MaterialsStudioLinux集群安装手册比较详细.docx
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MaterialsStudioLinux集群安装手册比较详细
MaterialsStudioLinux集群安装手册
一、安装Linux操作系统，进行系统配置
一般都建议最小化安装，不用安装图形界面。
下面我以redhatenterpriselinux6.0x86-64在AMDAthlon（tm）64X2DualCoreProcessor4400+电脑上的安装为例。
rhel6.0的安装过程和windows差不多，一路下一步（或Next）基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？
你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在RedHatEnterpriseLinux的默认安装是基本服务器安装。
如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站（或SoftwareDevelopmentWorkstation），这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义（或Customizenow），再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。
安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个msi用户，root和msi用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，我是root和msi用的一个密码，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样课题提高系统的安全性。
gcc
glibc-2.3.4-2.43（32-bitand64-bit）
libgcc-3.4.6-11（32-bitand64-bit）
libstdc++-33-3.4.6-11（32-bitand64-bit）
compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3（32-bit）
hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64
这几个补丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11（32-bit）没有装上之外，别的都给你装好了。
这里要说的是，这些补丁每个节点都要装，千万记住。
你可以用命令：
rpm-qa|grepgcc查询，当然你要查libstdc++就要用命令：
rpm-qa|greplibstdc++了。
对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11（32-bit）的安装可以用命令rpm安装，首先切换到这两个软件包所在的目录下，执行下列命令，格式如下：
rpm-ivhlibstdc++-33-3.4.6-11.i386.rpm
rpm-ivhhpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm
注意，这里都是在root用户执行的操作，
二.为msi用户添加sudo命令使用权限，运行命令suroot，输入root用户的登录密码后，使用vi命令进行下面的修改：
在root权限下，运行命令：
vi/etc/sudoers
#在rootALL=（ALL）ALL这一行下面添加一行msiALL=（ALL）ALL
然后运行命令：
:
wq！
#在命令模式下，强制执行存盘退出操作
注：
修改后，则成功添加msi用户使用sudo命令的权限，在往后的安装中可方便进行提权操作。
三.于各节点安装HP-MPI，安装方法：
a.挂载MS安装光盘，对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息：
1
2
3
：
UNIX/Linux/hpmpi/forolderIA32Linux
：
UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/forIA32Linuxsystemswithx86_64
：
UNIX/Linux_IA64/hpmpi/forIA64Linux.
b.安装时需要使用root用户进行安装，终端运行suroot后输入密码登录为root，使用下面安装命令：
1
：
rpm-ivh/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm
c.安装后出现下面提示即成功安装
四．查看各节点网络状态，修改主机名
可以使用ifconfig命令，查看各个节点的网络状态。
rhel6.0开机后网络是处于禁用状态，要激活网络接口，可以使用命令：
ifcfgeth0start或ifupeth0。
一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机的网卡，如果由于网卡太新没有认出来，那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了，网上教程很多很容易掌握。
使用hostname指令设置主机名。
在命令行中输入下面的命令：
hostnamemsinode1
注意：
使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效，重启系统后将使用原来的主机名称。
如果希望启动系统后生效，则需要修改文件“/etc/hosts”。
五.配置SSH免认证登录，配置过程：
a.SSH免认证登录的配置：
i.测试是否已经安装SSH，于终端（Terminal）中输入sshlocalhost后回车，若出现下面提示：
则表示已经安装SSH。
若提示失败，则需要放入安装光盘进行安装。
ii.于终端中输入ssh-keygen-trsa，此时它会提示你生成SSH的密钥。
iii.此时无须设置密码，你只需要点击回车就可以了，生成的公钥和私钥会保存~/.ssh/目录下。
iv.进入目录~/.ssh/（命令：
cd~/.ssh/），运行命令：
1
：
cpid_rsa.pubauthorized_keys，将公钥进行复制。
v.同样地，在其他节点上运行上面的命令，将各节点中得到的authorized_key中的内容复制出来，汇总到一个文件中，命名为authorized_key，并放置于各节点的~/.ssh/目录下（覆盖原有文件）。
#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理，就像处理word文档一样复制粘贴就行了，每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。
vi.修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限，运行命令：
1
2
：
chmod600*
：
chmod700.
vii.再修改home目录的权限为只读，运行命令：
1
2
：
cd~
：
chmod755.
viii.在各节点的对应目录重复以上命令，如成功的话，对localhost（或者其他节点机器名）进行ssh连接则不会再出现密码提示，如图：
ix.为加快SSH连接速度，使用vi命令（需要root权限）修改各个节点的/etc/hosts文件，运行下列命令：
1
：
sudovi/etc/hosts
显示如下：
1
2
3
4
5
6
：
#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms
：
#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.
：
127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost
：
:
:
1 localhost6.localdomain6localhost6
：
192.168.2.160 mscnode1
：
192.168.2.161 mscnode2
x.将127.0.0.1后对应的主机名删除，添加集群中各节点的IP地址和机器名，保存后退出即可，示例如下所示：
1
2
3
4
5
6
7
8
：
#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms
：
#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.
：
#127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost
：
：
192.168.128.160 mscnode1
：
192.168.128.161 mscnode2
：
:
w#保存，如果显示无法保存可以在w后加！
强制执行
：
:
q#退出
xi.SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。
六.以集群模式安装MS
1.先将MS文件上传到主节点。
可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。
2.上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令示例如下：
1
2
：
mkdir/mnt/iso
：
mount-oloop-tiso9660ms50_unix.iso/mnt/iso
3.在主节点上切换到MS安装用户，这里用的是hope，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行
1
2
：
./Install--typecluster
：
或是直接./mnt/iso/UNIX/Install--typecluster
--typecluster这个参数是并行时必须加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。
4.如果执行上述命令后出现无法安装的提示，可使用下列命令进行提权：
1
：
chmod777/mnt/iso/-R
5.安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。
比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/hope/下，用MS的用户创建，保证可写入。
其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。
6.安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点，方法如下：
1
2
：
vi/etc/exports#加入下面一行内容：
：
/home/msi/Accelrys*（rw,no_root_squash）
7.然后重启nfs服务，servicenfsrestart。
如出现错误提示，则参考《Linux下配置安装NFS》文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。
1）NFS服务所需的套件
（1）portmap
运行命令查询portmap是否安装：
rpm–qa|grepportmap
#显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装
（2）nfs-utils
运行命令查询nfs-utils是否安装：
rpm–qa|grepnfs-utils
#显示一下内容表示已正确安装
nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22
nfs-utils-1.0.9-33.el5
2）启动NFS服务
NFS服务要正常运行，必须先启动portmap服务。
使用以下命令就可以启动NFS服务：
serviceportmapstart
servicenfsstart
3）停止NFS服务：
servicesmbstop
4）重启NFS服务
servicesmbrestart
8.然后到其他节点上使用root用户登录，执行挂载命令：
1
：
mount-tnfs主节点名或iP地址:
/home/hope/Accelrys//home/hope/Accelrys/
若出现错误提示，则检查该节点是否已经新建Accelrys文件夹、防火墙是否已经关闭以及SELinux功能是否已经关闭。
9.导入证书。
在安装光盘中找到msi.lic文件，将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。
在Terminal中运行：
1
：
./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin
然后在图形界面下进行证书的导入。
如果没有图形界面的话，使用下面命令可以启用命令行的
LicensesadministrationTools：
1
2
3
：
/bin/license_admin-cwor
：
/bin/license_admin--console-wizard
：
即MS的安装目录
10.修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：
CPU数。
11.修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。
12.重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行
1
：
./msgateway_control_18888restart
13.由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话，可执行下面的命令：
1：
2：
cp/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888/etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888#接上一行
再执行命令：
/sbin/chkconfig--addmsgateway_control_18888
14.至此，MS的集群安装基本完成
15.备注：
1.防火墙配置要注意，测试时请先关闭防火墙及SELinux
Linux关闭防火墙
1）重启后永久性生效：
开启时执行命令：
chkconfigiptableson
关闭时执行命令：
chkconfigiptablesoff
2）即时生效，重启后失效：
开启时执行命令：
serviceiptablesstart
关闭时执行命令：
serviceiptablesstop
关闭SELinux的方法：
修改/etc/selinux/config文件中的SELINUX="0"为disabled，然后重启。
如果不想重启系统，使用命令setenforce0。
#也可以在X-windows下进行配置
2.SSH免认证配置需要仔细进行权限配置，一般出问题了都是权限的问题。
3.上述过程中，NFS和Portmap服务没有注册为自动启动，nfs共享目录也没有进行自动挂载，当节点关机后需要重新进行挂载。
同样，License服务也没有注册为系统服务，重启后可能需要重新启动License认证服务。
4.关于Lniux的安装过程以及VMTools的安装待续。
七.在windows下添加materialsstudio集群计算的Gateway
1.打开Tools下的ServerConsole
2.新建一个ServerGateway
3.在下图中输入主节点的IP地址，再RunDiagnostics，如果显示SUCCESS，再点ok，完成windows和linux集群的连接
4．在linux下输入文件名或路径的时候可以输头几个字母，在按Tab键进行自动补齐，可以提高工作效率，“#”后的都表示注解内容
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