pymol基本操作Word文档格式.docx
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如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"
Nomodulenamed_tkinter"
#USE="
tcltk"
emergepython
好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
基本的鼠标操作
里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。
当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：
该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。
ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI）。
Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL>
提示符），可以用来输入Pymol命令；
在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。
ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。
请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。
加载文件，有二种方法：
1.在ExternalGUI中选择File－Open
2.使用命令行：
load<
filename>
例如我们现在从.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：
load2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。
这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。
先说说鼠标吧。
∙任意旋转图像：
对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
∙放大/缩小图像：
对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：
向上是缩小，向下则是放大。
∙移动图像：
对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
∙设定图像旋转中心：
Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
∙移动剪切平面：
Shift＋鼠标右键。
鼠标上下移动：
调整前剪切平面（离你近的）；
鼠标左右移动：
调整后剪切平面（离你远的）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。
配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。
今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。
。
Byweilu
PyMOL用法（教程二）
基础Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。
就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。
这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：
Pymol>
log_openlog-file-name.pml
如果你想终止记录，只需要键入：
log_close
好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：
load2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。
但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：
load2vlo.pdb,test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：
showrepresentation
hiderepresentation
其中representation可以为：
cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
hidelines
showribbon
我们将得到如下结果：
也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？
首先输入如下命令：
labelall,chains
这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：
hideribbon,chainf+g+h+i+j
上面的东东还可以这样完成：
selecttest,chainf+g+h+i+j
hideribbon,test
上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。
这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。
并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。
比如你可以：
hideeverything,test
showcartoon,test
这样你会得到：
说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：
selectselection-name,selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：
!
#$%^&
*（）'
"
[]{}\|~`<
>
?
/
如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：
deleteselection-name
deleteobject-name
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。
预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings－Colors中找到：
colorcolor-name
colorcolor-name,selection-expression
比如我们可以：
colorred,ssh
coloryellow,sss
colorgreen,ssl+"
"
其中“ss”代表secondarystructure，“h”代表Helix，“s”代表Betasheet，l+"
代表Loop和所以其他结构。
这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；
把所有的Betasheet变成黄色；
把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：
Pymol可以同时打开多个pdb文件：
loadobject-name-1.pdb
loadobject-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
disableobject-name-1
enableobject-name-1
你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。
disableselection-name
使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。
放大选定目标：
zoomselection-name
定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：
：
orientselection-name
你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：
viewkey,action
其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：
store或者recall。
如果不加任何“action”，则默认为recall：
viewv1,store
viewv1,recall
viewv1
说了这么多，最后说说如何保存文件吧。
Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。
1.使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：
log_openscript-file-name
这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：
script-file-name
不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。
你可以选择外部GUI窗口中的File－Append/Resume/CloseLog来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。
2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File－SaveSession，创建一个会话文件（.pse）。
该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；
记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；
最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File－Open。
什么时候需要创建会话文件呢？
比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。
也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。
希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。
3.如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。
在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：
ray
pngyour_path/image_name
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
Pymol命令的语法与目标选择的表达
上次介绍一些Pymol的基本命令。
现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。
个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。
从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：
keywordargument
其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：
quit
当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量：
zoom
zoomall
还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：
第一个color虽然只带一个变量"
color-name"
，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成"
的颜色。
第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"
selection-expression"
，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"
定义的颜色。
要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号"
"
隔开。
通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如"
，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。
另一些则不一样，比如"
，它可以很简单，也可以非常的复杂。
这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。
选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Betasheet，或者它们的混合物。
你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。
名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：
选择表达由所谓的"
selector"
加上"
identifier"
组成，其中"
定义了某类属性，而"
则在该类属性下需要被选择的部分。
如下例：
selecttest,namec+o+n+ca
其中"
name"
就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；
c+o+n+ca"
则是对应的"
indentifier"
，它表示我们要选择pdb文件中名字叫"
ca+cb"
的原子（ca代表alphacarbon，cb代表betacarbon）。
整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"
test"
，这样我们可以在后面继续使用它。
下表列出了大多数的selector：
Selector
简写
Identifier及例子
symbol
e.
chemical-symbol-list
周期表中的元素符号
selectpolar,symbolo+n
name
n.
atom-name-list
pdb文件中的原子名字
selectcarbons,nameca+cb+cg+cd
resn
r.
residue-name-list
氨基酸的名字
selectaas,resnasp+glu+asn+gln
resi
i.
residue-identifier-list
pdb文件中基团的编号
selectmults10,resi1+10+100
residue-identifier-range
selectnterm,resi1-10
alt
alternate-conformation-identifier-list
一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸
selectaltconf,alta+b
chain
c.
chain-identifier-list
一些单字母或数字的列表
selectfirstch,chaina
segi
s.
segment-identifier-list
一些字母（最多４位）的列表
selectligand,segilig
flag
f.
flag-nummer
一个整数（０－３１）
selectf1,flag0
numeric_type
nt.
type-nummer
一个整数
selecttype1,nt.5
text_type
tt.
type-string
一些字母（最多４位）的列表Pymol>
selectsubset,tt.HA+HC
id
external-index-number
selectidno,id23
index
idx.
internal-index-number
selectintid,index23
ss
secondary-structure-type
代表该类结构的单字母
selectallstrs,ssh+s+l+"
下表是另一些Selector，有关比较的：
b
parison-operatorb-factor-value
一个实数，用来比较b-factor
selectfuzzy,b>
12
q
parison-operatoroccupancy-value
一个实数，用来比较occupancy
selectlowcharges,q>
0.5
formal_charge
fc.
parison-operatorformalcharge-value
一个整数，用来比较formalcharge
selectdoubles,fc.=-1
partial_charge
pc.
parison-operatorpartialcharge-value
一个实数，用来比较partialcharge
selecthicharges,pc.>
-1
另外有一些Selector是不需要Identifier的，它们被列在下表中：
描述
all
*
所有当前被Pymol加载的原子
none
什么也不选
hydro
h.
所有当前被Pymol加载的氢原子
hetatm
het
所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子
visible
v.
所有在被“可见”的显示的对象中的原子
present
pr.
所有的具有定义坐标的原子
在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：
.wwpdb.org/docs.html
在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logicaloperator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。
这些操作子被列于下表中：
Operator
效果与例子
nots1
s1
选择原子但不包括s1中的
selectsidechains,!
bb
s1ands2
s1&
s2
选择既在s1又在s2中的原子
selectfar_bb,bb&
farfrm_ten
s1ors2
s1|s2
选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）
selectall_prot,bb|sidechain
s1ins2
选择s1中的那些原子，其identifiers（name,resi,resn,chain,segi） 全部符合s2中对应的原子
selectsame_atom,peptinprot
s1likes2
s1l.s2
选择s1中的那些原子，其identifiers（name,resi）符合s2中对应的原子
selectsimilar_atom,peptlikeprot
s1gapX
选择那些原子，其vanderWaals半径至少和s1的vanderWaals半径相差X
selectfarfrm_ten,resi10gap5
s1aroundX
s1a.X
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有原子
selectnear_ten,resi10around5
s1expandX
s1e.X
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新的范围所包含的所有原子
selectnear_ten_x,near10expand3
s1withinXofs2
s1w.Xofs2
选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子
selectbbnearten,bbw.4ofresi10
byress1
br.s1
把选择扩展到全部residue
selectplete_res,br.bbnear10
byobjects1
bo.s1
把选择扩展到全部object
selectnear_o
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