完整word版HiC标准分析和高级分析内容对应图219文档格式.docx
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2.测序序列与参考基因组的比对；
3.测序Reads在全基因组的分布；
4.统计测序数据富集区域（Peak）的信息；
5.多个样品的差异分析。
ATAC—seq
2.测序序列与参考基因组的比对
5.相关基因筛选与GO功能聚类及KEGG分析；
6.Motif分析
三维基因组测序
去除接头、污染序列及低质量reads的处理
2.比对及片段分析
a）比对分析；
b）基于唯一比对reads搜索片段;
3.顺反分析
a）顺反相互作用比例
b）顺反相互作用频率
4.染色体相互作用分析
a）染色体之间的互作分析；
b）全基因组交互热图
c）染色体之内的互作分析;
5.结构分析
a）Compartment分析；
b）TAD分析.
高级分析内容及收费:
分析内容
具体分析条目
说明
备注
所需分辨率
染色
质特
征结
构鉴
定
三维结构建模
全部染色质的三维结构建模
1Mb
单条染色质的三维结构建模
提供具体需要分析的染色质数目
Loop鉴定
鉴定染色质环
10-20kb
样本间差
异相关分析
A/B
Compartmen
比较分析（一
对样本）
单条染色体A/B组分与互作展示图
100kb
单条染色体A/B组分差异图,及差异统计饼图
比较分析（多
多样本单条染色体A/B组分差异图,及差异统计图
多样本单条染色体A/B组分相关性统计展示图
TAD滑动分析
一对样本TAD边界滑动与互作矩阵展示图
40kb
分位数差减
Hi—C
一对样本差异矩阵互作热图，凸显一对样本中局部互作的差异
Z—Score差减
一对样本全基因组差异交互矩阵差减热图
一对样本中单条染色体与全局交互热图
一对样本中单条染色体内差异交互热图
Loop差异分析
不同样本Loop差异分析
差异LoopGO
注释
对单样本Loop两侧的锚定位点进行基因注释
特异LoopGO注释，检验其是否分布在特定的生物学通路或进程中。
多组
学联
合分
析
差异基因在基
因组分布
差异表达基因在基因
组中分布图
RNA-seq
Compartment
不同组分基因
表达差异
不同组分基因表达差异分布图，统计分析位于不同组分及A/B转换区域的基因表达水平
不同组分表观
遗传学修饰富
集
A/B组分及A/B转换区域中不同组分表观遗传学标记物的富集情况
A/B组分与表观遗传学标记分布图，在较大范围展示A/B组分与表观遗传学修饰的相关性
差异矩阵与多
组学联合展示
差异矩阵与多组学联合展示图，将多组学数据集中在一张图中进行展示，验证结构的改变是否与表观遗传学修饰和基因表达的关系.
TAD与
ChIP—seq联合
展示
特定区域TAD与基因表达联合展示图
TAD边界转录
因子/组蛋白修
饰富集
TAD边界转录因子/组蛋白富集图
Loop与基因表
达关联分析
特定区域Loop结构与基因表达联合展示图，在同一张图中展示Loop环状结构与转录因子/组蛋白在特定区域的结合情况
RNA—seq、
10-20kb
个性化分析（需要进行评估）：
1.指定区域进行染色体3D结构展示
2.指定区域绘制互作矩阵
3.指定区域进行A/Bcompartments可视化
4.指定区域进行互作热点分析
5.指定区域进行TAD可视化
6.数据挖掘
7.其他
1、三维结构建模（Pastis软件染色体定位，PyMOL软件进行可视化展）
图1染色体3D模拟图图2Bcompartments在染色体3D建模的空间分布图
（蓝色区域为基因组中Bcompartments所在区域，结果表明Bcompartments分布在细胞核的一极，而Acompartments在另一极富集,同时Bcompartments通常分布在核膜区域。
）
图3单条染色体上A/Bcompartments的分布
蓝色点是A/Bcompartments的分界点，结果显示A/Bcompartments具有明显分界，Acompartments独立占据在一个局域，而Bcompartments占据在另外一个区域。
2、Loopscalling鉴定（Fit-Hi—C和Homer软件）
图4Loop在染色体座位的连线图
3、A/BCompartmen比较分析（loess拟合计算理论互作强度与主成分分析（PCA））
图5染色体中A/Bcompartments的分布图
上图表示染色体区域的基因密度图,下图为根据基因密度图得到的A/Bcompartments分布图，红色代表Acompartments，蓝色代表Bcompartments.Acompartments所处区域通常具有更强的基因密度。
图6不同分化细胞A/Bcompartments对比图
图7两样本（GM/DM）间A/Bcompartments发生转换的比例图
灰色（浅灰与深灰）代表GM到DM未发生A/Bcompartments转换的比例,红色代表Bcompartments（非活跃区域）向Acompartments（活跃区域）转换的比例，蓝色代表Acompartments（活跃区域）向Bcompartments（非活跃区域）转换的比例。
4、TAD滑动分析
图8两样本TADsInsulator差异图
热图分别表示两个样品的染色质交互情况，红色短线和绿色竖线代表样品1的TADs的边界，蓝色短线代表样品2的TADs的边界,折线图分别代表两个样品的Insulationscore,阴影堆积图代表insulation的差异情况。
5、Z-Score差减Hi-C（分位数差减Hi-C）
图9样本间全基因组互作差异矩阵热图（文献中有）
MCF-10A是乳腺上皮细胞细胞系，MCF—7是乳腺癌细胞系，A、B图表示两个样本各自的全基因组交互热图，C图表示的是两个样本的差异，C图中偏红的表示在MCF-7中比MCF-10A交互强的位点，偏蓝的表示在MCF-7中比MCF-10A交互弱的位点.
图10两样本差异矩阵全局互作热图
6、Loop差异分析（其差异区域是否位于调控区域和基因区域）
图11样本间loops差异比较图
上面的环形图表示两个样本的loops在基因组中定位,下图表示差异loops。
7、差异LoopGO注释（与RNA-seq联合分析）
统计样本间差异的loops，定位这些loops两端是否是调控原件和基因位点,从而得到差异loops特异调控的基因列表，再对列表进行GO分析,考察是否在某些通路中具有富集.
图12差异loops调控基因的通路分析
8、A/BCompartment不同组分基因表达差异（与RNA-seq联合分析）
图13A/Bcompartments转换与RNA表达量的箱式图
stable表示两个样本未发生转换区域的基因;
AB表示从Acompartments转换到Bcompartments区域的基因；
BA表示Bcompartments转换到Acompartments区域的基因。
9、A/BCompartment与表观遗传学修饰富集（与ChIP—seq）（单个样，全基因组范围）
图14A/Bcompartments与ChIP—seq数据分布图
结果表明Acompartments区域具有H3K27ac,H3K36me3的富集，而BCompartments区域有H3K27me3的富集.
10、差异矩阵与多组学联合展示
图15差异矩阵与多组学联合展示图
11、TAD与ChIP-seq联合展示（TAD边界）
TADs边界的基因转录活性强于TADs内部区域，因此可将不同组蛋白修饰的ChIP—seq数据与Hi-C数据进行联合展示，来验证这一结果。
图16结构蛋白在TADs边界的富集分析图
上面热图展示的是Hi-C互作矩阵,灰色线形图为TADs的区域,下图为RNAPolII，H3K27ac及H1组蛋白的ChIP-seq结果，蓝色填充区域为TADs边界区域
12、Loop与基因表达关联分析（同7）。
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