分子生物学技术在食品微生物检测中的应用.docx
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分子生物学技术在食品微生物检测中的应用
分子生物学技术在食品微生物检测中的应用
摘要
食品安全关乎着人民的生命财产问题，近几年频繁曝出的“瘦肉精”、“地沟油”、“三鹿奶粉”等事件，更提高了广大人民对食品安全的重视程度。
传统的食品致病菌检测方法相对来说耗时耗力，主要因为传统的检测方法需要进行富集培养、分离培养、形态特征观察以及血清鉴定等多个环节，整个环节执行下来至少需要5天时间，所以运用传统技术进行检验时，时间就是一个短板。
分子生物学技术以操作简便、高速准确等特点迅速应用于食品微生物检测中。
常见的分子生物学技术在食品微生物检测中的应用如下：
（1）核酸分子杂交技术、PCR技术、环介导等温扩增技术、利用质粒和噬菌体的分类技术和基因芯片技术，可用于检测食源性病原体；
（2）多重引物PCR技术、DGGE/TGGE技术、扩增核糖体DNA限制性分析技术，用于检测单一致病因子，但要在食品微生物的检测中大量运用该技术，必须对实验条件进行有效的控制，减少实验误差，方能达到理想的效果；（3）单链构象多态性分析技术、扩增片段长度多态性分析技术，该类技术具有简单、快速、高效等特点，在对遗传多样性和菌株的分型鉴定中发挥重要作用；（4）随机扩增多态DNA技术和限制性片段长度多态性分析技术，常用于鉴定真菌和乳酸菌这两种生物特性不太明确的菌落。
随机扩增多态DNA技术也可用于检测食源性病原体，如大肠杆菌、沙门氏菌等。
分子生物学技术以高效、简便、准确等优点在食品检测中脱颖而出。
但目前很多技术仅应用于法医学、人口遗传学和药物学等学科中，而且ARDRA技术、SSCP技术等产生的废物会对环境造成污染，能够在食品微生物检测中应用到的分子生物学技术还是有限的。
这就需要研究者们不断地加强对环境保护的研究，为食品微生物检测提供更多、更可靠、更精准的分子生物学技术手段。
关键词：
微生物检测；分子生物学技术；PCR
第1章绪论
1.1课题的研究背景
食品安全与人类健康和社会稳定息息相关，因此要求食品中不得检测出任何对人们生产生活有影响的物质。
近些年，随着全球经济一体化表现得越来越活跃，全球命运共同体的概念愈来愈深入每一个地球人的心中，进口食品和出口食品已经成为现代人们饮食的一种时尚，所以食品安全问题不仅仅是关乎国人的安全问题，它也能够从侧面体现出一个国家的整理综合国力，更关乎人民健康和社会建设问题。
例如，2019年爆发的非洲猪瘟，在某种程度上讲，确实影响了我国猪肉价格的涨幅问题。
所以，对食品中病原微生物的检测是食品安全监测的重要一环。
传统的微生物检测方法存在着很多弊端，首先，面临着检测效率低的问题，在如此快节奏的生活状态下，已经不能满足食品快速投入市场的需要。
其次，检测结果准确率受到客观因素的影响，在面对新型微生物时，检测精度已达不到市场需求。
由此可见，传统的检测方法已经受到了多重限制。
所以，我们需要一种更高效、更能适应市场需求的食品微生物的检测方法和机制。
近年来，科研工作者们根据对比传统检测方法，发明了基因探针检测、PCR检测、以及基因芯片检测等新型检测手段，这些方法已被应用于部分食品微生物的检测过程中，并取得显著的成效。
文献综述
想要对食品中存在的微生物是否有益于或者危害于人们的身体健康做出准确的判断，首要问题就是要先对食品中存在的微生物菌落做一个简单的调查和认识，并且掌握菌落与菌落之间的相互作用会不会产生危害人体健康的新物质，这一点是食品是否符合要求的重要的基石，只有充分认识微生物种群才能有针对性的解决食品变质的根本问题。
研究食品中存在的微生物种群需要我们对微生物种群的生存环境做一个大致的了解，首先采用培养的方法对其进行研究，但是制作培养皿又存在着很大的问题。
第一，富集培养中食品内存在的具有特殊生态作用的种群分离效果很差，且该种群理论上来说数量相对较少，种群的动态变化研究并不能通过一般化定量研究来进行。
第二，有些种群需要特定的生存环境，某些微生物细胞已经受到食品本身环的影响，所以制作出来的培养皿不能达到理想效果，导致微生物细胞在其内的恢复生长可能会受到些许的影响，最终影响结果，甚至分离失败。
传统的微生物培养只能培养出总量的0.01%—7%，尽管有一部分种群（即简单的食品中存在的微生物）还是比较好培养的，但是对于如今食品行业呈现出来的大爆炸式发展现状来说，此种培养方法还是远远不够的。
培养方法的难度大大提升，也在很大程度上促进了基于聚合酶链反应（PCR）技术的分子培养方法和核酸检测技术在食品微生物学研究中的应用和发展。
由于分子生物学技术近些年发展十分迅猛，其反应迅速、高效等特点注定了其在应用于食品这种快熟产品中能够占据主导地位。
分子生物学技术近年来已被应用于病原微生物检测工序中，为加强对食品中微生物的监测和管控提供了高效的技术支持。
但是由于其发展的局限性，还未能进入市场广泛应用于食品加工制作的工序中。
尽管如此，分子生物学技术早已能够对奶酪、香肠、葡萄酒中的微生物群落进行可靠性的鉴定与检测，且在发酵食品中被广泛应用。
目的基因的选择
PCR技术的发展还要从1980年谈起，近40年来PCR技术已经被科研工作者广泛应用于分子生物学技术研究领域，在对生物多样性进行研究时，作为一种主要工具被使用。
简单来说，在对DNA进行基因扩增操作时，由于需要通过引物对基因序列进行扩增，在此过程中易产生序列相同的基因片段，因此在实验操作过程中，需要对相同基因序列进行差异性区别，以此便于识别不同的微生物。
由于上述原因，目标基因的选择在分子生物学领域成为了关键的一步，目标基因是否为优秀的基因片段的标准就是在序列中既要有保守区段，还要有可变区段，这样在可变区段上，就可以分辨出不同微生物的种类，在实验操作时，便于区别。
而且实验过程中对保守区域的保守程度也有一定的要求，使得保守区段位于可变区段两侧，以便于方便作为引物结合位点进行基因序列扩增。
若高保守区域不符合PCR扩增要求，可用低保守区域作为引物结合位点。
在分子生物学的研究领域中，一般选取具有代表性的、能够反应微生物发育生长特点的基因序列片段作为目标基因进行PCR扩增。
除此之外，一些功能基因近些年来也被作为目标基因进行科学研究。
例如：
编码蛋白功能的基因、细菌rRNA操纵子等。
这两类目前在微生物研究中是最常用的分子标记。
1.2课题研究的目的及意义
课题的目的
随着近十年乃至二十年来中国的迅猛发展，人们的生活水平逐年提高，对食品的摄入以及食用的标准也有所提高。
随着近些年频繁曝出的“地沟油”、“三鹿奶粉”、“染色馒头”等事件，国家对食品安全的监管力度也达到了前所未有的高度。
新闻工作者近些年来更加关注食品的安全问题，从客观层面上也说明公众对食品的安全问题有了更高层次的认识。
就生物学来说，食品安全问题就是食品中的微生物是否安全、是否被污染的问题。
食品作为一种与人体健康密切相关的产品，其特点就是保质期有限，并且在生产、运输乃至后期销售过程中，要严格把健康卫生作为把控的第一要求。
若在生产过程中出现食品微生物污染，不仅会造成资源浪费，重者会引发一系列食物中毒，引起社会恐慌。
所以食品变质问题，无论在哪个时代，都是最需要重视的。
为解决食品安全问题的发生，科研工作者探究出一系列食品微生物检测的手段与方法，对食品中所存在的微生物的状态是否对人体有害进行相关检测与鉴定。
也正是这些方法的科学运用，使得分子生物学在食品安全的把控过程中发挥了重要作用。
课题的意义
食品安全问题已经成为和人类生活息息相关的首要问题，食品质量的好坏关乎着人民的生命财产问题。
俗话讲：
“民以食为天，食以安为先”，可见古时历朝历代皇帝都将老百姓的饮食起居问题置于治国安邦的首要位置。
而近些年来由新闻媒体曝光的食品安全事件却层出不穷，面对当前各类食品创新性的发展，从客观上加大了我国对食品安全监测的困难程度。
为了将食品安全隐患问题的风险降到最低，确保人们每天摄入的都是有益于身体健康的食物，我国在食品安全检测方法上也是求新求稳。
在目前国内外食品安全的检测中，能够高效、准确地检测出存在的有害微生物问题成为了食品安全检测的关键。
因为传统检测方法操作繁琐、检测效率低，并且花费大量的人力物力，存在着检测成本昂贵等问题制约了自身的发展，因此选择科学有效的检测方法已经成为许多食品厂商的迫切需求。
所以在这种大环境下，分子生物学技术充分展示出了自身的优势。
本文就分子生物学技术在食品微生物检测中的应用做出详尽的介绍和阐述，希望能够对今后的食品检测和管控上有所帮助。
第2章食品微生物检测特点和对象
2.1食品微生物检测特点
在当前微生物发展的形势下，作为国内食品健康以及食品安全管理的一项重要检测指标，微生物检测的地位已经上升到前所未有的高度，微生物检测不仅仅可以做到对食品的安全与否进行简单分析，还可以在具体检测时呈现出以下特点：
（1）食品微生物检测的监管性可以说是已经满足国内食品安全检测的需要，食品检测中已经实施了与食品安全有关的法律法规的重要要求；
（2）检测品类以及可使用范围已经达到了可供人们正常生活需要的程度，在对食品中大部分乃至九成以上微生物可进行较为详细的检测分析处理；（3）在面对食品微生物检测的对象时，涉猎到大量且品种繁多的无用即无需检测的菌种，对实验检测有用的菌种即目标菌种相比于大量无用菌种数量上是非常少的，所以在进行微生物检测时寻找正确的检测对象在整个检测过程中是较为困难的步骤之一。
在进行检测实验时，要对目标菌种运用增菌的技术进行实验处理，而且对无用菌种运用相关抑制技术进行处理；（4）食品作为一种生命周期很短的产品，在对其进行相关的微生物检测时，我们就需要考虑到检测技术的先进性，并且要保证检测技术具有较高的灵敏性和快速性，这些指标是保证食品快速、安全进入市场的一项重要保障。
除此之外，该检测过程中还需大量的时间对产品进行采样处理，由于对测试要求的准确度很高，在后续对采样进行测试时，应尽量保证检测的快速性和准确性。
2.2食品微生物检测对象
由于我国国民生活水平逐年提高，快速有效的落实我国现阶段食品微生物检测的相关实施条例成为现如今食品安全检测的首要任务。
但要更高速有效的将检测效果提高上来，我们重点要明确检测对象，有目的性且有针对性的对食品中的微生物进行高效检测。
我国微生物检测主要分为两类：
其一为细菌检测，另一种为真菌检测。
这两类检测的目的主要是用对食品中存在的细菌和真菌的类型和数量进行有效的控制，对该样品中的菌落数量的确定。
掌握该类食品的总体安全情况，较为详尽的判断出细菌中的有益菌和有害菌是细菌检测的主要任务；而真菌检测的主要目标是霉菌、酵母菌和霉菌毒素的数量。
他们三个的含量对食品安全的评定有很大的影响，这也是为什么细菌检测和真菌检测能成为食品微生物检测的重要指标的原因。
食品安全问题引发的纠纷呈现出逐年增长的趋势，这离不开食品多样化的发展，在食品行业近些年来高速发展的背后，暴露出一系列弊端。
就简单的食品安全角度作为一个切口，我们不难分析，食品微生物检测的重点分析对象就是两种菌，即卫生指示菌和和食源性致病菌，这两类菌的含量是食品是否安全的重要指标。
除必要的菌落数量的确定之外，加强对卫生指示菌检测的重要手段之一就是更加详尽的监测大肠杆菌。
正常情况下，要从食品中取样1g作为样品，然后对该样品检测，主要检测样品中菌落总数以及大肠杆菌的含量，对检测结果进行简单分析后，有针对性的对其进行培养处理后再进行测试。
对于食源性病原体，有必要掌握沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌和溶血性链球菌等关键菌群，以便检测结果符合人体食用标准和需求。
第3章分子生物学方法在食品微生物检测中的应用研究
3.1核酸分子杂交技术
核酸分子杂交技术是在1970年基于基因工程开发的新技术，也称为基因探针技术。
利用RNA和DNA可以与特定微生物的核酸结合使用，从而准确地检测和诊断微生物，这为DNA的分析奠定了良好的基础，并已在相关领域得到认可。
任何病原体都有核酸片段，工作人员分离或标记病原体以制成探针，并且将标记的探针用于杂交，如果样品中存在特定的病原体，则需要将探针和核酸序列结合起来，通过特殊方法测量标记物，以阐明病原体的特异性[1]。
这种方法更加灵活，具有广泛的应用价值。
现如今的市场上存在着大量的食品检测技术，例如检测食品中沙门氏菌的存在状态的基因片段探针、用于检测单核细胞增生李斯特菌的自动酶联非放射性DNA探针以及成功鉴定大肠杆菌的独立基因探针等[2]。
核酸分子杂交技术可以充分发挥其在食品生物学中的优势，但还需要认识到该技术仍存在某些缺陷。
例如对人体造成更大伤害、操作繁琐的核酸探针以及放射性同位素标记相对较高的成本和反应产生的废物难以处理等，由于上述的问题造成了核酸分子杂交技术无法面对利益之上的市场进行广泛商业推广。
所以，要将核酸分子杂交技术应用于微生物检测，还需对检测中存在的弊病进行优化处理。
非放射性标记探针、扩增探针信号，将以往较为复杂的杂交技术简化处理，以便之后进行检测试验，使之成为高速、简单、有效的理想检测方法。
3.2PCR及其衍生技术
常规PCR技术
聚合酶链反应技术，又称基因体外扩增法（简称PCR技术），是根据DNA固有的模板特性，在较为合适的体外条件下，采用单链DNA作为PCR技术让其模仿在体内的DNA的复制过程。
在体外时，使其在DNA聚合酶的作用下，将脱氧核苷酸利用引物在变性和复制原理的作用下逐步扩增模板。
根据序列的特异性，获得了食物致病微生物的检测结果，优点是可以快速获得正确的检测结果。
由于其在实施时的可操作性和准确性，使得该检测方法在上世纪末在食品微生物检测中被国内大部分机构和产品厂商广泛使用。
现如今，PCR技术已经被广泛应用于以下几个食品生产加工中[3]：
（1）市场上大部分的乳制品中乳酸菌和双歧杆菌的检测和鉴定；
（2）大部分酒中酵母的检测和鉴定；（3）水源中大肠杆菌及其类群的检测。
由于其检测结果的准确性，PCR技术在生命科学领域中得到了极为广泛的应用，并在食品病原微生物的检测中也发挥着重要作用。
一般食品微生物的检测主要分为四个环节，即富集、分离培养、生化实验和血清学鉴定[4]，通常需要4天才能产生结果。
常规的检测方法缺乏敏感性和特异性，并且检测结果不能有效指导生产。
PCR技术的出现为食品检测带来了良好的发展前景，可以快速、准确地检测食品中的病原微生物。
如今，分子生物学技术在不断完善，在食品致病微生物的检测中使用多种PCR方法可以缩短检测周期并提高检测灵敏度。
实时荧光PCR技术
实时荧光PCR技术可简单解释为运用荧光化学物质标记，将荧光化学物质引入到荧光定量PCR的反应中，其原理是在实时的扩增反应过程中，检测每一步产生的每一个循环产物出现的被标记的荧光信号，以便于在检测过程中对实验初始模板进行量化和本质上的分析。
在该反应的进行过程中，由于PCR反应产物连续繁衍积累产生，我们先前标记的荧光信号成指数型增长，在每次循环之后，我们应对荧光信号的强度进行统计计数。
这样操作是为了在后续的实验操作时可以通过荧光信号强弱的变化程度来判断我们所观察的实验数据的变化，根据统计数据的变化情况，我们可以绘制出相关PCR反应扩增曲线。
qRT-PCR于2006年首次应用于食品细菌检测领域中[5]。
该方法与上述的简单常规的PCR反应技术相比有一定的优势，其在反应过程中呈现出实验产生废物对环境污染小、对人体的伤害程度明显降低的优点，其特异性以及自动化程度明显优于常规式的PCR反应技术。
就近十年来的发展来看，该技术广泛应用于检测和鉴定病原菌、霉菌、酵母菌和乳酸菌的定性和定量指标[6]，在对食品中的阪崎肠杆菌、沙门氏菌、志贺菌、单增李斯特菌、金黄色葡萄球菌、乳酸菌等的检测时，其准确性和高效的检测表现可看出该方法在微生物检测中发挥的优势是不容忽视的。
尽管实时荧光PCR已广泛应用于生命科学的各个领域，但是，在其近十年飞速发展的过程中，仍有一些不可忽视的弊病接连出现。
就其在对实验结果运用标准曲线进行统计定量时，标准没有办法做到统一，在实验过程中缺乏可比性会导致实验结果毫无参考价值，这将是实验中致命的缺点。
其次，出现的弊病体现在实验条件有时会影响到内源性参比基因，导致在进行相对定量实验时，实验结果的准确性会大大降低。
再次，在进行操作时，不容忽视的一项现实意义就是实验成本较高与实验结果的可靠性和实验成本不成正比。
另外，实时定量试剂和燃料很昂贵，若是添加复孔和标准曲线，则实验成本较高，这也限制了其应用领域。
多重引物PCR技术（m-PCR）
通常情况下，PCR技术主要应用于单一致病因子的检测，其手段是通过PCR扩增产生核酸片段。
而m-PCR与传统PCR技术不同的是，在传统PCR技术的基础上，在同一PCR反应系统中，将引物增加到两对以上甚至更多，使其在扩增反应的过程中，同时扩增多个核酸片段。
相比于传统PCR技术，在实验操作过程中，乃至实验原理的对比上，除引物增加外，技术基本不变。
它具有高效、系统、经济、简便等优点，也因为其操作简单高效的特点近些年被广泛应用于食品致病微生物的检测。
病原性食品菌主要包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单增李斯特菌、副溶血性弧菌等，除此之外，该技术还被用于乳酸菌等食品非致病菌的检测。
蔡亦红等建立了肠毒性大肠埃希菌、伤寒沙门菌、福氏志贺菌三种致病菌的多重PCR技术，通过对3种食源性致病菌的特异性基因片段的选择，建立多重PCR体系并优化[7]。
尽管在微生物检测领域中，该门技术已经发展成为一项准确性较高的检测技术，但是其应用的广泛性还有待提高。
实验产生的废物对自然生态系统以及环境造成的危害就是不容忽视的缺点之一，如若产生外源性DNA污染，尽管是极少剂量上的污染，都可能产生假阳性结果；且实验与传统PCR相比要同时扩增多对引物，也就对实验的条件要苛刻很多，如若不能合理地对实验条件进行有效控制的话，极大程度上可能造成实验失败，或者产生非特异性产物。
所以在实验过程中，引物的设计就显得尤为重要，如引物在设计时出现错误，或靶序列选择出现错误，极大程度上会使实验出现偏差，即其敏感性和特异性出现偏差。
除这个方面需要着重注意外，在对食品进行样本测试时，还需特别注意对培养基的适当选择，培养基的选择会对某些细菌的生长和抑制产生不同的效果，从而可能导致实验结果出现偏差。
综合上述分析，我们应对实验条件进行精准控制，避免假阴性结果的出现，影响实验质量。
环介导等温扩增技术（LAMP）
环介导的等温扩增方法（LAMP）是本世纪初科研工作者研发出的一种在恒温环境下核酸扩增的新型方法，迄今为止该方法发展已有20年之久。
核酸扩增技术的主要目标基因为链置换DNA聚合酶的6个区域设计4个特异性引物，试验在等温条件下（63℃左右）进行操作，实验时间保证在半个小时至一个小时之间，该实验与传统意义上的常规PCR技术相比，此方法不需要模板的热变性、温度循环、电泳和紫外观察等过程。
该方法的新颖性主要在于作为一种新型核酸扩列手段，方法简单、快速且具有高度特异性。
就灵敏度，特异性和检测范围而言，恒温扩增技术明显优于PCR扩增，且在实验条件上较为容易实现，并不需要特殊实验设备，完全就可以实现现场的高通量快速检测。
相比于上文中所提及的荧光标记PCR技术，实验成本花费上大大降低，该方法现已广泛应用于食品微生物（细菌、真菌、寄生虫）的检测领域。
随机扩增多态DNA技术（RAPD）
RAPD分析是一种使用随机引物，通过PCR反应扩增靶细胞DNA，通过对DNA的片段进行特异性和多态性差异分析，对不同DNA之间大小和数量辨析进行分子标记研究的新型扩增多态DNA技术。
该技术的研究对象为灵敏度和特异性有很大差异的细菌的整个基因组，适用于真菌以及乳酸菌这两种生物特性不太明确的菌落。
G.Spano等从红酒中分离出一菌株，通过RAPD-PCR技术鉴定为植物乳杆菌[8]；Walczak等通过RAPD分析鉴定了非生产型酵母菌株和标准酿酒酵母菌株之间的遗传相似性[9]。
此外，这项技术的应用对食源性病原体，如葡萄球菌、大肠杆菌、沙门氏菌和志贺氏菌的研究也有新的发现。
3.3以电泳为主导技术的DNA图谱技术
变性梯度凝胶电泳（DGGE）
DGGE是Fisher等人发明的可以对突变的DNA进行检测的一种电泳系统。
该技术表现出对不同的基因序列片段解链呈现出的特点不同，根据这种变性原理，可以分离出我们需要的DNA片段。
将该种方法与传统电泳相比较，其原理主要区别于在对大小相同的DNA序列进行分离时，其分离标准是不同系列的DNA片段，且该方法在对双链DNA分子进行电泳时，将实验凝胶溶剂中加入一些变性剂，可以看出对照组的电泳速度和融化速度的表现状态与该DNA分子的序列有一定的关系。
在碱基对数目相同的情况下，我们还需注意的是不同的碱基对组成就要配比不同浓度的梯度变性剂，才能达到理想的解链效果。
在DNA序列迁移到变性凝胶中的某个位置时，与此同时想要达到解链效果，该位置的温度也需要达到解链温度，在这种试验状态下，才能开始解链。
且DNA分子的解链程度和迁移阻力是成正比的关系，但是和DNA分子的迁移速度呈现反比的关系。
在迁移阻力与电场力平衡的状态下，不同序列的DNA片段在聚丙烯酰胺凝胶中保持不同的位置，各自在自己的区域内形成条带图谱。
1999年DGGE技术首次应用于食品微生物学，Ampe等[10]研究了墨西哥玉米发酵面团中的微生物空间分布。
此后，该项技术被应用于分析食品的安全成分及菌落差异。
等温梯度凝胶电泳（TGGE）
温度梯度凝胶电泳作为DNA指纹图谱技术，在与DGGE技术相比较时，其优点在于在凝胶中没有添加尿素和甲酰胺。
其原理是利用温度梯度，在引物5'端添加3050bp的GC片段。
该项技术是即DGGE之后开发的一种新型检测技术，主要用于检测单个菌群的成分，而且在对肠道细菌进行检测时，表现出了优异的效果[11]。
Zoetendal等首次使用TGGE技术研究了人类粪便微生物菌群，但该技术应用于食品中较少[12]。
3.4扩增片段长度多态性分析技术（AFLP）
AFLP是对基因组DNA酶切片段的选择性扩增，通过对酶切作用后得到的扩增片段进行分离并检测，此过程需要在含有琼脂糖或者变性聚丙烯酰胺的凝胶中进行，并且对检测中得到的带状图谱进行分析。
根据图谱中特征带的出现或者消失的变化情况，从而可以检测出扩增序列的多态性。
该项技术的优点是其检测的广泛性是一般检测技术无法替代的，其检测的DNA指纹图谱来源性可不受限制。
该项技术在植物学研究中应用较为广泛，由于近些年食品微生物检测发展的十分迅速，在遗传多样性和菌株的分型鉴定中也发挥者重要作用。
李海星等人使用AFLP技术研究了发酵酸面团中乳酸菌的多态性[13]。
NairS等人研究了AFLP在对伤寒沙门菌的分型能力上比基因探针技术和脉冲场凝胶电泳更高[14]。
3.5对PCR产物进行分析和另处理的DNA图谱技术
限制性片段长度多态性分析技术（RFLP）
RFLP是一项近几年研发出的识别切割基因组片段的特定技术。
该技术的基本原理是使用限制酶对PCR扩增产物进行切割，形成我们所需的可以进行电泳检测的特定的DNA片段。
对于RFLP技术，通常将其与PCR技术结合使用，以鉴定真菌和乳酸菌，因此也称为PCR-RFLP技术。
JohnW等用PCR-RFLP技术分析拟南芥中的细菌群落，并确定植物乳杆菌为优势细菌群[15]。
GiraffaG等从本地不同的乳制品中分离出35个菌株，在亚种水平上鉴定了德国乳杆菌和保加利亚乳杆菌[16]。
单链构象多态性（SSCP）分析
单链构象多态性（single-strandconformationpolymorphism，SSCP）是一种基于DNA构象差异而进行快速、灵敏和有效检测基因点突变的方法，该技术根据单链折叠产物的构象差异分离PCR产物。
变性后，单链DNA片段在非变性条件下，由于核苷酸序列不同，形成不同的二级结构，因此分子量相近的产物被分离。
一般情况下，SSCP技术与DGGE/TGGE技术具有相同的优缺点。
由于引物不需要发卡结构，所以PCR扩增结果比DGGE或TGGE更有效。
现如今，在对菌耐药
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