pymol 基本操作.docx

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pymol基本操作

简介&安装

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。

据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：

“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。

今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。

目前，只有付费用户可以取得。

不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。

如果你和我一样，不想为此花钱的话：

1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：

▪C++（gccorg++packagename）

▪Python

▪OpenGL

▪PNG

然后在源代码目录里面依次运行：

2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：

▪Python

▪Pmw

▪OpenGLdriver（我用的是NVdia）

▪libpng

▪Subversionclient（下载源代码需要）

然后下载Pymol的源代码

$mkdirpymol-src

$svncopymol-src

然后进入源代码目录

#cdpymol-src

开始依次编译

#pythonsetup.pyinstall

#pythonsetup2.pyinstall

拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了

#cp./pymol/usr/bin

如果运行时得到错误信息"ImportError:

NomodulenamedPmw"，那么你应该运行

#pythonsetup2.pyinstallpmw

如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError:

Nomodulenamed_tkinter"

#USE="tcltk"emergepython

好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

基本的鼠标操作

里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。

当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：

该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。

ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI）。

Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。

ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。

请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。

加载文件，有二种方法：

1.在ExternalGUI中选择File－Open

2.使用命令行：

load

例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：

load2vl0

该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：

基本的图像操作:

是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。

这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。

先说说鼠标吧。

∙任意旋转图像：

对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。

∙放大/缩小图像：

对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：

向上是缩小，向下则是放大。

∙移动图像：

对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。

∙设定图像旋转中心：

Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。

∙移动剪切平面：

Shift＋鼠标右键。

鼠标上下移动：

调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：

调整后剪切平面（离你远的）。

最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。

配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。

今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。

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Byweilu

PyMOL用法（教程二）

基础Pymol命令

这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。

就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。

当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。

这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：

Pymol>log_openlog-file-name.pml

如果你想终止记录，只需要键入：

Pymol>log_close

好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：

Pymol>load2vlo.pdb

现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。

但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：

Pymol>load2vlo.pdb,test

下面说说如何来操作你新建的对象。

首先：

Pymol>showrepresentation

Pymol>hiderepresentation

其中representation可以为：

cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh。

使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。

例如当我们键入：

Pymol>hidelines

Pymol>showribbon

我们将得到如下结果：

也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？

首先输入如下命令：

Pymol>labelall,chains

这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。

好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：

Pymol>hideribbon,chainf+g+h+i+j

上面的东东还可以这样完成：

Pymol>selecttest,chainf+g+h+i+j

Pymol>hideribbon,test

上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。

这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。

并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。

比如你可以：

Pymol>hideeverything,test

Pymol>showcartoon,test

这样你会得到：

　说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：

Pymol>selectselection-name,selection-expression

其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：

!

@#$%^&*（）'"[]{}\|~`<>?

/

如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：

Pymol>deleteselection-name

Pymol>deleteobject-name

下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。

预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings－Colors中找到：

Pymol>colorcolor-name

Pymol>colorcolor-name,selection-expression

比如我们可以：

Pymol>colorred,ssh

Pymol>coloryellow,sss

Pymol>colorgreen,ssl+""

其中“ss”代表secondarystructure，“h”代表Helix，“s”代表Betasheet，l+""代表Loop和所以其他结构。

这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Betasheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：

Pymol可以同时打开多个pdb文件：

Pymol>loadobject-name-1.pdb

Pymol>loadobject-name-2.pdb

如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：

Pymol>disableobject-name-1

Pymol>enableobject-name-1

你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。

Pymol>disableselection-name

使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。

放大选定目标：

Pymol>zoomselection-name

定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：

：

Pymol>orientselection-name

你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：

Pymol>viewkey,action

其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：

store或者recall。

如果不加任何“action”，则默认为recall：

Pymol>viewv1,store

Pymol>viewv1,recall

Pymol>viewv1

说了这么多，最后说说如何保存文件吧。

Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。

1.使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：

Pymol>log_openscript-file-nam