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dCTP

467

9300

0.98

dGTP

dTTP

482

267

9600

0.71

2.常用核酸的长度与分子量

核酸

核苷酸数

λDNA

48502(双链环状)

3.0×

107

pBR322

4363(双链)

2.8×

106

28SrRNA

4800

1.6×

23SrRNA

3700

1.2×

18SrRNA

1900

6.1×

105

19SrRNA

1700

5.5×

5SrRNA

120

3.6×

104

tRNA(大肠杆菌)

75

2.5×

3.常用核酸蛋白换算数据

  

(1)重量换算  1μg=10-6g     1pg=10-12g  1ng=10-9g     1fg=10-15g  

(2)分光光度换算:

  1A260双链DNA=50μg/ml  1A260单链DNA=30μg/ml  1A260单链RNA=40μg/ml  (3)DNA摩尔换算:

  1μg100bpDNA=1.52pmol=3.03pmol末端  1μgpBR322DNA=0.36pmol  1pmol1000bpDNA=0.66μg  1pmolpBR322=2.8μg  1kb双链DNA(钠盐)=6.6×

105道尔顿  1kb单链DNA(钠盐)=3.3×

105道尔顿  1kb单链RNA(钠盐)=3.4×

105道尔顿  (4)蛋白摩尔换算:

  100pmol分子量100,000蛋白质=10μg  100pmol分子量50,000蛋白质=5μg  100pmol分子量10,000蛋白质=1μg  氨基酸的平均分子量=126.7道尔顿  (5)蛋白质/DNA换算:

  1kbDNA=333个氨基酸编码容量=3.7×

104MW蛋白质  10,000MW蛋白质=270bpDNA  30,000MW蛋白质=810bpDNA  50,000MW蛋白质=1.35kb  100,000MW蛋白质=2.7kbDNA

4.常用蛋白质分子量标准参照物

(1)高分子量标准参照

(2)中分子量标准参照

(3)低分子量标准参照

肌球蛋白

磷酸化酶B

97,400

碳酸酐酶

31,00

212,000

牛血清白蛋白

66,200

大豆脻蛋白酶

21,500

β-半乳糖甘酶B

116,000

谷氨酶脱氢酶

55,000

抑制剂

卵白蛋白

42,700

马心肌球蛋白

16,900

醛缩酶

40,000

溶菌酶

14,400

过氧化氢酶`

57,000

31,000

肌球蛋白(F1)

8,100

肌球蛋白(F2)

6,200

肌球蛋白(F3)

2,500

5.常用DNA分子量标准参照物

λDNA/HindⅢ

λDNA/EcoRⅠ

λ/HindⅢ+EcoRⅠ

pBR322/HaeⅢ

23130

21226

21227

587

123

9416

7421

5148

405

6557

5804

4973

504

89

4361

5643

4268

458

80

2322

4843

3530

434

64

2027

57

564

1904

234

51

125

1584

213

21

1375

192

18

974

184

11

831

124

7

常用抗生素溶液

抗生素

贮存液a

工作浓度

浓度

保存条件

严紧型质粒

松弛型质粒

氨苄青霉素

50mg/ml(溶于水)

-20℃

20μg/ml

60μg/ml

羧苄青霉素

氯霉素

34mg/ml(溶于乙醇)

25μg/ml

170μg/ml

卡那霉素

10mg/ml(溶于水)

10μg/ml

50μg/ml

链霉素

四环素b

5mg/ml(溶于乙醇)

  a:

以水为溶剂的抗生素贮存液通过0.22μm滤器过滤除菌。

以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。

所有抗生素溶液均应放于不透光的容器保存。

  b:

镁离子是四环素的拮抗剂,四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基(如LB培养基)。

  五、常用贮存液的配制  1.30%丙烯酰胺溶液  【配制方法】  将29g丙烯酰胺和1gN,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为60ml的水中。

加热至37℃溶解之,补加水至终体积为100ml。

用Nalgene滤器(0.45μm孔径)过滤除菌,查证该溶液的pH值应不大于7.0,置棕色瓶中保存于室温。

  【注意】  丙烯酰胺具有很强的神经毒性并可以通过皮肤吸收,其作用具累积性。

称量丙烯酰胺和亚甲双丙烯酰胺时应戴手套和面具。

可认为聚丙烯酰胺无毒,但也应谨慎操作,因为它还可能会含有少量未聚合材料。

  一些价格较低的丙烯酰胺和双丙烯酰胺通常含有一些金属离子,在丙烯酰胺贮存液中加入大约0.2体积的单床混合树脂(MB-1Mallinckrodt),搅拌过夜,然后用Whatman1号滤纸过滤以纯化之。

  在贮存期间,丙烯酰胺和双丙烯酰胺会缓慢转化成丙烯酰和双丙烯酸。

  2.40%丙烯酰胺  【配制方法】  把380g丙烯酰胺(DNA测序级)和20gN,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为600ml的蒸馏水中。

继续按上述配制30%丙烯酰胺溶液的方法处理,但加热溶解后应以蒸馏水补足至终体积为1L。

  【注意】  见上述配制30%丙烯酰胺的说明,40%丙烯酰胺溶液用于DNA序列测定。

  3.放线菌素D溶液  【配制方法】  把20mg放线菌素D溶解于4ml100%乙醇中,1:

10稀释贮存液,用100%乙醇作空白对照读取OD440值。

放线菌素D(分子量为1255)纯品在水溶液中的摩尔消化系数为21,900,故而1mg/ml的放线菌素D溶液在440nm处的吸光值为0.182,放线菌素D的贮存液应放在包有箔片的试管中,保存于-20℃。

  【注意】  放线菌素D是致畸剂和致癌剂,配制该溶液时必须戴手套并在通风橱内操作,而不能在开放在实验桌面上进行,谨防吸入药粉或让其接触到眼睛或皮肤。

  药厂提供的作治疗用途的放线菌素D制品常含有糖或盐等添加剂。

只要通过测量贮存液在440nm波长处的光吸收确定放线菌素D的浓度,这类制品便可用于抑制自身引导作用。

  4.0.1mol/L腺苷三磷酸(ATP)溶液  【配制方法】  在0.8ml水中溶解60mgATP,用0.1mol/LNaOH调至pH值至7.0,用蒸馏水定容1ml,分装成小份保存于-70℃  5.10mol/L乙酸酰溶液  【配制方法】  把770g乙酸酰溶解于800ml水中,加水定容至1L后过滤除菌。

  6.10%过硫酸铵溶液  【配制方法】  把1g过硫酸铵溶解于终量为10ml的水溶液中,该溶液可在4℃保存数周。

  7.BCIP溶液  【配制方法】  把0.5g的5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸二钠盐(BCIP)溶解于10ml100%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃  8.2×

BES缓冲盐溶液  【配制方法】  用总体积90ml的蒸馏水溶解1.07g盐溶液BES[N,N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸]、1.6gNaCl和0.027gNa2HPO4,室温下用HCl调节 该溶液的pH值至6.96、然后加入蒸馏水定容至100ml,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成小份,保存于-20℃。

  9.1mol/LCaCl2溶液  【配制方法】  在200ml蒸馏水中溶解54gCaCl2·

6H2O,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成10ml小份贮存于-20℃。

  【注意】  制备感受态细胞时,取出一小份解冻并用蒸馏水稀释至100ml,用Nalgene滤器(0.45μm孔径)过滤除菌,然后骤冷至0℃。

  10.2.5mol/LCaCl2溶液  【配制方法】  在20ml蒸馏水中溶解13.5gCaCl2·

6H2O,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。

  11.1mol/L二硫苏糖醇(DTT)溶液  【配制方法】  用20ml0.01mol/L乙酸钠溶液(pH5.2)溶解3.09gDTT,过滤除菌后分装成1ml小份贮存于-20℃。

  【注意】  DTT或含有DTT的溶液不能进行高压处理。

  12.脱氧核苷三磷酸(dNTP)溶液  【配制方法】  把每一种dNTP溶解于水至浓度各为100mmol/L左右,用微量移液器吸取0.05mol/lTris碱分别调节 每一dNTP溶液的pH值7.0(用pH试纸检测),把中和后的每种dNTP溶液各取一份作适当稀释,在下表中给出的波长下读取光密度计算出每种dNTP的实际浓度,然后用水稀释成终浓度为50mmol/L的dNTP,分装成小份贮存于-70℃。

碱基

波长(nm)

消化系数(ε)[L/(mol·

cm)]

A

1.54×

G

1.37×

C

9.10×

103

T

260

7.40×

  比色杯光径为1cm时,吸光度=εM  13.0.5mol/lEDTA(pH8.0)溶液  【配制方法】  在800ml水中加入186.1g二水乙二胺四乙酸二钠(EDTA-Na·

2H2O),在磁力搅拌器上剧烈搅拌,用NaOH调节 溶液的pH值至8.0(约需20gNaOH颗粒)然后定容至1L,分装后高压灭菌备用。

  【注意】  EDTA二钠盐需加入NaOH将溶液的pH值调至接近8.0,才能完全溶解。

  14.溴化乙锭(10mg/ml溶液)  【配制方法】  在100ml水中加入1g溴化乙锭,磁力搅拌数小时以确保其完全溶解,然后用铝箔包裹容器或转移至棕色瓶中,保存于室温。

  【注意】  小心:

溴化乙锭是强诱变剂并有中度毒性,使用含有这种染料的溶液时务必戴上手套,称量染料时要戴面罩。

  15.2×

HEPES缓冲盐溶液  【配制方法】  用总量为90ml的蒸馏水溶解1.6gNaCl、0.074gKCl、0.027gNa2PO4·

2H2O、0.2g葡聚糖和1gHEPES,用0.5mol/lNaOH调节 pH值至7.05,再用蒸馏水定容至100ml。

用0.22μm滤器过滤除菌,分装成5ml小份,贮存于-20℃。

  16.IPTG溶液  【配制方法】  IPTG为异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(分子量为238.3),在8ml蒸馏水中溶解2gIPTG后,用蒸馏水定容至10ml,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。

  17.1mol/L乙酸镁溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解214.46g四水乙酸镁,用水定容至1L过滤除菌。

  18.1mol/LMgCl2溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解203.4gMgCl2·

6H2O,用水定容至1L,分装成小份并高压灭菌备用。

  【注意】  MgCl2极易潮解,应选购小瓶(如100g)试剂,启用新瓶后勿长期存放。

  19.β-巯基乙醇(BME)溶液  【配制方法】  一般得到的是14.4mol/L溶液,应装在棕色瓶中保存于4℃。

  【注意】  BME或含有BME的溶液不能高压处理。

  20.NBT溶液  【配制方法】  把0.5g氯化氮蓝四唑溶解于10ml70%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃。

  21.酚/氯仿溶液  【配制方法】  把酚和氯仿等体积混合后用0.1mol/LTris·

HCl(pH7.6)抽提几次以平衡这一混合物,置棕色玻璃瓶中,上面覆盖等体积的0.01mol/lTris·

HCl(pH7.6)液层,保存于4℃。

  【注意】  酚腐蚀性很强,并可引起严重灼伤,操作时应戴手套及防护镜,穿防护服。

所有操作均应在化学通风橱中进行。

与酚接触过的部位皮肤应用大量的水清洗,并用肥皂和水洗涤,忌用乙醇。

  22.10mmol/L苯甲基磺酰氟(PMSF)溶液  【配制方法】  用异丙醇溶解PMSF成1.74mg/ml(10mmol/L),分装成小份贮存于-20℃。

如有必要可配成浓度高达17.4mg/ml的贮存液(100mmol/L)。

  【注意】  PMSF严重损害呼吸道粘膜、眼睛及皮肤,吸入、吞进或通过皮肤吸收后有致命危险。

一旦眼睛或皮肤接触了PMSF,应立即用大量水冲洗之。

凡被PMSF污染的衣物应予丢弃。

  PMSF在水溶液中不稳定。

应在使用前从贮存液中现用现加于裂解缓冲液中。

PMSF在水溶液中的活性丧失速率随pH值的升高而加快,且25℃的失活速率高于4℃。

pH值为8.0时,20μmmol/lPMSF水溶液的半寿期大约为85min,这表明将PMSF溶液调节 为碱性(pH>

8.6)并在室温放置数小时后,可安全地予以丢弃。

  23.磷酸盐缓冲溶液(PBS)溶液  【配制方法】  在800ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl、1.44gNa2HPO4和0.24gKH2PO4,用HCl调节 溶液的pH值至7.4加水定容至1L,在15lbf/in2(1034×

105Pa)高压下蒸气灭菌20min。

保存于室温。

  24.1mol/L乙酸钾(pH7.5)溶液  【配制方法】  将9.82g乙酸钾溶解于90ml纯水中,用2mol/L乙酸调节 pH值至7.5后加入纯水定容到1L,保存于-20℃。

  25.乙酸钾溶液(用于碱裂解)  【配制方法】  在60ml5mol/L乙酸钾溶液中加入11.5ml冰乙酸和28.5ml水,即成钾浓度为3mol/L而乙酸根浓度为5mol/L的溶液。

  26.3mol/L乙酸钠(pH5.2和pH7.0)溶液  【配制方法】  在80ml水中溶解408.1g三水乙酸钠,用冰乙酸调节 pH值至5.2或用稀乙酸调节 pH值至7.0,加水定容到1L,分装后高压灭菌。

  27.5mol/LNaCl溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解292.2gNaCl加水定容至1L,分装后高压灭菌。

  28.10%十二烷基硫酸钠(SDS)溶液  【配制方法】  在900ml水中溶解100g电泳级SDS,加热至68℃助溶,加入几滴浓盐酸调节 溶液的pH值至7.2,加水定容至1L,分装备用。

  【注意】  SDS的微细晶粒易扩散,因此称量时要戴面罩,称量完毕后要清除残留在称量工作区和天平上的SDS,10%SDS溶液无须灭菌。

  29.20×

SSC溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解175.3gNaCl和88.2g柠檬酸钠,加入数滴10mol/lNaOH溶液调节 pH值至7.0,加水定容至1L,分装后高压灭菌。

  30.20×

SSPE溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解17.5gNaCl、27.6gNaH2PO4·

H2O和7.4gEDTA,用NaOH溶液调节 pH值至7.4(约需6.5ml10ml/LNaOH),加水定容至1L,分装后高压灭菌。

  31.100%三氯乙酸溶液  【配制方法】  在装有500gTCA的瓶中加入227ml水,形成的溶液含有100%(M/V)TCA。

  32.1mol/LTris溶液  【配制方法】  在800ml水中溶解121.91gTris碱,加入浓HCl调节 pH值至所需值。

  pH   HCl  7.4  70ml  7.6  60ml  8.0  42ml  应使溶液冷至室温后方可最后调定pH值,加水定容至1L,分装后高压灭菌。

  【注意】  如1mol/L溶液呈现黄色,应予丢弃并置备质量更好的Tris。

  尽管多种类型的电极均不能准确测量Tris溶液的pH值,但仍可向大多数厂商购得合适的电极。

  Tris溶液的pH值因温度而异,温度每升高1℃,pH值大约降低0.03个单位。

例如:

0.05mol/L的溶液在5℃、25℃、和37℃时的pH值分别为9.5、8.9和8.6。

  33.Tris缓冲盐溶液(TBS)(25mmol/lTris)  【配制方法】  在800ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl和3gTris碱,加入0.015g酚并用HCl调至pH值至7.4,用蒸馏水定容至1L,分装后在151bf/in2(1.034×

105Pa)高压下蒸汽灭菌20min,于室温保存。

  34.X-gal溶液  【配制方法】  X-gal为5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D半乳糖苷。

用二基甲酰胺溶解X-gal配制成的20mg/ml的贮存液。

保存于一玻璃管或聚丙烯管中,装有X-gal溶液的试管须用铝箔封裹以防因受光照而被破坏,并应贮存于-20℃。

X-gal溶液无须过滤除菌。

  杂交试验中用于降低背景的封闭剂

试剂

用途

Denhardt试剂

Northern杂交

使用RNA探针的杂交

单拷贝序列的Southern杂交

将DNA固定于尼龙膜上的杂交

Denhardt试剂通常配制50×

贮存液,过滤后保存于-20℃。

可将该贮存液10倍稀释于预杂交液(常为含有0.5%SDS和100μg/ml经变性被打断的鲑精DNA的6×

SSC或6×

SSPE)中。

50×

Denhardt液中含5g聚蔗糖(Ficoll,400型,Pharmacia)、5g聚乙烯吡咯烷酮和5g牛血清白蛋白(组分V”Sigmal),加水至终体积为500ml。

BLOTTO

Grunstein-Hogness杂交

Benton-Davis杂交

除单拷贝序列Southern杂交以外的所有Southern杂交

斑点印迹

BLOTT(牛乳转移技术优化液,BovineLactoTransferTechniqueOptimizer),是含5%胶脂奶粉和0.02%叠氮钠的水溶液,应保存于4℃。

使用前可用预杂交液稀释25倍。

BLOTTO不应与高浓度的SDS并用,因为后者会导致牛奶中蛋白质析出。

如果杂交背景不合要求,可在杂交液中加入NP-40至终浓度为1%。

BLOTTO不能用作Northern杂交的封闭剂,因为这一封闭剂中可能含有RNA酶,其活性之高使人无法接受。

注意:

叠氮钠有毒性,取用时需戴手套小心操作。

含叠氮钠的溶液应予明确标记。

肝素

Southern杂交

原位杂交

肝素(SigmaH-7005,从猪中提取的二级产品或相当等级的产品)用4×

SSPE或4×

SSC溶解配制成50mg/ml的浓度,保存于4℃。

肝素在含有葡聚糖硫酸酯的杂交液中用作封闭剂的浓度为500μg/ml,在不含葡聚糖硫酸酯的杂交液中的浓度为50μg/ml。

经变性并被打断的鲑精DNA

southern和Northern杂交

把鲑鱼精子DNA(Sigma,Ⅲ,盐钠)溶解于水配制成10mg/ml的浓度,必要时于室温磁力搅拌2~4h助溶。

把溶液中NaCl的浓度调至0.1mol/L,并用酚和酚/氯仿各抽提一次,回收水相。

合DNA溶液快速通17号皮下注射针头12次,以剪切DNA。

加入2倍体积用冰预冷的乙醇沉淀DNA。

离心回收DNA并重溶于水,配制成10mg/ml的浓度,测定溶液的OD260值并计算出精确的DNA浓度,然后煮沸10min,分装成小份保存于-20℃。

使用前置沸水浴中加热5min,然后迅速在冰浴中骤冷。

预杂交液中应含有100μg/ml经变性并被打断的鲑鱼精子DNA

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