分子生物学相关软件操作与说明_精品文档PPT课件下载推荐.ppt

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SetEnds被打开（如右）。

被打开（如右）。

5框和框和3框中键入框中键入50和和850，点击点击OK。

单击单击Open。

寻找开放读框寻找开放读框在这里，我们将确定序列中最大的在这里，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。

并翻译它。

search菜单的“查找ORF”，点击，会出现右边的对话框。

单击单击FindNextFindNext，寻找第一个寻找第一个ORFORF位置。

位置。

继续点击继续点击FindNextFindNext，183-455183-455bp的最大的最大ORFORFEditseqDNA序列翻译序列翻译选定选定ORFORF，从从GoodiesGoodies菜单中选择菜单中选择“Translate”Translate”翻译的蛋白质将出现在一新的末命名窗口。

如右所示。

下半部是一些蛋白质的序列信息Editseq序列信息查看序列信息查看现在我们要使用现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关菜单指令查看有关打开的打开的TETHIS21序列的信息序列的信息选定目的序列，点选定目的序列，点击击GOODIES菜单菜单中的中的DNAStatistics。

将出现左面的新窗将出现左面的新窗口。

口。

Editseq序列校对序列校对在完成对序列的编辑后，可通过EditSeq的校读功能，进行序列较对。

单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECH菜单，选Proof-ReadSequence。

EditseqGeneQuest可以帮助你发现和注释可以帮助你发现和注释DNA序序列的列的feature：

包括包括ORFS、转录因子结合转录因子结合位点、位点、重复序列重复序列、RNA折叠折叠、限制性内切、限制性内切酶位点等。

酶位点等。

在这一节中，我们将对已有的在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件文件“NematodeR01H10”进行操作。

进行操作。

从从GeneQuestGeneQuest开始开始GeneQuest查找重复序列查找重复序列InvertedRepeats寻找反向重复序列。

寻找反向重复序列。

DyadRepeats寻找寻找palindromes回文。

回文。

DirectRepeats寻寻找正向重复序列。

找正向重复序列。

GeneQuestRNA折叠折叠GeneQuest可以以RNA折叠形式查看序列特征。

Analysis菜单中的“foldasRNA”选项。

GeneQuestGeneQuest的其他特点的其他特点序列酶切，模仿序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大凝胶电泳判定大小；

小；

打开方法帘（打开方法帘（methodcurtain）。

）。

从从MoreMethods中选择中选择Enzymes-RestrictionMap加入方法帘。

加入方法帘。

GeneQuest从从MapDraw开始开始MapDraw工具可帮助你查找工具可帮助你查找DNA序列中的酶序列中的酶切位点，以便于下步克隆实验操作。

切位点，以便于下步克隆实验操作。

根据实验设计、分析和实验结果展示需要的不根据实验设计、分析和实验结果展示需要的不同，同，MapDraw可以制作可以制作6种类的酶切图。

从简种类的酶切图。

从简单的线性图到有注释的环形图，单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列读框及其翻译结果。

位点的同时，还可以同时展示序列读框及其翻译结果。

MapDraw新酶切图制作新酶切图制作以组氨酸以组氨酸DNA序列序列“tethis21.seq”为例。

首先我们寻为例。

首先我们寻找能够切割组氨酸找能够切割组氨酸DNA序列的酶切位序列的酶切位点。

点。

从文件菜单选择从文件菜单选择“open”,打开如右打开如右所示窗口（点线图）所示窗口（点线图）MapDraw其它酶切图表示方法其它酶切图表示方法如如右所右所示，是一种酶示，是一种酶切结果的环形展示图。

切结果的环形展示图。

另有：

工作表形式工作表形式线性小地图线性小地图线性图线性图ORFMapMapDrawMapDraw的的延伸功能延伸功能酶切位点按位置排序酶切位点按位置排序按酶的降序排序按酶的降序排序按酶切频率排序按酶切频率排序缺失酶切位点缺失酶切位点单一酶切位点单一酶切位点MapDraw从从MegAlign开始开始MegAlign可进行可进行DNA和蛋白质序列的双和蛋白质序列的双序列比较和多序列比较序列比较和多序列比较（multiplealigment）。

根据多序列比较根据多序列比较（multiplealigment）的队的队列列（aligment）结果，可制作进化树结果，可制作进化树（Phylogenetictrees）。

有关序列距离的数据和残基替代情况，有关序列距离的数据和残基替代情况，可以容易地作成表格。

可以容易地作成表格。

MegAlign两种基本方法两种基本方法MegAlign提供两种基本的队列方法：

配提供两种基本的队列方法：

配对比较（双序列比较）和多序列比较。

对比较（双序列比较）和多序列比较。

“配对比较配对比较”可以比较任何可以比较任何2个选定序列个选定序列的相似性，而的相似性，而“多序列比较多序列比较”对输入到对输入到工作台中的所有序列进行比较分析。

工作台中的所有序列进行比较分析。

MegAlign创建队列文件创建队列文件从文件菜单，选从文件菜单，选EnterSequences打开打开EnterSequences对话框对话框。

从你从你DNASTAR文件夹文件夹中的中的“DemoMegAlign”，双击打开双击打开“HistoneSequences.”MegAlign配对比较配对比较MegAlign提供多种提供多种DNA配对比较方法：

配对比较方法：

Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和和Dotplot。

在这入门介绍中，我们使用第一种方法。

同时选中两个序列。

从从ALIGN中的中的OnePair选择选择Wilbur-Lipman方法。

方法。

使用默认参数进行比较，点击使用默认参数进行比较，点击OK。

出现如下页所出现如下页所示界面。

示界面。

MegAlign多序列比较多序列比较为了在为了在MegAlign中进行多序列比较，我们选中进行多序列比较，我们选择十四个相关的钙调蛋白序列进行操作。

使择十四个相关的钙调蛋白序列进行操作。

使用这个大的数据库，我们可以制作进化树，用这个大的数据库，我们可以制作进化树，了解软件的其他特性。

了解软件的其他特性。

首先，我们要创建一个包括首先，我们要创建一个包括14个个calmodulin序列的新文件。

序列的新文件。

MegAlign打开或输入序列打开或输入序列打开打开“DemoMegAlign”文件夹文件夹双击打开双击打开“CalmodulinAlignment”文件文件从从OPTIONSMENU，使用使用Size命令增加字体命令增加字体大小到看得清楚为止。

大小到看得清楚为止。

MegAlign简单说明简单说明现在我们需要选现在我们需要选MegAligns的两个多序列比较的两个多序列比较方法中的一个进行操作：

方法中的一个进行操作：

Clustal或者或者JotunHein。

如果已知序列有一定的如果已知序列有一定的同源性同源性，我们推，我们推荐使用第二种，如果序列相关背景荐使用第二种，如果序列相关背景未知未知，可以，可以选择选择Clustal。

我们使用的序列已知全部是我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以，所以，我们使用我们使用JotunHein。

MegAlign简单说明简单说明在我们实行队列之前，我们应该选择一在我们实行队列之前，我们应该选择一个权重表。

个权重表。

MegAligns残基权重表，用于对多序列残基权重表，用于对多序列比较进行评分，这样虽然残基不匹配，比较进行评分，这样虽然残基不匹配，但残基化学性质相似的序列的评分要比但残基化学性质相似的序列的评分要比化学性质不相似的序列的评分要高。

我化学性质不相似的序列的评分要高。

我们的序列是蛋白质，并且我们将使用们的序列是蛋白质，并且我们将使用JotunHein方法，所以方法，所以“Structural”表表是最好的选择。

是最好的选择。

MegAlign设置权重表设置权重表l从从ALIGN菜单选菜单选择择SetResidueWeightTable打开左面的窗口。

打开左面的窗口。

l从上面的下拉菜单从上面的下拉菜单选择选择Structural。

单击单击同意。

同意。

现在我们可以比较我们现在我们可以比较我们的的calmodulin序列了。

序列了。

MegAlign进行队列分析进行队列分析从从ALIGNMENU选择选择JotunHeinMethod。

队列进程窗显示比较完队列进程窗显示比较完成的百分比。

成的百分比。

当队列完毕，工作台会当队列完毕，工作台会显示队列的结果。

显示队列的结果。

MegAlign序列的差别和相似性序列的差别和相似性通过通过VIEW菜单中的菜单中的SequenceDistanc查看查看序列的差别序列的差别和相似性和相似性。

如右所示如右所示MegAlign残基残基取代数目取代数目通过VIEW菜单中的ResidueSubstitutions查看残基的替代数目（如右）。

MegAlignPhylogeneticTree查看查看MegAlign查看队列报告查看队列报告MegAlign创建创建Decorations和和Consensi另外，我们可以通过加入另外，我们可以通过加入“decorations”和和“consensi.”来优化来优化展示的效果。

展示的效果。

Decorations包括加框、加阴影和隐藏。

在包括加框、加阴影和隐藏。

在这节中，我们将介绍如何将一致碱基隐藏这节中，我们将介绍如何将一致碱基隐藏起来，使队列报告更直观、清晰。

起来，使队列报告更直观、清晰。

MegAlignDecorations“修饰修饰”后的队列报告后的队列报告最终的队列报告如右所示MegAlign创建创建Decorations和和ConsensiConsensi是另外一种图形展示方法，可是另外一种图形展示方法，可以用来标志以用来标志ambiguous残基。

另外，序列残基。

另外，序列中一致和不一致的残基可以用直方图在中一致和不一致的残基可以用直方图在队列报告中展示。

当在某个位置上，任队列报告中展示。

当在某个位置上，任何一个序列的残基与其他序列不一样时，何一个序列的残基与其他序列不一样时