现代分子生物学总结朱玉贤最新版讲解.docx
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现代分子生物学总结朱玉贤最新版讲解
一、绪论
两个经典实验
1、肺炎球菌在老鼠体内的毒性实验:
先将光滑型致病菌(S型)烧煮杀活性以后、以及活的粗糙型细菌(R型)分别侵染小鼠发现这些细菌自然丧失了治病能力;当他们将经烧煮杀死的S型细菌和活的R型细菌混合再感染小鼠时,实验小鼠每次都死亡。
解剖死鼠,发现有大量活的S型细菌。
实验表明,死细菌DNA进行了可遗传的转化,从而导致小鼠死亡。
2、T2噬菌体感染大肠杆菌:
当细菌培养基中分别带有35S或32P标记的氨基酸或核苷酸,子代噬菌体就相应含有35S标记的蛋白质或32P标记的核酸。
分别用这些噬菌体感染没有放射性标记的细菌,经过1~2个噬菌体DNA复制周期后进行检测,子代噬菌体中几乎不含带35S标记的蛋白质,但含30%以上的32P标记。
说明在噬菌体传代过程中发挥作用的可能是DNA而不是蛋白质。
基因的概念:
基因是产生一条多肽链或功能RNA分子所必需的全部核苷酸序列。
二、染色体与DNA
嘌呤嘧啶
腺嘌呤鸟嘌呤胞嘧啶尿嘧啶胸腺嘧啶
染色体
性质:
1、分子结构相对稳定;2、能够自我复制,使亲、子代之间保持连续性;3、能指导蛋白质的合成,从而控制生命过程;4、能产生可遗传的变异。
组蛋白一般特性:
1、进化上极端保守,特别是H3、H4;2、无组织特异性;3、肽链上氨基酸分布的不对称性;4、存在较普遍的修饰作用;5、富含赖氨酸的组蛋白H5
非组蛋白:
HMG蛋白;DNA结合蛋白;A24非组蛋白
真核生物基因组DNA
真核细胞基因组最大特点是它含有大量的重复序列,而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能蛋白质所隔开。
人们把一种生物单倍体基因组DNA的总量称为C值,在真核生物中C值一般是随着生物进化而增加的,高等生物的C值一般大于低等动物,但某些两栖类的C值甚至比哺乳动物还大,这就是著名的C值反常现象。
真核细胞DNA序列可被分为3类:
不重复序列、中度重复序列、高度重复序列。
真核生物基因组的特点:
1、真核生物基因组庞大,一般都远大于原核生物的基因组;2、真核基因组存在大量的的重复序列;3、真核基因组的大部分为非编码序列,占整个基因组序列的90%以上,这是真核生物与细菌和病毒之间的最主要的区别;4、真核基因组的转录产物为单顺反之;5、真核基因组是断裂基因,有内含子结构;6、真核基因组存在大量的顺式元件,包括启动子、增强子、沉默子等;7、真核基因组中存在大量的DNA多态性;8、真核基因组具有端粒结构。
原核生物基因组的特点:
1、结构简练,绝大部分用来编码蛋白质,只有很少一部分控制基因表达的序列不转录;2、存在转录单元,原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因,往往丛集在基因组的一个或者几个特定部位,形成功能单位或转录单元,可以被一起转录为含多个mRNA的分子;3、有重叠基因,所谓重叠基因就是同一段DNA携带两种或以上不同的蛋白质的编码信息。
DNA的结构
DNA又称脱氧核糖核酸,是deoxyribonucleicacid的简称。
L=T+W,L指环形DNA分子两条链间交叉的次数,只要不发生断裂,L是一个常量。
T为双螺旋的盘绕数,W为超螺旋数。
双螺旋DNA的松开导致负超螺旋,而拧紧则导致正超螺旋。
双螺旋
碱基间距(nm)
螺旋直径(nm)
每轮碱基数
螺旋方向
A-DNA
0.26
2.6
11
右
B-DNA
0.34
2.0
10
右
Z-DNA
0.37
1.8
12
左
DNA的复制
半保留复制:
Semi-conservativereplication;半不连续复制:
Semi-discontinuousreplication
把生物体的复制单位称为复制子,一个复制子只含一个复制起始点。
归纳起来,无论是原核生物还是真核生物,复制起点是固定的,表现为固定的序列,并识别参与复制起始的特殊蛋白质。
复制叉移动的方向和速度虽是多种多样的,但以双向等速方式为主。
复制的几种主要方式
双链DNA的复制大都以半包六复制方式进行的,通过“眼”型、θ型、滚环型或D-环型等以复制叉的形式进行。
1、线性DNA双链进行双向复制时,由于已知的DNA聚合酶和RNA聚合酶都只能从5’到3’移动,所以,复制叉呈眼型;
2、环状双链DNA复制可分为θ型、滚环型和D-环形几种类型
Ⅰ、θ型,大肠杆菌染色体DNA是环状双链DNA,它的复制是典型的θ型复制,从一个起点开始,同时向两个方向进行复制,当两个复制叉相遇时,复制就停止
Ⅱ、滚环型,是单向复制的一种特殊方式,在噬菌体中很常见。
DNA的合成由对正链原点的专一切割开始,所形成的自由5’端被从双链环中置换出来并为单链DNA结合蛋白所覆盖,使其3’-OH端在DNA聚合酶的作用下不断延伸
Ⅲ、D-环形,也是单向复制的一种特殊方式,双链环在固定点解开进行复制,但两条链的合成是高度不对称的,最初仅以一条母链作为新链合成的模板,迅速合成出互补链,另一条链则称为游离的单链环。
原核生物和真核生物DNA复制的特点
原核生物DNA复制特点
DNA双螺旋的解旋
拓扑异构酶(DNAtopoisomerase):
消除解链造成的正超螺旋的堆积,消除阻碍解链继续进行的这种压力,使复制得以延伸。
拓扑异构酶Ⅰ,催化DNA链的断裂和重新连接,每次只作用于一条链,不需要辅助因子如ATP等;拓扑异构酶Ⅱ能同时断裂和连接两条DNA链,通常需要辅助因子。
DNA解链酶(DNAhelicase):
解开双链DNA(DnaB蛋白:
解螺旋酶;DnaA蛋白:
辨认复制起始点;DnaC蛋白:
辅助DnaB在起始点上结合并打开双链)
单链结合蛋白(SSB):
保证被解链酶解开的单链在复制完成前能保持单链结构
DNA复制的引发
所有的DNA复制都是从一个固定起点开始的,而且目前所知的DNA聚合酶都只能延长DNA链而不能从头合成DNA链。
DNA复制时,往往先由RNA聚合酶在DNA模板上合成一段RNA引物,再由DNA聚合酶从RNA引物3’末端开始合成新的DNA链。
DNA聚合酶
功能
DNA聚合酶Ⅰ
DNA聚合酶Ⅱ(修复)
DNA聚合酶Ⅲ
聚合作用5’→3’
有
有
有
外切酶活性5’→3’
有
无
无
外切酶活性3’→5’
有
有
有
生物学活性
1
0.05
15
聚合酶Ⅲ部分亚基的功能
亚基
α
ε
θ
β
功能
聚合活性
3’→5’核酸外切酶活性
组建核心酶
两个β亚基形成滑动夹子,提高酶的持续合成能力
真核生物DNA复制的特点
真核生物DNA复制与原核生物DNA复制有很多不同,例如,真核生物每条染色体上可以有多个复制起点,而原核生物只有一个复制起点;真核生物DNA的复制只能在分裂期进行,原核细胞在整个细胞周期都能进行;真核生物的染色体在全部完成复制前,各个起点上DNA不能再开始,而在快速生长的原核生物中,复制起点可以连续开始新的DNA复制,表现虽然只有一个复制单元,但却可有多个复制叉。
真核生物DNA复制叉的移动速度不到大肠杆菌的1/20,因此,人类DNA中每隔30000~300000个碱基就有一个复制起始点;真核生物DNA聚合酶有15种以上,大肠杆菌中存在的聚合酶有5种
DNA复制的调控
真核细胞中DNA复制有3个水平的调控:
1、细胞生活水平调控,也称限制点调控,决定细胞停留在G1期还是进入S期;2、染色体水平调控;3、复制子水平调控,决定复制的起始与否。
DNA的修复
错配修复
一旦复制通过复制起点,母链就会在开始DNA合成前的几秒至几分钟内被甲基化,此后只要两条DNA链上碱基配对出现错误,错配系统就会根据“保存母链,修正子链”的原则,找出错误碱基所在的DNA链,并在对应于母链甲基化腺苷酸上游鸟苷酸的5’位置切开子链,合成新的子链片段。
切除修复
切除修复是DNA损伤最为普遍的方式,主要分为碱基切除修复和核苷酸切除修复
重组修复(复制后修复)
先从同源DNA母链上将相应核苷酸序列片段移至子链缺口,然后再用新合成的序列补上母链空缺,主要作用是重新启动停滞的复制叉。
DNA直接修复
DNA直接修复不需要切除碱基或核苷酸,最常见的例子是DNA光解酶把在光下或经外线光照射形成的环丁烷胸腺嘧啶二体及6-4光化物还原成单体的过程。
SOS反应
细胞DNA受到损伤或复制系统受到抑制的紧急情况下,细胞为求生存而产生的一种应急措施,当DNA两条链的损伤邻近时,损伤不能被切除修复或重组修复,这时损伤处的DNA出现空缺,再随机加上核苷酸,容易造成突变。
DNA的转座
DNA的转座或称移位,是由可移位因子介导的遗传物质重排的现象,频率很低。
转座子(Tn)是存在于染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位,原核生物的转座子包含4类:
1、插入序列(IS);2、类转座子因子;3、复合转座子,两端由IS或类IS构成,带有某些抗药性基因或其他宿主基因,一旦形成复合式转座子,IS序列就不能再单独移动;4、TnA转座子家族,两端为IR,可编码转座酶,解离酶和抗性物质。
真核生物中的转座子主要包括转座子和反转座子。
玉米细胞内存在自主型和非自主型两类转座子,非自主型转座子单独存在时是稳定的,不能转座,当基因组同时含有属于同一家族的自主型转座子时,它才具备转座功能。
转座子可分为复制型和非复制型,转座酶和解离酶分别作用于原始转座子和复制转座子。
转座作用的遗传学效应
1、引起插入突变;2、产生新的基因;3、产生染色体畸变(DNA重复、缺失或倒位);4、引起生物进化
组蛋白的种类、修饰类型及其生物学意义
根据电泳性质可以把组蛋白分为H1、H2A、H2B、H3、H4,这些组蛋白都含有大量赖氨酸和精氨酸。
组蛋白的修饰作用包括甲基化,乙酰化,磷酸化以及ADP核糖基化等。
一般来说,组蛋白乙酰化能选择地使某些染色质区域的结构从紧密变的松弛,开放某些基因的转录,增强其表达水平;而组蛋白甲基化即可抑制也可增强基因表达,乙酰化修饰和甲基化修饰往往是相互排斥的。
简述DNA聚合酶Ⅰ和Klenow的结构和功能
占DNA聚合酶Ⅰ蛋白2/3的C端区域,相对分子质量68000,具有DNA聚合酶活性和3’→5’核酸外切酶活性,即可合成也可降解DNA,保证DNA复制的准确性;占DNA聚合酶Ⅰ蛋白1/3的N端区域,相对分子质量35000,具有5’→3’核酸外切酶活性,可做用于双链DNA,又可水解5’端或距5’端几个核苷酸处的磷酸二酯键。
DNA聚合酶Ⅰ在DNA直接修复、除去冈崎片段5’端RNA引物方面具有重要作用。
Klenow大片段是用蛋白酶水解DNA聚合酶Ⅰ所得的大片段区域,具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’核酸外切酶活性,在基因工程中有广泛应用,主要有:
修复反应、制备平末端;标记DNA3’突出末端;双脱氧末端终止法进行DNA序列分析等。
三、生物信息的传递(上)
RNA转录的基本过程
模板识别
真核细胞中的模板识别与原核细胞不同,真核生物RNA聚合酶不能直接识别基因的启动子区,需要转录因子的辅助蛋白质按特定的顺序结合于启动子上,RNA聚合酶才能与之相合并形成复杂的前起始复合物(PIC),以保证有效的起始转录。
转录起始
转录起始就是RNA链上第一个核苷酸键的产生,该过程不需要引物,RNA聚合酶通过启动子的时间代表一个启动子的强弱,时间越短,该基因的转录起始频率越高。
转录延伸
RNA聚合酶释放σ因子离开启动子后,核心酶沿模板DNA链移动并使新生的RNA链不断延长的过程。
一旦聚合酶启动了基因转录,它就会一直移动合成RNA,直到遇到终止信号时才释放新生的RNA链。
转录终止
RNA聚合酶不再形成新的磷酸二酯键,RNA-DNA杂合体分开,转录泡瓦解。
转录机器的主要成分
RNA聚合酶
RNA聚合酶以DNA双链为模板(若以单链为模板,活性大大降