genemapper微卫星分析中文操作指南Word文件下载.docx
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Analysis
Parameters
软件中分析样品所使用的特定设置;
用于计算片段大小和基因
型,这些特定设置包括analysismethod,sizestandard和panel
bin
在marker内设定等位基因的片段大小和颜色
binset
等位基因特定实验条件下一组bin
marker
微卫星标记,通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度
进行设定
panel
Marker组合
kit
panel组合
一.设定微卫星分析方法:
1.登录GeneMapper软件:
1.1选择开始--AllPrograms--AppliedBiosystems--GeneMapper--GeneMapper;
或双击桌面快捷方式打开软件;
1.2登录GeneMapper软件:
用户名默认为gm,在Passwprd中输入密码,点击OK进入GeneMapper软件
2创建分析所需kit、panel和marker等参数:
点击软件上方工具栏Tools,选择PanelManager;
在PanelManager对话框中,选中1PanelManager,点击2新建Kit;
于NewKit对话框中依次输入Kit名称,Kit类型,并点击OK保存设置;
在PanelManager对话框中,选中1STRKIT,点击2新建Panel;
3中输入Panel名称;
选中1STRpanel,点击2新建Marker,在3位置依次输入MarkerName(Marker名称),DyeColor(荧光标记种类),MinSize,MaxSize(片段最小值和最大值),MarkerRepeat(重复次数);
2.5重复步骤,完成所有Marker设置,点击OK保存;
3.创建新文件,导入数据:
3.1点击1新建文件夹,在2ProjectType中文件夹类型选择Microsatellite,点击OK;
导入数据:
点击1AddSamplesToProject添加数据,在弹出的对话框中选择待分析数据,通过3AddToList添加到右边的面板中,点击4Add完成数据添加;
4.设置分析参数:
完成数据添加后,在1位置,AnalysisMethod中选择NewAnalysisMethod新建分析方法;
在弹出的对话框中选择分析类型2Microsatellite,点击OK确认;
设置分析参数:
在AnalysisMethodEditor中,点击1General,填写2Name(分析方法名称);
之后点击3Allele,在将4BinSet选择none;
其它参数为软件默认,不需要修改;
点击OK确认;
选定好之前设定的分析方法,在后续的栏目中设定Panel和SizeStandard(分子量内标);
完成分析参数设定后,选中AnalysisMethod,Panel和SizeStandard栏目,点击1File,选择2FillDown;
此时,AnalysisMethod,Panel和SizeStandard栏目会使用之前选定的分析参数;
也可以使用鼠标分别选择;
保存分析文件:
点击File,选择SaveProject,输入文件夹名称:
5.执行初始分析:
点击分析按钮1,分析数据:
在1Genotypes中查看初步分析结果,或通过2DisplayPlots选项查看样品分型图:
在样品分型图界面中,PlotSetting选择MicrosatelliteDefault;
通过软件上方的快捷按钮编辑数据显示方式:
6创建BinSet:
打开Tools—PanelManager,选中1STRKit,点击2新建BinSet,在弹出的NewBinSet对话框3中输入BinSet名称:
添加参考数据:
确保1BinSet已选择新建的BinSet,选中2STRPanel,此时会显示出之前新建的每个Marker,点击3AddReferenceData添加参考数据;
在AddMicrosatelliteReferenceData对话框中,选择1参考数据,通过2AddToList添加至右面的面板中,点击3Add,完成添加:
生成BinSet:
完成参考数据添加后,点击1AutoBin,之后使用软件默认参数,点击2OK,自动生成BinSet:
编辑BinSet:
分别选中每个Marker1查看其对应的Bin,选中2Bin,右键进行Bin的编辑或者删除,也可通过软件3处的快捷图标进行Bin的编辑;
完成后点击OK生成BinSet;
二.分析并检查结果:
1.编辑分析方法:
点击软件上方快捷图标1AnalysisMethodEditor,将Allele中的2BinSet修改为之前新建的BinSet,其他参数保持默认,点击OK;
2.点击分析按钮再次分析数据,通过Genotypes查看分型结果,或选中数据通过DisplayPlots查看样品分型图;
选中需要查看的数据,否则无法查看SamplesPlot:
查看样品分型图:
三.打印并导出数据(可选):
1.在View中选择不同的界面(Samples,Genotypes等),再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据:
2.在Analysis中选择不同的界面(DisplayPlots,ReportManager等),再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据: