生物力学网e3biomecha点com中文讲义mimics simon.docx
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生物力学网e3biomecha点com中文讲义mimicssimon
下颌骨及假牙的分离与重建
一 打开simon.mcs:
file/openproject/Simon.mcs/open
二设置windowing：
将下图右上角的圆环向左拖
1.gif（2.26KB）
2008-11-1219:
52
修改后为下图，使3个视图更清晰
2.gif（2.36KB）
2008-11-1219:
52
三设置thresholding
1。
调整轴状图右边的滑块，使左下角的数据为-39.50，右下角的数据为10
3.gif（5.47KB）
2008-11-1219:
52
2。
依次单击tools/profileline，在上图中画一条线，结果如下图
4.gif（19.72KB）
2008-11-1219:
52
3。
在segementation中单击thresholding得下图
5.gif（25.12KB）
2008-11-1219:
52
将上图左上角的226改为530，点击endthresholding,关闭profilelines窗口。
得到绿色的MASK，如下图
四 编辑thresholding
1.分离上颌骨和下颌骨
在上贴的操作中使绿色的MASK处于激活状态，依次单击calculate3dfrommask/calculate/yes得3D图形：
1.gif（3.62KB）
2008-11-1301:
07
发现上颌骨和下颌骨连在一起，下面的任务是将上下颌骨分开。
2。
移动轴状图右边的滚动条，使此视图左下角和右下角的数值分别为-4.50，45，如下图所示：
2.gif（5.53KB）
2008-11-1301:
07
同时失状图如下：
3.gif（5.17KB）
2008-11-1301:
07
下面的思路是沿上图中红色的的横线将对象大致分为上颌骨和下颌骨两部分，但不能完全分开，因为有小部分下颌骨的象素在上颌骨中，也有小部分上颌骨的象素在下颌骨中。
3。
激活editmasks,type选择square,宽度和高度都设为500，点选erase,回车，如下图
4.gif（7.58KB）
2008-11-1301:
07
4。
将光标移动到轴壮图上，变为白色方框，如下图
5.gif（4KB）
2008-11-1301:
07
单击左键，擦除绿色MASK中此层的象素，结果如下图
6.gif（3.67KB）
2008-11-1301:
07
关闭edit masks窗口
5.拖动轴状图右边的滚动条，使左下角和右下角的数值分别为：
-39.50，10。
如下图：
7.gif（3.63KB）
2008-11-1301:
07
6.激活局部增长工具，将变成十字形的光标在上图中绿色区域单击，如下图
8.gif（14.91KB）
2008-11-1301:
07
结果得到一个黄色的新MASK，如下图
9.jpg（14.32KB）
2008-11-1301:
07
关闭局部增长工具。
7.使黄色的MASK处于激活状态，以此MASK计算3D，得到一个黄色的3D，通过调节眼镜使黄色3D可见，绿色不可见，如下图
10.gif（9.32KB）
2008-11-1301:
07
通过调节3D视图右边的旋转按钮，就会发现左边的牙齿少一块，右边的多一块，且有放射状伪影，如下图
五. 以下的操作是补全左边的牙齿的缺失，消除右边放射状伪影。
1.移动轴状图右边的滚动条，仔细观察4个视图的变化，就会发现轴状图中有四个图层包含下颌骨左边牙齿的象素被分离，这四个图层左右下脚的代码分别为：
（-4.50 45）、（-3.50 46）、（-2.50 47）、（-1.50 48）。
2.下面以（-4.50 46）这个图层为例进行编辑.
单击editmasks,将类型选择圆，宽和高均为60，点选threshold,将变成圆形的光标圈住左边缺失牙齿的象素，如下图
1.gif（16.06KB）
2008-11-1322:
59
单击左键使白色的牙齿变为黄色即完成此图层的编辑，结果如下图
2.gif（17.03KB）
2008-11-1322:
59
3.在另外三个图层中做同样的操作，即完成左边牙齿的修复，关闭editmasks,再以yellowmask计算3D得3Dyellow3，在3Dobjects中使3Dyellow3可见，其他3D不可见，如下图
3.gif（6.89KB）
2008-11-1322:
59
从上图中可见左边缺失的牙齿补全。
5.下面的思路是消除右边的放射状伪影。
移动轴状图右边的滚动条，仔细观察4个视图的变化，可发现伪影的范围包含右边后面的3个牙齿，7个图层：
（-11.50 38）、（-10.50 39）、（-9.50 40）、（-8.50 41）、（-7.50 42）、（-6.50 43）、（-5.50 44）。
6.下面以图层（-10.50 39）为例进行编辑。
打开editmasks,点选threshold，将threshold1设为3000，回车，使设置的密度值全部高出伪影的值，如下图
4.gif（7.22KB）
2008-11-1322:
59
7.按住鼠标左键，使变成圆形的鼠标在伪影及伪影所包含的牙齿处拖动，如下图
5.gif（3.9KB）
2008-11-1322:
59
最后要完全盖住伪影及伪影所包围的牙齿，如下图
6.gif（3.95KB）
2008-11-1322:
59
将其余6个图层进行同样的操作后，关闭editmasks,再以yellowmask计算3D得3Dyellow4,使3Dyellow4可见,其他3D不可见,如下图
7.gif（10.94KB）
2008-11-1322:
59
上图中可见放射状伪影被除掉,但还不够完美,可测量密度后重新设置界值.
8.移动轴状图右边的滚动条,移到图层（-10.50 39）,此层伪影最明显,点击tool/measuredensityinellipse,如下图
8.gif（3.98KB）
2008-11-1322:
59
9. 点击zooltofullscreen,将轴状图最大化,调整圆形光标的大小及位置,使其完全处于绿色的伪影范围内,测得伪影密度值为:
均值1460.64,标准差544.37（由于大小和位置可能有差别,此数据可能略有不同,但不影响最后结果）,如下图
9.gif（12.55KB）
2008-11-1322:
59
用同样的方法测得伪影中牙齿的密度为:
均值3069.04,标准差9.56,如下图
六.
1.移动轴状图右边的滚动条，移动到图层（-10.50 39）,打开editmasks,点选threshold，将threshold1设为2000，回车，使密度范围为[2000,3071],牙齿的密度在此范围内,而伪影的密度在此范围外,重复上贴中5,6,7三步,关闭editmasks,以yellowmask计算3D得3Dyellow5，在3Dobjects中使3Dyellow5可见，其他3D不可见，如下图
1.gif（10.96KB）
2008-11-1323:
28
发现右边还飘着一小片.
2.使yellowmask处于激活状态,移动轴状图右边的滚动条,移到图层（-39.50 10）,再进行局部增长得cyanmask,以cyanmask计算3D得3Dcyan6,在3Dobjects中使3Dcyan6可见，其他3D不可见，如下图
2.gif（12.19KB）
2008-11-1323:
28
上图中飘着的小片被消掉,至此,下颌骨+假牙已完成.
七.分离假牙
1.复制cyanmask，将得到的新mask命名为“复制mask"。
使cyanmask处于激活状态，下面圈内为假牙，如图
1.gif（4.02KB）
2008-11-1400:
59
2.移动轴状图右边的滚动条，仔细观察4个视图的变化，就会发现轴状图中右下角标记为28-----48的图层为假牙所在的图层，在这些图层中运用editmasks中的擦除工具，将假牙与真牙分离开。
3.下面以右下角标记为36为例，激活editmasks,点选erase,进行擦除，擦除后如下图
2.gif（4.93KB）
2008-11-1400:
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其他的图层也需同样的处理。
4.其他图层处理完后，关闭editmasks,返回上述图层，用局部增长工具电选右边的一颗假牙和左边的三颗假牙，可得到两个新的masks,分别命名为假牙1mask和假牙3mask，以次masks可建立假牙的3D模型。
八.boolean运算
1.点击booleanoperations,
maskA:
复制mask
operation:
minus
maskB:
假牙1mask
点击apply得新mask,命名为"中间mask"
2.再次运行booleanoperations
maskA:
中间mask
operatioin:
minus
maskB:
假牙3mask
点击aplly得新mask，命名为“下颌骨mask”。
3.以次计算3D得
9.jpg（20.18KB）
2008-11-1401:
39
上图中依次为：
上颌骨加假牙
上颌骨
左边的3颗假牙
右边的1颗假牙
至此，本讲义已结束。
最后总结：
难点：
1.分清楚是上颌骨的象诉错放在下颌骨中还是下颌骨的象素错放在上颌骨中。
2.明确分析目标所在的图层。
3.将图层和四个视图联合分析。
重点：
编辑mask
由于本人时间、精力有限，其中难免出现错误，请大家指教。
谢谢
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