已公布真菌基因组截止.docx
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已公布真菌基因组截止
2008年止
摘要：
真菌基因组学研究可以推动生物化学、分子生物学、病原菌的致病机理、与宿主相互作用等基础研究，还能更好的寻找抗菌药物靶点，促进疫苗和抗菌药物的开发研制、促进工业生产。
目前已有48种真菌的基因组序列公布，包括子囊菌门（Ascomycota）42种，担子菌门（Basidiomycota）5种，微孢子虫（Microsporidia）1种。
基因组大小超过30倍，从2.5Mb～81.5Mb。
本文整理翻译了NCBI上关于真菌基因组的信息，对已测序真菌的重要性和其基因组相关信息进行了简要.
真菌种类庞大而多样，据估计，全世界有真菌150万种，已被描述的约7万种。
真菌在自然界中分布极为广泛，它们存在于土壤、水、空气和生物体内外。
真菌在自然界的碳素和氮素循环中起主要作用。
真菌参与淀粉、纤维素、木质素等有机含碳化合物的分解，生成CO2，为植物提供碳源。
比如许多担子菌能够利用纤维素和木质素作为生长的碳源和氮源，因此可以分解木材、纸张、棉布和其他自然界中含碳的复杂有机物。
真菌对蛋白质及其他含氮化合物的分解所释放的NH3，一部分可供植物和微生物吸收同化，一部分可转化为硝酸盐，成为氮素循环中不可替代的一步。
某些真菌在发酵工业、食品加工业、抗生素生产中具有重要作用；而某些真菌又具有严重的破坏作用，有的真菌是许多重要经济作物的病原菌，如玉米腥黑穗病、小麦锈病、黄瓜黑腥病等；少数真菌是人类和动物的致病菌，如白色念珠菌等。
因此合理利用有益真菌，消灭和预防有害真菌具有重要意义。
基因组信息可以加深人们对真菌遗传和生理多样性的认识。
1997年，由欧洲、美国、加拿大和日本共96个实验室的633位科学家通力协作下，第一个真核生物酿酒酵母（Saccharomycescereuisiae）的基因组测序完成。
2002年粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomycespombe）基因组测序完成，两年后第一个丝状真菌粗糙脉孢菌（Neurosporacrassa）基因组测序完成。
截至目前，在NCBI上（http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/genom_table.cgi?
organism=fungi）已公开发布了47种真菌的基因组序列，包括子囊菌门（Ascomycota）41种，担子菌门（Basidiomycota）5种，微孢子虫（Microsporidia）1种；在dogan（http:
//www.bio.nite.go.jp/dogan/Top）上公布了米曲霉（Aspergillusoryzae）的基因组序列。
这些真菌基因组大小为2.5～81.5Mb，包括重要的人类病原菌、植物病原菌、腐生菌和模式生物。
本文整理翻译了NCBI上关于真菌基因组的信息，本文对已测序真菌的重要性和其基因组相关信息进行了简要概述。
已经公布的真菌基因组概况
OrganismsSubgroup TaxIDSize Chr Status method DepthCenter
AjellomycescapsulatusNAm1 Pezizomycotina
AscosphaeraapisUSDA-ARSEF Pezizomycotina 39261324MB 5 Assembly WGS 4X BCM
AspergillusclavatusNRRL1 Pezizomycotina 34461235MB 5 Assembly WGS 11.4X TIGR
AspergillusflavusNRRL3357 Pezizomycotina 33295236MB 8 Assembly WGS 5X TIGR
AspergillusfumigatusAf293 Pezizomycotina 33087930MB 8 Assembly WGS 10.5X TIGR
AspergillusoryzaeRIB40 Pezizomycotina 5062 37MB 8 Assembly WGS - AIST
AspergillusnidulansFGSCA4 Pezizomycotina 22732131MB 8 Assembly WGS 13X BI
AspergillusterreusNIH2624 Pezizomycotina 34166335MB 8 Assembly WGS 11.05XBI
BotryotiniafuckelianaB05.10 Pezizomycotina 33264838MB 30 Assembly WGS 5.4X BI
ChaetomiumglobosumCBS Pezizomycotina 30690136MB 31 Assembly GS 7X BI
CoccidioidesimmitisH538.4 Pezizomycotina 39677629MB 14 Assembly WGS 3.41X BI
CoccidioidesposadasiiC735 Pezizomycotina 22292929MB 4 AssemblyWGS 14.41X
Gibberellamoniliformis7600 Pezizomycotina 33481946MB 12 Assembly WGS 8X MBL
GibberellazeaePH-1 Pezizomycotina 22953340MB 4 Assembly WGS 10X MBL
Magnaporthegrisea70-15 Pezizomycotina 24250740MB 7 Assembly WGS 7X IMB
NeosartoryafischeriNRRL181 Pezizomycotina 33111735MB 5 Assembly WGS 7X TIGR
PhaeosphaerianodorumSN15 Pezizomycotina 32161430MB 24 Assembly WGS 8X BI
Sclerotiniasclerotiorum1980 Pezizomycotina 32556938MB 3 Assembly WGS 8X BI
TrichodermareeseiQM6a Pezizomycotina 43124133MB 7 Assembly WGS 6-8X DOE
Uncinocarpusreesii1704 Pezizomycotina 33696330MB 22 Assembly WGS 5X BI
CandidaalbicansSC5314 Saccharomycotina 23756116MB 8 Assembly WGS 1.4X SU
CandidaglabrataCBS138CBS138 Saccharomycotina 28459312.28MB13 Complete WGS
CandidatropicalisMYA-3404 Saccharomycotina 29474715MB 6 Assembly WGS 10X BI
ClavisporalusitaniaeATCC42720 Saccharomycotina 30690216MB 14 Assembly WGS 9X
DebaryomyceshanseniiCBS767 Saccharomycotina 28459212.22MB7 Complete WGS
EremotheciumgossypiiATCC10895 Saccharomycotina 33169 8.74MB 7 Complete WGS
KluyveromyceslactisNRRLY-1140 Saccharomycotina 28459010.69MB6 Complete WGS
KluyveromyceswaltiiNCYC2644 Saccharomycotina 26298110.91MB8 Assembly WGS 8X
LodderomyceselongisporusNRRLYB-4239Saccharomycotina 37950816MB 8 Assembly WGS
PichiaguilliermondiiATCC6260 Saccharomycotina 29474612MB 7 Assembly WGS 12X BI
PichiastipitisCBS6054 Saccharomycotina 32210415.4MB 8 Complete WGS 12X BI
Saccharomycesbayanus623-6C Saccharomycotina 22623111.54MB16 Assembly WGS
SaccharomycescastelliiNRRLY-12630 Saccharomycotina 22630111.54MB9 Assembly WGS
SaccharomycescerevisiaeS288c Saccharomycotina 4932 12.07MB16 Complete WGS 3.9X
SaccharomyceskluyveriNRRLY-12651 Saccharomycotina 22630212.
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