英文数据库检索上.ppt

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1,英文医学数据库检索,中南大学信息检索教研室周文琦2011.9.22,2,教学内容一、重要外文检索系统及其获取二、Pubmed文献检索系统,一、重要外文检索系统及获取,4,外文文摘数据库MEDLINE/Pubmed、EMBASE、SciFinderScholar、BioSISPreviews、EngineeringVillage、Dialog外文全文数据库OVIDFullText、EBSCOhost、Elsevier:

Sciencedirect、SpringLink、ProQuesMedicalLibrary、KluwerOnlineJournals、OCLCFirstSearch,外文检索系统,5,中南大学医学图书馆外文数据库资源,6,中南大学校本部图书馆外文数据库（部分）,7,公共网可获取外文文献数据库,Pubmed文献检索系统www.pubmed.gov（文摘，部分全文）2.Google学术论文检索：

（文摘，中外文，部分全文）3.Scirus科学搜索引擎（文摘）,二、Pubmed文献检索系统,如何查到满意的文献,1.PubMed概述,什么是PubMed？

PubMed的发展过程PubMed的收录范围PubMed的记录来源PubMed的常用字段PubMed的界面结构,10,生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，1997年NLM下属的美国国家生物技术信息中心（NCBI）推出的基于WWW的文献检索软件.可检索资源包括许多期刊出版商参与共建的Medline数据库扩充版。

整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索。

网址：

www.pubmed.gov,MEDLINEistheprimarycomponentofPubMed,什么是PubMed?

11,PubMed发展过程,1997-,1983-,1971-,1879-,PubMedcomprisesmorethan21millioncitationsforbiomedicalliteraturefromMEDLINE,lifesciencejournals,andonlinebooks.Citationsmayincludelinkstofull-textcontentfromPubMedCentralandpublisherwebsites.,PubMed的收录范围,MEDLINE收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据。

部分文献可直接获取全文，包括：

PubMedCentral（PMC，收录期刊780余种）：

NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库开放获取（OpenAccess，OA）期刊部分出版商提供的免费文献与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epubaheadofprint（先于印刷版期刊发表的电子文献）或Epub,PubMed的记录来源,Medline：

PubMed主体部分。

PubMed-indexedforMEDLINEPublishersuppliedcitations：

出版商通过电子方式提交的且还没有进入到In-process阶段的最新医学文献；2003年底之前进入PubMed但没有被Medline收录的期刊文献或该篇文献出版之后其期刊才被Medline收录。

PubMed-assuppliedbypublisherIn-processcitations：

尚未进行MeSH主题词标引的最新文献；PubMed-inProcessPubMed：

受NIH资助项目的作者因遵循“NIHPublicAccess”向PMC提交的论文手稿；其所在期刊未被MEDLINE收录，但出版商因该文献需遵循“NIHPublicAccess”而提交给PMC的文献；未被MEDLINE收录的期刊文献；该文献所在的期刊被MEDLINE收录但该文献不属于MEDLINE收录范围；尚未被MEDLINE收录的期刊但其论文全文已被PMC所收录。

PubMedOLDMEDLINE：

部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献。

PubMed-OLDMEDLINE,记录标识

（1）,PubMedindexedforMedline,PubMed-inprocess,PubMed-assuppliedbypublisher,记录标识

（2）,PubMed-OLDMEDLINE,PubMed,PubMed记录的主要字段,字段标识：

字段名称AB：

AbstractAD：

AffiliationALL：

AllFieldAU：

Authors1AU：

FirstAuthorFAU：

FullAuthorNameLASTAU：

LastAuthorPMID：

PubMedUniqueIdentifierCY：

CountryDP：

PublicationDateEDAT：

EntrezDateGS：

GeneSymbolGN：

GrantNumber,字段标识：

字段名称IS：

ISSNLA：

LanguageMH：

MeSHTermsMAJR：

MeSHMajorTopicSH：

MeSHSubheadingsPT：

PublicationTypeSO：

SourceTA：

JournalTitleTI：

TitleTW：

TextWordsUID：

UniqueIdentifiersNM：

SubstanceNumberTIAB：

Title/Abstract,PubMed界面的结构,限定检索,高级检索方式,19,2.PubMed的基本检索,自动词语匹配功能:

词语检索精确短语匹配功能支持布尔逻辑检索支持截词检索字段限定检索作者检索期刊检索,20,自动词语匹配功能,MeSH词转换表期刊名称转换表作者索引单个词AND联接,在检索提问框内输入的检索词若不用截词算符、双引号、字段限定，系统依次到下列3个表中进行词语的核对、转换和检索：

MeSH转换表（MeSHTranslationTable）、刊名转换表（JournalsTranslationTable）、著者索引（AuthorIndex）。

如果在MeSH转换表中找到了相匹配的检索词，系统用MeSH词和TextWord词（TI、AB、MH、NM、PS、OT等字段中的词）一起进行OR组配检索。

如果在MeSH转换表中未找到匹配的检索词，系统接着到刊名转换表和著者索引中搜词检索。

如果在上述3个表中都找不到匹配的短语，系统将短语拆小，继续到这3个表中搜索，短语断开部分的逻辑关系是AND。

如果拆到单词在以上3个表中还是找不到匹配词，将到所有字段中去搜索这些单词，单词之间的逻辑关系也是AND。

PubMed的基本检索之一,21,SearchDetails框详细显示自动词语匹配的实际检索式。

有较好的查全率，同时保证一定的查准率。

下列情形不进行自动词语匹配截词检索,如heartattack*短语检索,如“kidneyallograft”破折号时,如kidney-allograftHistory检索,如#1AND#字段检索,如toothacheti,22,23,Q：

如何查找“治疗鼻咽癌的新突破”网页文章的原始文献来源？

Yi-xinzeng,24,Step1:

输入提问式,25,获取检索结果,zengyxAuthorAND（chromosomes,human,pair4MeSHTermsORchromosome4AllFields）,26,来源,题名,作者,作者单位,获取全文,27,PubMed的基本检索之二,精确短语检索精确短语检索是将检索词加上双引号进行强制检索精确短语检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成的误检，可提高查准率。

例如，输入“HIVinfections”,PubMed在所有可检索字段中查找含有短语词组HIVinfections的文献。

28,PubMed的基本检索之二：

精确短语检索,非精确短语检索时系统执行的检索策略,输入HIVinfections,hivinfectionsMeSHTermsOR（hivAllFieldsANDinfectionsAllFields）ORhivinfectionsAllFieldsOR（hivAllFieldsANDinfectionAllFields）ORhivinfectionAllFields,30,PubMed的基本检索之三逻辑组配检索,PubMed支持逻辑算符AND、OR、NOT的组配检索，逻辑运算符前后都要有一个空格。

不输入默认为AND，如commoncoldvitaminCcommoncoldANDvitaminC,31,33,PubMed的基本检索之四,截词检索可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，提高查全率：

截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：

bacter*，可以检出bacteria,bacteremia,bacteriophage等词。

截词检索时，系统会关闭自动词语匹配功能。

34,PubMed的基本检索之四：

截词检索,PubMed的基本检索之五字段限定检索,PubMed字段限定检索的格式是：

检索词字段标识符。

字段限定检索可提高查准率。

如：

aspirinti,brainsteminfarctions/drugtherapymesh；ClinInfectDista；smithabau；zhongshanhospitalad；2008:

2010dp。

例如：

查找入学前儿童的哮喘治疗的文献（综述文献/全文）,child,preschoolmhANDasthma/therapymh,在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索。

一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母。

例如，输入SmithSR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索。

例如，输入SmithSR1AU可检索出第一著者为SmithSR的所有文献。

PubMed的基本检索之六作者检索,38,为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息结合起来检索。

如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smithj”au。

2002年起，Medline在同时采用结合缩写与全称两种方式来处理作者姓名，作者姓名缩写放入AU字段，全称放入FAU字段。

例如，输入SmithSR的姓名全称StevenRSmith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。

西文检索工具对中国人名的处理较混乱。

如XiaJia-hui文献可能被分散在“XiaJH”及“XiaJ”下面，检索时需综合考虑，尽可能查全。

39,作者检索示意,QueriesResultsxiaj1228Xiajau1223Xiajh132Xiajhau132Xia,jiahui25Xia,jiahuifau25（2011.9.2112：

05）,40,PubMed的基本检索之六：

作者检索,41,PubMed的基本检索之六：

作者检索,期刊检索,在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文献：

刊名全称：

如theAmericanJournalofPathology标准的Medline刊名缩写：

如AmJPathol期刊的ISSN号：

如0002-9440，AmJPatholISSN号当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检索。

例如GeneTherapy、Science、Cell，为避免误检，可采用刊名字段限定检索。

如