分子生物学常用基本词汇表Word下载.docx
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基本的局部比对搜索工具（Blast）
一种常用的序列数据库搜索工具。
blottingandhybridization
印迹和杂交
将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。
bootstraptest
自举检验
对置信程度进行量化的检验。
branchandboundmethod
分支约束法
一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。
branches
分支
在系统发生树中，通过分支连接两个节点。
C
C（Cytosine）
胞嘧啶
作为碱基的两种嘧啶中的一种。
CAATbox
CAAT盒
大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为C-A-A-T，通常出现在转录起始位点上游80个核苷酸的地方。
许多因子可以与CAAT盒结合。
carboxyterminus
羧基端
在多肽链中，含有羧酸基团（—COOH）的分子端，对应于基因的3'
-端。
cDNA（ComplementaryDNA）
cDNA（互补DNA）
通过逆转录酶从RNA模板合成的DNA。
cDNAlibrary
cDNA文库
从mRNA序列中产生的所有DNA序列的集合。
这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA（基因）。
centraldogma
中心法则
从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（DNA?
RNA?
protein）。
character
特征
在系统发生树中，具有有限状态数的特征。
chargedaminoacid
带电氨基酸
在一定的生物pH值下，带有正电或负电的氨基酸。
chromatin
染色质
在真核生物细胞核内部由大量DNA以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。
chromosome
染色体
在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。
在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。
clone
克隆
无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。
family
家族
在整个长度范围内有多于50％的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。
fold
折叠
通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。
fourfolddegeneratesite
四重简并位点
指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。
G
G（Guanine）
G（鸟嘌呤）
两种嘌呤中的一种。
gappenalty
空位罚分
为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减分的操作。
gaps
空位
在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。
GCcontent
GC含量
在DNA序列中，核苷酸G、C的组成相对于A、T的比例。
gelelectrophoresis
凝胶电泳
指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。
gene
基因
DNA或RNA中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；
一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。
genecontent
基因内容
一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因内容。
geneexpression
基因表达
利用存储在DNA中的信息来合成RNA分子，进而生成相应蛋白质的过程。
geneidentification
基因识别
利用各种方法识别基因组中的基因序列。
geneontology
基因本体论
关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。
geneorder
基因次序
基因在染色体上的排列顺序。
genetree
基因树
基于同源基因分析得到的系统发生树。
geneticmap
遗传图谱
以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。
genome
基因组
一个生物体全部遗传物质的总和。
genomics
基因组学
研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。
genomiclibrary
基因文库
包含有基因组DNA插入的克隆片段集合。
genotype
基因型
一个个体或群体全部或部分的基因组成。
globalalignment
全局比对
在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。
GU-AGrule
GU－AG规则
这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是RNA内含子序列5'
端的起始两个核苷酸总是5'
-GU-3'
，并且其3'
端的最后两个核苷酸总是5'
-AG-3'
。
H
hairpinturn
发夹环
在RNA链中自身反转允许形成分子内碱基配对的位置。
Hashtable
Hash表
一种数据结构，可以存储多个数值；
不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数，hash表可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。
HiddenMarkovModels（HMM）
隐马尔柯夫模型（HMM）
在序列分析中常用的一种数学模型。
heterochromatin
异染色质
指转录停滞、紧密包裹着的染色质；
和高度DNA甲基化以及低度的组蛋白乙酰化有关。
heuristicmethods
启发式方法
反复试验，利用经验解决问题的一种方法。
homologs
同源序列
具有公共祖先的序列。
horizontalgenetransfer
基因水平转移
基因从一个物种传递到另一个物种的过程。
虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。
HumanGenomeProject,HGP
人类基因组计划
通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图谱。
housekeepinggene
管家基因
发育过程中在任何时间、在任何器官都高度表达的基因。
H-P（hydrophobic-polar）model
H-P（疏水极性）模型
以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。
hydrogenbonding
氢键
由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。
hydrophilic
亲水的
很容易在水性溶剂中溶解；
字面上理解，就是和水易处的。
hydrophobic
疏水的
难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。
hydrophobicaminoacid
疏水氨基酸
含有一个全部由碳和氢组成的R基团的氨基酸；
它不可能和水分子形成氢键
hydrophobiccollapse
疏水折叠
将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。
I
indel
插入或删除
插入或删除。
inferredancestor25
推断祖先
通过系统发生树推断而得到的祖先。
inferredtree
推断树
对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的描述，是它们真正关系的一个近似。
informative
有信息（位点）
在简约性分析中的提供有用信息位点；
与此对应的是无信息位点。
ingroup
内群（或内部物种）
一个物种或一个分歧不大的物种系列；
与此相对应的是外群。
Inhibitor
抑制剂
任何可以降低酶促反应速度的物质。
initiationcomplex
起始复合物
一系列自身相互作用的转录因子形成复合体，作用与一个基因的启动子区域，从而促进基因的转录启动。
initiator（Inr）sequence
起始序列
真核基因中与转录起始位点密切相关的核苷酸；
在人类中，该一致序列是5'
-YYCARR-3'
insertionsequence
插入序列
指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的转座子元件；
当被插入到一个基因中，它将破坏其正常的结构以及基因的功能。
internalnode
内部节点
在一棵系统发生树中，不对应真正数据的节点，这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖先。
intrinsicterminator
固有终止子
在原核生物中终止转录的特殊信号；
指在新转录的RNA中可以形成二级结构的核苷酸序列，其后跟随一串尿嘧啶。
intron
内含子
在剪切时被切除的内部序列；
出现在真核基因的初级转录物（hnRNAs）中，而不是在mRNA中。
isochores
等值区
在真核基因组中具有相似碱基比例的区域。
J
junkDNA
垃圾DNA
没有意义的DNA序列；
也指那些目前还不知道其作用的序列。
K
kilobase（kb）
千碱基
DNA序列的长度单位，1000个碱基为1kb。
L
leadcompound
先导化合物
指在药物设计中一个可行的候选分子。
LINE
长散布（核）元件。
linkagemap
连锁图谱
见“遗传图谱”。
localalignment
局部比对
一种寻找匹配子序列的序列比对方法。
lockandkeyapproach
锁-钥方法
两个对接分子的构象被固定的对接方法。
logoddsmatrix
对数几率矩阵
矩阵元素是每一个字符替换概率的对数的矩阵。
M
matchscore
匹配得分
序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。
maximumlikelihoodapproach
最大似然法
指在一系列的序列比对中，考虑每一个字符被替代的概率的一种系统发生学方法；
也是一种基于纯统计的系统发生重建方法。
methylation
甲基化
一个甲基（—CH3）附着在一个核苷酸的含氮碱基或者蛋白质上。
microarray
微阵列
在一个固体基片上的已知位置固定了DNA探针的有序阵列。
microsatellite
微卫星
在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，例如串接出现5'
-CA-3'
的重复序列；
通常在个体间变化很大。
MIAME（theminimuminformationaboutamicroarrayexperiment）
微阵列实验的最小信息
为了实现微阵列数据共享和交流而制定的数据存储标准。
minisatellite
小卫星
指在基因组中长度从5个碱基对到几十个碱基对重复序列串连出现的区域；
在个体间变化可能很大。
mismatchscore
失配打分
在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时所赋予的罚分。
molecularclock
分子钟
这是一个有争议性的假设，指对于所有的进化谱系，任何一段给定的DNA序列以相同的速率突变。
molecularclones
分子克隆
指一段DNA序列的多数相同拷贝，一般地在例如质粒或病毒等载体中进行，使得它们可以在细菌培养物中生存并传播。
moleculargraphics
分子图形学
分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结合，使得分子模型化方法取得成功。
molecularmodeling
分子模型化
分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术。
MonteCarloalgorithm
MonteCarlo算法
一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将能量最小作为评价一般解的方法。
motif
序列模式
指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片段。
multiplesequencealignment
多重序列比对
三个或更多条序列的比对。
mutation
突变
由于DNA复制或者修复错误导致核苷酸序列发生的变化；
严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发生的变化。
N
nativestructure
天然结构
在一个活细胞内，特定的蛋白质通常折叠成的唯一结构。
naturalselection（selection）
自然选择
个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子代的差异现象；
导致等位基因频率改变的进化。
nearestneighborclassifier
最近邻分类法
一种根据物体特征相似性对它们进行分类的一种统计学方法。
negativeregulation
负调控
可以阻止基因转录发生的调控
neighbor-joiningmethod
邻近归并法
一种聚类方法，在聚类之前，所有对象以单个节点表示，然后逐步合并相邻节点。
nucleotide
核苷酸
核酸分子的基本单位，其组成方式为碱基-戊糖-磷酸。
neuralnetwork
神经网络
一种可以通过学习来仿效一些神经元的功能计算机程序；
能够用来根据统计相似性预测数据集的特定属性。
neutralmutation
中性突变
不影响生物适应性的突变。
NMR
NMR核磁共振
用于解析蛋白质结构的技术。
nodes
节点
在一棵系统发生树中，以节点代表一个分类单元（物种、序列）。
nondegeneratesite
非简并位点
突变总是导致蛋白质氨基酸序列发生替换的密码子位置。
nonsynonymoussubstitution
异义替换
可以使氨基酸发生变化的密码子中核苷酸的替换。
O
openreadingframe（ORF）
开放阅读框（ORF）
一段由密码子组成的核苷酸序列，在相同阅读框中没有终止密码子出现。
operatorsequence
操纵子序列
原核生物调控蛋白结合的与基因启动子相关的一段核苷酸序列。
operon
操纵子
包含有结构基因和调控元件、在转录中产生mRNA分子的一组相关的基因。
originationpenalty
起始罚分
用来评估一系列新空位的罚分；
序列比对中空位罚分的一部分。
orthologs
直向（直系）同源物
那些具有相似性的序列，由于物种形成事件而使得它们从一个祖先序列独立进化。
outgroup
外群（外部参考物种）
指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物种。
P
PAMunit
PAM单位
一种进化单位；
特别地，指被观察的对象中每100个残基发生一个替换所需要的平均进化时间。
PairwiseSequenceAlignment
序列两两比对
对两条序列进行编辑操作，通过字符匹配和替换，或者插入和删除字符，使得两条序列达到一样的长度，并使两条序列中相同的字符尽可能地一一对应。
paralogs
共生（旁系）同源物
那些具有相似性的序列，它们都是被复制的祖先基因的后裔。
parsimony
简约性
指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程
patterndiscriminationanalysis
模式判别分析
是一种统计方法，主要根据观察到的一个或多个序列模式来对序列进行分类。
physicalmap
物理图谱
关于基因组中特异性序列排列和间距的信息，建立物理图谱实际上是为全基因组测序建立“路标”，是测序的前一步工作。
peptide
肽
一条含有多个氨基酸的链。
peptidebond
肽键
在肽连接中碳氮之间的共价键。
pharmacogenomics
药物基因组学
一门利用个体的遗传信息获取最好的药物疗效，同时具有最小副作用的研究领域
phenotype
表型
生物体由于和其基因型和环境相互作用而产生的可见属性。
phosphodiesterbond
磷酸二酯键
连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个的脱氧核糖的共价键。
phylogenetictree
系统发生树
对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关系的图形化表示。
pointacceptedmutation（PAM）
点接受突变（PAM）
指被自然选择接受的突变。
polaraminoacid
极性氨基酸
通常指侧链上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氢键的氨基酸。
polarbond
极性键
在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分子之间发生的相互作用。
polyadenylation
多聚腺苷酸化
指用一个基因核苷酸序列中不被读出的一段长约250个碱基A组成的序列替代真核hnRNA3'
端的过程。
polycistronic
多顺反子
包含多个基因的遗传信息（顺反子）。
polymerasechainreaction
聚合酶链反应
一种在体外快速、大量地合成给定DNA片段的技术，首先将双链DNA分离成两个互补的单链，再用DNA聚合酶将每一个单链合成双链，如此重复下去。
Polynucleotide
多核苷酸
一条核苷酸的聚合链；
DNA或RNA分子。
polypeptide
多肽
一条氨基酸的聚合链；
蛋白质。
position-specificscoringmatrix
位置特异性打分矩阵
一个矩阵，矩阵中的每一个数表示某个特定的氨基酸占据多序列比对中某个位置的频率。
positiveregulation
正调控
一个调控蛋白的结合使得RNA聚合酶更容易启动转录的情况。
primarystructure
一级结构
组装成蛋白质的氨基酸序列。
PrincipalComponentAnalysis，PCA
主成分分析
是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法，它可以从多元事物中解析出主要影响因素，揭示事物的本质，简化复杂的问题。
probe
探针
一块被标记的可以特异性和感兴趣的分子发生相互作用的DNA（或RNA或抗体）。
promotersequence
启动子序列
指和一个基因相关联的可以被RNA聚合酶识别的序列。
proteinbackbone
蛋白质骨架
多肽链中的非侧链原子。
proteinelectrophoresis
蛋白质电泳
根据蛋白质的基本特征（如大小、带电性）在电场下分离并比较蛋白质的方法
proteinsequencing
蛋白质测序
对给定蛋白质的氨基酸进行测序的过程；
通常根据Edman方法，每次从多肽的羧基端移走一个氨基酸。
proteinthreading
蛋白质结构预测线索法
首先假设多肽的构象，然后根据得到的结构计算出其能量的方法。
通过计算各种已知结构的能量，可以得出与给定蛋白质序列最符合的构象。
因为该结构是假设的而不是计算出来的，所以线索法有时指的就是“反向蛋白质折叠”。
proteome
蛋白质组
一个生物体的所有蛋白质总和。
Proteomics
蛋白质组学
蛋白质组学是研究细胞内所有蛋白质及其动态变化规律的科学。
pseudogene
伪基因
发生突变之后失去功能以及转录活性的基因。
pseudoknot
伪结
当环内的碱基和环外的碱基形成配对的时候就是一个假结体；
RNA结构中最难预测的类型。
purine
嘌呤
碱基具有双环结构的核苷酸；
通常指鸟嘌呤和腺嘌呤。
pyrimidine
嘧啶
碱基具有单环结构的核苷酸；
通常指胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶。
Q
quaternarystructure
四级结构
当若干个多肽相互结合时分子内部发生的相互作用；
相互作用的蛋白质形成的整体结构。
R
readingframe
阅读框
在蛋白质编码基因中，以起始密码子开始、终止密码子结束的一段线性密码子序列。
regulatory
调控
在特定的条件下允许或阻止一个基因的表达；
对应于结构蛋白。
residue
残基
作为多肽链一部分的氨基酸；
在关于蛋白质或肽的语境中，残基通常指氨基酸
restrictionenzymes
限制性（内切）酶
指在它们遇到特定的核苷酸序列的时候
升级会员 