLA.[Assessmentof
reproducibilityandvalidityofafoodfrequencyquestionnaireinasampleof
adultslivinginPortoAlegre,RioGrandedoSulState,Brazil].CadSaude
Publica.2009Apr;25（4）:
840-8.Portuguese.PubMedPMID:
19347210.
2:
RosaPS,PinkeCA,PedriniSC,SilvaEA.Theeffectofironsupplementationin
thedietofDasypusnovemcinctus（Linnaeus,1758）armadillosincaptivity.BrazJ
Biol.2009Feb;69
（1）:
117-22.PubMedPMID:
19347153.
（4）形成一份检索报告，虽然只进行了一次不甚成功的检索（因为返回条目过多，难以筛选），但我们先来看一看教师要求大家形成的检索报告的格式。
附件1：
本课程作业（检索报告）的标准格式
姓名：
李明学号：
200708XXXXX专业：
2007级专业班级：
一、检索任务
与食品中的维它命C相前的文献
二、检索数据库
PUBMED
三、检索方法
（"food"[MeSHTerms]OR"food"[AllFields]）AND（"ascorbicacid"[MeSHTerms]OR（"ascorbic"[AllFields]AND"acid"[AllFields]）OR"ascorbicacid"[AllFields]OR"vitaminc"[AllFields]）
四、返回条目8469条，选中2条，如下：
1:
ZanollaAF,OlintoMT,HennRL,WahrlichV,AnjosLA.[Assessmentof
reproducibilityandvalidityofafoodfrequencyquestionnaireinasampleof
adultslivinginPortoAlegre,RioGrandedoSulState,Brazil].CadSaude
Publica.2009Apr;25（4）:
840-8.Portuguese.PubMedPMID:
19347210.
2:
RosaPS,PinkeCA,PedriniSC,SilvaEA.Theeffectofironsupplementationin
thedietofDasypusnovemcinctus（Linnaeus,1758）armadillosincaptivity.BrazJ
Biol.2009Feb;69
（1）:
117-22.PubMedPMID:
19347153.
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2、限定检索
第一次的检索返回条目过多，为此，可以进行条件限制来收缩返回条目的数目。
比如同样的任务，加上限定条件：
有免费全文链结的中文文章
第一步：
在检索框中输入foodvitaminC
第二步：
点击：
Limits按钮
第三步：
勾选freefulllinks以及language里边的Chinese
而后到鼠标滚动到页末点击GO
这一次发现，只能返回三个条目了。
重要注解：
页末有一个tagterms,defaulttag是AllFields，它指的是检索框里的检索词（foodvitaminC）在什么字段展开搜索。
默认是在文章的全文中进行，事实上如果我们打开下拉框，选取title（在题目中）字段的话，返回条目为0。
提示，进行完这么几次的检索后，请再按一下details以及history按钮，看看打开的页面有什么变化，加深对这两个按钮的功能理解。
3、关于MESH检索
相信大家学过的检索课程已经知道了关键词检索与主题词检索的区别，主题词是数据库编写者为了对抗文章作者自已选取的关键词不规范从而可能造成的漏检情况而根据文章内容从新整理出来的关键词，使用主题词检索可以涵盖同义词、同分异构体等。
比如我们的检索词vitaminC就不是一个规范的词汇，ascorbicacid才是规范的检索词。
第一步：
调出MESH（MESH实际上是PUBMED的一个主题词表）
第二步：
把自己选取的关键词转化为MESH认可的主题词
输入vitaminC，而后点击GO，即可见到如下页面：
发现还有一些勾选框，比如我们勾选adverseeffects
第三步：
把勾选好的ascorbicacid,adverseeffects发送到检索框，方法仍是使用sendto（发送），这一次要发送到searchbox。
第四步：
提示：
可以再一次在MESH中搜索其它关键词然后sendtowithand到检索框中，来形成更复杂的检索式，然后再进行检索。
4、高级检索
高级检索是本年度新推出的功能。
重新在浏览器的URL栏里输入：
检索任务：
搜索在文章题目中出现food以及ascorbicacid的文章
第一步：
观察高级检索的页面，发现它很像限定检索的页面。
第二步：
为了避免原来检索词的干扰，首先把检索框中的检索词全清空。
第三步：
滚动鼠标，勾选相应的条件（我们的检索任务不须要做这些）
第四步：
鼠标滚动到最下端，找到输入关键词的文本框：
第五步：
重复第四步，把ascorbicacid通过addtosearchboxwithand发送到检索框，与第四步放进去的food形成and运算。
第六步：
点击search即可。
返回条目47条，观察发现每一条题目中全都有food,ascorbicacid。
关于PUBCHEM（参见教材228页）
一、调出该库的方法与调出MESH表是一样的。
（使用PUBCHEMCOMPOUND）
二、功能：
1、查询某药物的分子式
2、查询某药物的药理作用
三、查询药物的分子结构式
任务：
查找维它命C的分子式
四、
五、
作业：
1、在PUBCHEM中查询氟西汀的分子结构式和药理作用
2、在PUBMED中查询与氟西汀合成相关的文章
要注意作业的格式，一定不要忘记写上姓名、学号
首先要找到氟西汀和合成的英文
本课程邮箱：
wxjslysy@密码wxjslysy请不要改动
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