'left-truncatelineatfirst*+'
CleatFormat
SetFofmatI
第三章基本操作
1.序列名称
当一个方案包含几千个序列时，本软件可以使用户功能展示序列中展示序列文本标题的一个选
择的行（行1—5是指定的引导部分）。
使用View选项获得菜单结构，显示如下。
（1）序列名批编辑
C00022-F.40SRIBOSOMALPROTEINS3>gi1120390-
MddescriptionlistforseciuenceCOiS^layer-likeprotein[Thermusaquat:
GLUCOSE-REPRESSIBLEGENEPROTEIN>g:
ENOLASE（2-PHOSPHOGLYCERATEDEHYDRAFENOLASE（2-PH05PH0GLYCEPATEDEHYDFA'h&at;shockptrot&in70[TrichophytonrithDNAhelicasi
ChangeFileNames
FileNameChars.（—
|WF—P0S'==>
Pos.<==I
No.Chars.:
2
Replace®
Insertafter0
FileExtensionChars,（—
Pos.―>|
Pos.<==I
No.Chars.:
ReplaceCInsertafter0Increment厂
OriginalnamesNewnames
pLCOOODS-f'匕|1~CWWF08-RSEQ
Renamingiscomplete.Click'Apply'toimplementthenewnames.
Close|
Clear|
Reset|
Apply
RenameI
专.—』・•!
・■Wi.―丄■二
（2）序列名批创建
ConstructRenamingTemplate
Countercontrols
I7l[7[7|7
clw000l8T-F^BsFeq
Charactersfornametemplate
Newnames
1.CW0008-F.SEQ
Originalnames
（1.C00008-R[5
Renamingcomplete.
Close|
Clear
Reset
Apply
?
Renamel|
%■
（3）单个文件名的手动编辑
DirectorvToo|$
File
File/Foldername
D04A01.abd
DOUOl.deta
D04A01.Fasta
D04A01.gep_qscore.fdsto
D04A01.qscore.fasta
D04A02.abd
D04A02fa^ta
D04A02qscore,fasta
D04A03.abd
DOIADldata
D04A03.fasta
D04A03.gap_q$core.fasta
D04A03.qscore.fasla
D04A04.abd
D04A04.Fasta
D04A04gap_qs
Manualeditfilename:
File/Folderextension
ModifySTART
nDfrectronofMod
ModifyEND
D0^AC2.g^p_qscore.f叙』
AocepHl
Delete
BatchMode
Characterstoadd/remove:
Progress;
Right-clicktextbowboacceptchangesortocancel.
eadOdu
Exit
Remove
Add
2.打开序列方案
_基于离趙嶽测序的基因序列分析软怦£iis
NewPoteet
EcftProteinSearchAnal^siisHeaderProjectPreference?
LaunchUtilities且创p
OpenPiOfecl.
ConvertProjectType
Newfnstarrce...
CrealeEmptyFileAddFiesTcProject,,
Okl+E
匚lx®CurertFile
Chi*Q
DeleltCultentFile
CttltD
Save...
DiJ+S
PrirteiSetup...
Print-,
饲+P
MailCunerrtSequines,.,
ExpalFoi（Mt$
ATGTG
ACC7\A
CAAAT
GAAGGGGATT
AATTT
e:
\!
fungtE\ies...edfr\c0032G-me:
\H1ngus\e5...edfr\c0031S-mprlfr^rnn^A^-m
DNASequence!
Ctrl+N
ProteinSequonces...
SequenceDesign
PrimerD&sign
TCATGTATCA
GTTTGCTMT
AC7VAGATCTT
AGTCTGCAATAAAAGGGCGA
GCGAAAACM
GAAATCATCCCTTCGATGTTACTAGTTTCC
GTATTGAGGG
CGATCCCTTT
GTTCT7UVACAACCAGGCCTTATTTTCGGGAAA
TAGTCATGCC
AACTTCTAGG
.AATTGG7VAGC
ATA7UYATCTAGATTCTTCAAATTTTTGAAT
CAGGCCTGGT
ATTAAAGTTA
2||?
|LocdBla$tN
1Fomat
:
File1oH
N
|t0029^M.
lihAii>
00.J2
Backup：
ilerval=10DNAT'3:
format
3.密码子使用表
F表包含三个域，显示当前序列的密码子使用、主要密码子表和当前序列的序列数据。
華于•高通肚测序的基丙序列分析软件
-inn
Fil&CurrentMainBuildInkPreference®Help
Codon倨自孚』currentMaincodontableSequencedata
The口匸oteinsequencelacksastartcodanandmay匸epresenttheC-terainaiof&protein*
Proteinsequence:
1FLAIVKFDIFYHKVTPEDVGLSIGRYPKSPPRKFVLKLADPRYIKQLNEF
51NPST*
DNAsequence:
Name:
C00008-f**
Length:
165basepairs
Basecomposition:
Number
Percent
A:
58
35,2%
C；
33
20*0%
1UA**
CodonfrequencyincodonusagetableAna$pcut
使用主要的密码子使用表来逆向翻译蛋白质序列，以设计
PCR引物。
I基于AiSA测*
宇的基IS序列分析软件1
FilsCurrent
Main
BuildInfoP（TerencesHeip
Frequency,AmtncAcid$F2
°%”Percentage,AminoAcidsF3
Ala:
Fiequency”PtoteinPercentage,Protein
F4
F5
Asn:
ART
Asp:
GAT
Cys:
TotalNumberOfCodonsFG
Glu：
GAA
Gly:
GGT
7PreferredCodons
F7
His:
AvoidedCodonsF8
Leu:
TTA
Lys:
AAA
Met:
ATGPhe:
ITT
Pro:
CCT
Ser：
TCT
Thr:
ACATrp:
TGG
Tyr:
TAG
Vai:
GTT
End:
TAA
Thirdpos:
G=13.
6焉C=24.3%A=33.0%
T=29.l^s
codontable
*
Sequencedata
Ana$pcut
Totalcodorrs:
33,894
中。
在用户可以减少
允许用户为当前蛋白质序列增加或减少密码子使用数据到主密码子使用表密码子使用数据之前务必显示和翻译想要移除的序列。
Codonfrequency（ortranslatedfegionofsequenceC00008-F.Frame2
4.逆向翻译氨基酸序列
1x1
在回复翻译一个蛋白质序列之前，必须从文件菜单中选择密码子格式来装载密码子使用表。
基于鬲轴址测序的基因序列分析软件
FileCurrentMainBuildInfoPrefersnc：
虫
Theproteinsequence丄aclcsastartcodonandmayrepresenttheC-terimina丄ofaprotein・
Proteinsequence:
1FLAIVKFDIFYHKVTPEDVGLSIGRYPKSPPRKFVLKLADPRYIKQLNEF
51NPST*
DNAsequence:
Maine:
C00008-F*
Length;1€5basepairs
Basecomposition:
CodorifrequericyhcodonusagetableAna$p.cut
回复翻译的退化程度可以通过选择退化水平1-6进行控制，1暗示只有首选的密码子才可以
使用于回复翻译（结果的链是没有退化位点的）。
Back-TranslationOptions
CodonFile:
ACCCUT
Degenerationlevel
Preferredcodonsonly*level1O
Degenerationlevel2C
Degene旭tionlevel3CfDegenefatipnlevel4J®
Degenerationlevel5CAllcodons,level6O
Strand
TranslatetoWatsonstrand（■TranslatetoCrickstrandC
Cancel|Tianwlal~|
第四章序列比对
1.手动搜索
点击“手动”命令按钮以隐藏方案选项，并且展示一个文本域以用于手动进入或经过一个寻求行。
一个DNA行必须至少是8个碱基，而蛋白质行则至少是4个氨基酸残基。
2.自动搜索
点击“方案”命令按钮隐藏手动选项，同时允许用户选择包含于当前方案中的序列。
3.比对两个序列相同的区域
Search/CompareTwoSequences”命令的比较是在选自于文件列表中的两个序列中进行的。
另外，两个序列被展示在图谱中，并显示出相同的部分。
4.比对两个序列点阵
在比较序列之前，当用户点击“文件/选择序列”时，这些序列必须从展示的文件列表中选择。
在选择一个或两个序列之后，点击“建造”以生成完整的点阵。
对于长序列，可能需要一些时间。
当矩阵完成时，点击“过滤”以清晰的展示矩阵。
表大小可变，但是没有被刷新的话自己是不会重画的。
Finidied.
Cutoff|p2
DotMatrixPlot
Filter
Refresh
Ckise
（1）过滤矩阵
用最小值4进行过滤：
DotMatrixPlot
File
Coordinates：
307•716
Cutoff|4
Buid
Filter
Refresh
Ckise
用最小值5进行过滤:
DotMalrtKPlot
Cutoff
5
Buid
f“““ntef"l|Refresh
Clo^B
用最小值9进行过滤:
DotMatrixPlot
Finished.
Cutoff
Refresh
Build
（2）寻找和观察一个匹配
当用指示器搜索点阵时点下左鼠标键，展示在两个序列中的匹配的部分。
释放左键并突然靠近最近的对角线（如果用户靠得足够近的话）以显示匹配的属性（对角线）。
□Tx]
LDotMatrixMatch
Propattiesofmatch:
*I
Seq1:
C00003-F.Len:
1049Match:
1-1049
Seq2:
C00008-F.Len:
1049Match：
丄-1049
Lengtho£match=1045—
1Tl'ri'l'l'GGCAATAGTTAAGTTCGATATTTTCTATCATAAAGTGACGCCTG
51AAGATGTA&GCCTCAGCATAGGCAGATACCCAAAAAGCCCCCCCAUAAAG
1.01TITGTGCTTAAATTGGCTATAGASACAACGGGATTTCTCGAAGGCTC&AA
151GTGAAAGATAACAAGAT
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