微生物基因组学分析PPT课件下载推荐.pptx

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两条环状闭合双链DNA2,107,792bp（ChrI）1,207,381bp（ChrII）Vibriocholerae:

两条环状闭合双链DNA2,961,146bp（ChrI）1,072,314bp（ChrII）BorreliaburgdorferiB31：

910,725bp（linearChromosome）21linearandcircularplasmidsTreponemapallidum：

一条环状闭合双链DNA1,138,006bpGC含量原核生物基因组GC含量为：

16.6-74.9%嗜温菌基因组GC含量与rRNA、tRNA的GC含量成正比嗜热菌rRNA、tRNA的GC含量与基因组GC含量不成正比，但与OGT（最适生长温度）成正比tRNAGC含量总是大于rRNA的GC含量嗜温菌基因组G+Ccontent（%）OrganismGenomerRNAtRNAXfas52.753.159.8Tpal52.853.157.2Mlep57.855.761.6Atum59.454.658.4Smel62.754.561.5Mlot62.756.360.5Mtub65.658.062.0Paer66.653.160.1Drad67.056.558.8Ccre67.255.061.2Hbsp67.958.162.4linearregression0.880.80嗜热菌最适生长温度（OGT）与GC含量的关系OrganismOGT（）GenomerRNAtRNAPabyssi1030.450.670.70Pyro980.420.630.71Aero950.560.680.73Mjan850.310.610.66Aquae850.430.650.68Aful830.490.630.68Ssol800.360.620.67Tmar800.460.630.65Tten750.380.590.60Mthe650.500.570.62Tvol600.400.530.61Tacid590.460.530.61linearregression0.010.920.90基因组非编码序列的注释非编码区的注释各类重复序列基因表达的调控序列信号序列等DNA链组成的非对称性GC分布不对称（GCskew）AT分布不对称（ATskew）前导链含有较多的G（A）而后随链含有较多的C（T）计算公式为（nG-nC）/（nG+nC）（nA-nT）/（nA+nT）累计skew（cumulativeskew）用于复制起点和终点的定位GCskewofT.tengcongensisgenomeDNA链组成的非对称性（真细菌）基因方向性偏好基因方向性偏好（geneorientationbias）先导链上编码的基因总是多于后随链JeanR.LobryMicrobiologyTodayVol26DNA链组成的非对称性码子使用偏好（codonusagebias）先导链和后随链密码子的不同在先导链，以G或T开头或结尾的密码子显著地多于后随链，常见的有GTG、GCG和GAG在后随链以C或A开头或结尾的密码子多于先导链，如CTC、GCC、CCC、ATC和ACCDNA链组成的非对称性基因密度和密码子使用的差别高度表达基因:

核蛋白体蛋白基因，与翻译和转录有关的因子基因，分子伴侣基因和与主要的能量代谢相关的基因大多编码于前导链通常都有密码子偏好（核蛋白体蛋白基因密码子的第三位多为G）快速生长的细菌（大肠杆菌、霍乱弧菌、枯草芽孢杆菌和流感嗜血杆菌）主要的糖酵解和三羧酸循环基因为高度表达基因产甲烷菌，与甲烷代谢有关的基因为高度表达基因高度表达基因:

那些在密码子使用上与一般基因相差很大，与核蛋白体蛋白基因，翻译和转录相关基因，伴侣-降解蛋白基因等在密码子使用上高度相似的基因为高度表达基因。

微生物测序及分析流程图数据分析软件序列拼接组装:

Newbler,AMOScmp,Velvet,Phred/Phrap/Consed,Oligo6复制起始位点:

ori-finder+GCskew基因注释:

Glimmer,GenemarkS,Prodigal,BLAST基因起始位点：

ZCURVE翻译起始位点：

GS-FindertRNA:

tRNAscan-SErRNA:

RNAmmerSmallRNA:

Rfam重复序列:

TandemrepeatFinder,ISfinderCRISPR序列：

CRISPRfinder数据分析软件Prophages:

ProphagefinderVirulence-associatedfactors:

VFDBdatabaseSignalpeptides:

SignalP跨膜结构：

TMHMMOperon:

OperonDBGenomeisland:

IslandViewer,MobilomeFINDER致病岛：

PAIDB膜转运蛋白:

TCDB抗菌素抗性基因:

ARDB可变遗传因子:

ACLAME必需基因：

DEGdatabase数据分析软件Overlap基因、假基因:

MciobialGenomeSubmissionCheck功能注释:

COG,KEGG进化树:

ClustalW,CVTree比较基因组分析:

Mauve,MUMmer,ACT,MicrobesOnline,mGenomeSubtracton,xBASEFinishing阶段Finishing阶段Finishing阶段多重PCR结果，引自TettelinH.等文章Finishing阶段短片段文库构建填补二级结构区示意图，摘自AmandaA等文章Finishing阶段基于转座子技术来完成重复序列区的测序，摘自ScottE等文章微生物基因组测序策略-高通量测序技术454长reads测序SolexaPair-end测序组合长reads和短reads测序Sanger法finish33ZHANGTW,LUOYF,LIUK,etal.BIGpre:

AQualityAssessmentPackageforNext-GenerationSequencingDataJ.GenomicsProteomicsBioinformatics2011Dec;

9（6）:

238-244BIGpreProvidesbothtabularandgraphicalsummariesofdataqualityforbothIlluminaand454platformsAssessesthereadqualitywithrapid,simpleandeffectivemeasuresfortwoplatformsAnalysestheduplicatereadsandduplicationdepthPreprocessesthesequencingdataJoiningthesmallpaired-endreadsintolongersinglereadsRemovingtheinternaladaptersequencesTrimmingrawdataintohighqualitysequences34BIGpre3536PipelineforplantorganellargenomeassemblyZHANGTW,ZHANGXW,HUSN,etal.Anefficientprocedureforplantorganellargenomeassembly,basedonwholegenomedatafromthe454GSFLXsequencingplatf