MEGA软件的使用Word文档格式.docx

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浏览文件,选择要分析的数据打开,单击“打开”按钮,会弹出如下操作界面:

此程序操作界面,提供了三种选择数据选择:

NucleotideSequences（核苷酸序列）、ProteinSequences（蛋白质序列）、PairwiseDistance（遗传距离矩阵）。

根据输入数据的类型,选择一种,点击“OK”即可。

如果选择“PairwiseDistance”,则操作界面有所不同;

如下图所示:

根据遗传距离矩阵的类型,如果就是下三角矩阵,选择“LowerLeftMatrix”即可;

如果就是上三角矩阵,选择“UpperRightMatrix”即可。

点击“OK”按钮,即可导入数据。

如果就是核苷酸数据,则读完之后,会弹出如下对话框:

如上图,如果就是编码蛋白质的核苷酸序列,则选择“Yes”按钮;

如果就是不编码蛋白质的核苷酸序列,则点击“No”按钮。

之后,会弹出如下操作窗口:

此作界面的名称就是“SequenceDataExplorer”,在其最上方就是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等,然后就是一些数据处理方式的快捷按钮,在操作界面的左下方就是每个序列的名称。

显示序列占了操作界面的绝大部分,与第一个序列相同的核苷酸用“、”表示,发生变异的序列则直接显示。

2、遗传距离的计算

点击Mega操作主界面的“Distances”按钮,会弹出一个下拉菜单。

从上图易知,此菜单包括如下选项:

“ChooseModel”（选择模型,即选择计算遗传距离的模型）、“ComputePairwise”（计算遗传配对差异）、“ComputeOverallMean”（计算包括所有样本在内的平均遗传距离）、“ComputeWithGroupMeans”（计算组内平均遗传距离）、“ComputeBetweenGroupsMeans”（计算组间平均遗传距离）、“ComputeNetBetweenGroupsMeans”（计算组间平均净遗传距离）、“ComputeSequenceDiversity”（计算序列分歧度）。

“ComputeSequenceDiversity”选项包括四个子菜单:

“MeanDiversityWithinSubpopulations”（亚群体内部平均序列多态性）、“MeanDiversityforEntirePopulation”（整个人群平均序列多态性）、“MeanInterpopulaionalDiversity”（群体内部平均序列多态性）、“CoefficientofDifferentiation”（遗传变异系数）。

点击“ChooseModel”选项,会弹出如下操作界面:

从上述操作界面可以瞧出,通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。

“DataType”显示数据的类型:

Nucleotide（Coding）（编码蛋白质的DNA序列）、Nucleotide（不编码蛋白质的DNA序列）、AminoAcid（氨基酸序列）。

通过“Model”选项可以选择,计算遗传距离的距离模型。

点击“Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏。

如上图所示,对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型:

“NumberofDifference”（核苷酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Jukes-Cantor”（Jukes与Cantor距离模型）、“Kimura2-Parameter”（Kimura双参数模型）、“Tajima-Nei”（Tajima与Nei距离模型）、“Tamura3-parameter”（Tamura三参数模型）、“Tamura-Nei”（Tamura与Nei距离模型）、“LogDet（Tamurakumar）”（对数行列式距离模型）。

对于编码的核苷酸序列,其遗传距离模型如下图所示:

如上图所示,对于编码蛋白质的DNA序列,Mega程序提供了一下几种模型:

“Nei-GojoboriMethod”,“ModifiedNei-GojoboriMethoed”、“Li-Wu-LuoMethod”、“Pamilo-Bianchi-LiMethod”、“KumarMethod”。

其中Nei-Gojobori方法与修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型:

“NumberofDifferences”、“P-distance”、“Jukes-Cantor”。

对于氨基酸序列,Mega所提供的遗传距离模型如下图所示:

如上图所示,对于氨基酸序列,Mega程序提供了一下六种遗传距离模型:

“NumberofDifferences”（氨基酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“PoissonCorrection”（泊松校正距离模型）、“EqualInput”（等量输入距离模型）、“PAMMatrix（Dayhoff）”（PAM距离矩阵模型）、“JTTMatrix（Jones-Taylor-Thornton）”（JTT距离矩阵模型）。

在“AnalysisPreference”操作界面中,“PatternAmongLineages”仅提供了一个选项:

“Same（Homogenous）”“,也就就是说样本之间就是有一定同源性的。

“Ratesamongsites”提供了两个选项:

“UniformRates”与“Different（GammaDistributed）”。

“UniformRates”意味着所有序列的所有位点的进化速率就是相同的。

选择“Different（GammaDistributed）”,意味着序列位点之间的进化速率就是不相同的,可以利用Gamma参数来校正,系统提供了四个数值可供选择:

2、0、1、0、0、5、0、25;

软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。

设置完毕后,在此界面中点击“OK”按钮,即可返回Mega操作主界面。

选择主操作界面“Distance”中的“ComputePairwise”选项,可以计算样本之间的遗传距离的大小,其操作界面如下图所示:

“DataType”显示数据的类型,图中为“Nucleotide”。

“Analysis”显示计算分分析的类型,图中为“PairwiseDistanceCalculation”（配对差异距离计算）。

“Compute”显示所要运行的对象,又两个选项:

“Distanceonly”（仅计算遗传距离）与“Distance&

Std、Err”（计算遗传距离与其标准误）。

“IncludeSites”显示利用哪些位点来计算,如果数据类型就是不编码蛋白质的核苷酸序列,则全部参与计算,如果就是编码蛋白质的核苷酸序列,则可以选择哪些位点（如密码子的第2位等）来参与运算。

“SubstitutionModel”就是替代的模型,在下边“Model”中可以进行选择。

“SubstitutionstoInclued”选择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算,d选项将转换与颠换全部包括在内,s选项仅包括转换,v选项仅包括颠换,R为转换与颠换的比值,L为所有有效的普通位点的个数。

“PatternamongLineages”与“Ratesamongsites”上文已有介绍,不再详述。

点击“Compute”按钮,即可开始计算。

其显示运算结果的界面如下图所示:

上图就是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。

在最下端的状态栏,显示的就是所利用的遗传距离模型,如图中所示:

Nucleotide:

Kimura2-parameter。

“File”按钮共有四个下拉菜单:

“ShowInputDataTitle”（显示输入数据的标题）、“ShowAnalysisDescription”（显示分析信息的描述）、“Export/PrintDistance”（输出或打印距离矩阵）、“Quitviewer”（退出此操作界面）。

“Display”按钮共有四个下拉菜单:

“ShowPairName”（显示配对序列的名字）、“SortSequence”（用何种方式对序列进行排序）、“ShowNames”（显示序列的名字）、“ChangeFont”（改变字体）。

“SortSequence”有两个选项:

“Original”（按原先输入的顺序）与“ByName”（通过序列的名字）。

点击“Average”按钮可以计算平均的遗传距离,此按钮提供了四个下拉菜单:

“Overall”（所有样本之间的平均遗传距离）、“WithinGroups”（组内平均遗传距离）、“BetweenGroups”（组间平均遗传距离）、“NetBetweenGroups”（组间平均净遗传距离）。

在上述按钮下方还有六个按钮,如下图所示。

点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示;

点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示;

选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字,点击第四个按钮,可以减少数据小数点后的位数;

点击第五个按钮,可以增加数据小数点后的位数;

拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。

点击“File”下拉菜单中的“Export/PrintDistance”选项,会弹出如下图所示的对话框:

“OutputFormat”选项可以确定输出数据的格式:

“Publication”（一般格式）与“Mega”（Mega格式,把此数据保存可直接由Mega程序打开,进行构建系统发育书等遗传分析）。

DecimalPlaces（小数位的大小）,“MaxEntriesperline”（每一行最多能显示的数据的个数）。

通过“Matrix”可以选择输出数据矩阵的方式:

“Lower-left”（下三角矩阵）与“Upper-right”（上三角矩阵）。

点击“Print/SaveMatrix”按钮,可以输出数,会弹出如下图所示的操作界面:

在上图中的数据与文字可以直接进行拷贝,粘贴到文本文档或MicrosoftWord文档中。

在此操作界面中,首先显示数据文件的一些信息,如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等。

然后就是每个序列的名字,之后就是序列之间的距离矩阵。

将此距离矩阵保存,可以用Mega或其她系统发育分析软件来做系统树。

点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“ComputeOverallMean”选项,可以计算所有序列的所有位点的平均遗传距离,其操作方法与界面同“ComputePairwise”相仿。

其运算结果如下图所示:

点击Mega软件操作主界面的“Distanc